Майнор Биоинформатика 2 год — различия между версиями
Материал из Wiki - Факультет компьютерных наук
(→Эпигенетика: ИНСТРУКЦИЯ ДЛЯ РАБОТЫ НАД ПРОЕКТОМ) |
(→Эпигенетика) |
||
| (не показано 7 промежуточных версии этого же участника) | |||
| Строка 34: | Строка 34: | ||
[https://docs.google.com/document/d/1wtbNQ0ZN3ruHHIg5-PgxuGyX2TiIoJSD2GkzR-AyeCI/edit#heading=h.szf12xpaemgv ИНСТРУКЦИЯ ДЛЯ РАБОТЫ НАД ПРОЕКТОМ] | [https://docs.google.com/document/d/1wtbNQ0ZN3ruHHIg5-PgxuGyX2TiIoJSD2GkzR-AyeCI/edit#heading=h.szf12xpaemgv ИНСТРУКЦИЯ ДЛЯ РАБОТЫ НАД ПРОЕКТОМ] | ||
| − | * (18.03.2021) Занятие 1: | + | * (18.03.2021) Занятие 1 -- введение в эпигенетику и обзор анализа данных РНК-сек: |
** Лекция: [https://youtu.be/cwcpd1_6LAI видео], [https://drive.google.com/file/d/1gbG5JJIuBL9oxUhKc7vCmBDmnm4SUSCu/view?usp=sharing слайды] | ** Лекция: [https://youtu.be/cwcpd1_6LAI видео], [https://drive.google.com/file/d/1gbG5JJIuBL9oxUhKc7vCmBDmnm4SUSCu/view?usp=sharing слайды] | ||
** Семинар: [https://youtu.be/CMs-LzLgjnc видео], [https://drive.google.com/file/d/1yBtGPaLHKhx45VWJgV-OWjWj3nQ2JvVM/view?usp=sharing слайды] | ** Семинар: [https://youtu.be/CMs-LzLgjnc видео], [https://drive.google.com/file/d/1yBtGPaLHKhx45VWJgV-OWjWj3nQ2JvVM/view?usp=sharing слайды] | ||
| − | * (25.03.2021) Занятие 2: | + | * (25.03.2021) Занятие 2 -- РНК-сек (polyA и total RNA-seq, RPKM, FPKM) и визуализация выравненных чтений РНК-сек в геномном браузере: |
** Лекция: [https://youtu.be/z4u-DsRxzzQ видео], [https://drive.google.com/file/d/1Up5hrm36d8FFvb2twUWpxfOhc5McdJa1/view?usp=sharing слайды] | ** Лекция: [https://youtu.be/z4u-DsRxzzQ видео], [https://drive.google.com/file/d/1Up5hrm36d8FFvb2twUWpxfOhc5McdJa1/view?usp=sharing слайды] | ||
** Семинар: [https://youtu.be/K4y_z3j1lGI видео], [https://drive.google.com/file/d/1Jjo88THlEVsG_yvwDl_EVU-0w_muIF4F/view?usp=sharing текст (это задание выполнять не нужно, вместо него квиз -- см. Telegram!!)] | ** Семинар: [https://youtu.be/K4y_z3j1lGI видео], [https://drive.google.com/file/d/1Jjo88THlEVsG_yvwDl_EVU-0w_muIF4F/view?usp=sharing текст (это задание выполнять не нужно, вместо него квиз -- см. Telegram!!)] | ||
| − | * (08.04.2021) Занятие 3: | + | * (08.04.2021) Занятие 3 -- типы эпигенетической регуляции и более подробно про метилирование ДНК (начало): |
** Лекция: [https://youtu.be/ngfCIihTBrU видео], [https://drive.google.com/file/d/1eWq7Lj6gcqs8aOTYkN_XD8pnCiNqCM3M/view?usp=sharing слайды] | ** Лекция: [https://youtu.be/ngfCIihTBrU видео], [https://drive.google.com/file/d/1eWq7Lj6gcqs8aOTYkN_XD8pnCiNqCM3M/view?usp=sharing слайды] | ||
** Семинар: [https://youtu.be/PO5X7ZoZVnU видео] | ** Семинар: [https://youtu.be/PO5X7ZoZVnU видео] | ||
| − | * (15.04.2021) Занятие 4: | + | * (15.04.2021) Занятие 4 -- метилирование ДНК: |
** Лекция: [https://youtu.be/DNQUHHrki3s видео], [https://drive.google.com/file/d/1GMS1smaM8dxdbNXzl_av3flZxfYbH1BV/view?usp=sharing слайды] | ** Лекция: [https://youtu.be/DNQUHHrki3s видео], [https://drive.google.com/file/d/1GMS1smaM8dxdbNXzl_av3flZxfYbH1BV/view?usp=sharing слайды] | ||
** Семинар: [https://youtu.be/4zue8MVxNug видео], [https://drive.google.com/file/d/18by3b092wO7YD7GdEiuL_7WeEbTouMVo/view?usp=sharing слайды], [https://drive.google.com/file/d/1VqkBG40g0_-eTZEmgSTjdzEfLgnGCnkq/view?usp=sharing текст] | ** Семинар: [https://youtu.be/4zue8MVxNug видео], [https://drive.google.com/file/d/18by3b092wO7YD7GdEiuL_7WeEbTouMVo/view?usp=sharing слайды], [https://drive.google.com/file/d/1VqkBG40g0_-eTZEmgSTjdzEfLgnGCnkq/view?usp=sharing текст] | ||
| − | * (22.04.2021) Занятие 5: | + | * (22.04.2021) Занятие 5 -- доступность ДНК (DNAse-seq, ATAC-seq): |
** Лекция: [https://youtu.be/Yfz2trLkXfk видео], [https://drive.google.com/file/d/1zrVGbpUtfRMQVcGMFMrpgcRAi-FRZsZx/view?usp=sharing слайды] | ** Лекция: [https://youtu.be/Yfz2trLkXfk видео], [https://drive.google.com/file/d/1zrVGbpUtfRMQVcGMFMrpgcRAi-FRZsZx/view?usp=sharing слайды] | ||
** Семинар: [https://youtu.be/BN9RjU5DJYA видео], [https://drive.google.com/file/d/1jEDOivjtt-nKo28wsz4qDvITJqp1STJ4/view?usp=sharing слайды], [https://drive.google.com/file/d/1L1O8ij8nGR9i8Wx0nNi-_0pc5G9QvGQL/view?usp=sharing команды] | ** Семинар: [https://youtu.be/BN9RjU5DJYA видео], [https://drive.google.com/file/d/1jEDOivjtt-nKo28wsz4qDvITJqp1STJ4/view?usp=sharing слайды], [https://drive.google.com/file/d/1L1O8ij8nGR9i8Wx0nNi-_0pc5G9QvGQL/view?usp=sharing команды] | ||
| − | * (29.04.2021) Занятие 6: | + | * (29.04.2021) Занятие 6 -- модификации гистонов и обзор проекта ENCODE: |
** Лекция: [https://youtu.be/FNdreZQxPiY видео], [https://drive.google.com/file/d/1uLuhoa0g3WWy1vUY2LjCUlblqmf6kZ3y/view?usp=sharing слайды] | ** Лекция: [https://youtu.be/FNdreZQxPiY видео], [https://drive.google.com/file/d/1uLuhoa0g3WWy1vUY2LjCUlblqmf6kZ3y/view?usp=sharing слайды] | ||
** Семинар: [https://youtu.be/sGtkrvmluhc видео], [https://drive.google.com/file/d/10XpUM4Ivox1-7D1vVM3C3qTnWYahhfTq/view?usp=sharing слайды], [https://drive.google.com/file/d/1nKziL8OBcDOJPAsl-8thAAKVrV-adDxx/view?usp=sharing текст] | ** Семинар: [https://youtu.be/sGtkrvmluhc видео], [https://drive.google.com/file/d/10XpUM4Ivox1-7D1vVM3C3qTnWYahhfTq/view?usp=sharing слайды], [https://drive.google.com/file/d/1nKziL8OBcDOJPAsl-8thAAKVrV-adDxx/view?usp=sharing текст] | ||
| Строка 61: | Строка 61: | ||
** Лекция: [https://youtu.be/t3kCpwzQFxE видео], [https://drive.google.com/file/d/1jbkziFxxjoqv_-VUCCql2TQyUV6P_i-o/view?usp=sharing статья] | ** Лекция: [https://youtu.be/t3kCpwzQFxE видео], [https://drive.google.com/file/d/1jbkziFxxjoqv_-VUCCql2TQyUV6P_i-o/view?usp=sharing статья] | ||
** Семинар: [https://youtu.be/M4wyhuq18h4 видео], [https://docs.google.com/document/d/1kwLDTKyidNkWddJ9pgqiE4C2VwftCLMJJwHf5H14lko/edit заметки] | ** Семинар: [https://youtu.be/M4wyhuq18h4 видео], [https://docs.google.com/document/d/1kwLDTKyidNkWddJ9pgqiE4C2VwftCLMJJwHf5H14lko/edit заметки] | ||
| + | * (03.06.2021) Занятие 10 - Сдвиги рамки считывания, АТФ и работа над проектом в группах: | ||
| + | ** Лекция: [https://youtu.be/kQTX_ThxxWo видео], [https://drive.google.com/file/d/1i0IEzvSoHenPgaaM4rCaQMvkuBC-hJD-/view?usp=sharing слайды] | ||
| + | ** Семинар: [https://youtu.be/pPFbHLdOe1c видео], [https://docs.google.com/document/d/1Wd6XWJB1-T1Y7KlPZibbZ5ZF7rJ61vUu0F6_td9inYc/edit?usp=sharing заметки] | ||
| + | * (10.06.2021) Занятие 11 - защиты проектов группами: | ||
| + | ** Видео: [https://youtu.be/SpuagXnNdkQ часть 1] | ||
Текущая версия на 19:20, 23 июня 2021
Лекции
Модули 1 и 2
Лекция 1 (03.09.2020). Секвенирование. Введение.
Лекция 2 (10.09.2020). Введение в молекулярную биологию.
Лекции 3 и 4 (17.09-01.10 2020). Поиск полиморфизмов.
Лекция 5 (08.10.2020). Инструменты работы с данными. Bedtools
Блок Транскрипция, ее регуляция, и как ее изучают
Лекция 1 Транскрипция, ее регуляция, и как ее изучают (часть 1)
Лекция 2 Транскрипция, ее регуляция, и как ее изучают (часть 2)
Лекция 3 Транскрипция, ее регуляция, и как ее изучают (часть 3)
Лекция 4 Транскрипция, ее регуляция, и как ее изучают (часть 4)
Блок лекций о структуре хроматина
Лекция 1 Введение в структуру хроматина
Лекция 2 Практическая работа с данными Hi-C
Лекция 3 Поиск особенностей структуры хроматина
Лекция 4 и 5 Ассоциация данных о хроматине и специальные протоколы
Эпигенетика
ИНСТРУКЦИЯ ДЛЯ РАБОТЫ НАД ПРОЕКТОМ
- (18.03.2021) Занятие 1 -- введение в эпигенетику и обзор анализа данных РНК-сек:
- (25.03.2021) Занятие 2 -- РНК-сек (polyA и total RNA-seq, RPKM, FPKM) и визуализация выравненных чтений РНК-сек в геномном браузере:
- (08.04.2021) Занятие 3 -- типы эпигенетической регуляции и более подробно про метилирование ДНК (начало):
- (15.04.2021) Занятие 4 -- метилирование ДНК:
- (22.04.2021) Занятие 5 -- доступность ДНК (DNAse-seq, ATAC-seq):
- (29.04.2021) Занятие 6 -- модификации гистонов и обзор проекта ENCODE:
- (13.05.2021) Занятие 7 - ChomHMM и начало работы над проектом:
- (20.05.2021) Занятие 8 - структуры ДНК и создание github репозитория:
- (27.05.2021) Занятие 9 - DeepZ (Назар Бекназаров) и анализ разметки вторичной структуры ДНК:
- (03.06.2021) Занятие 10 - Сдвиги рамки считывания, АТФ и работа над проектом в группах:
- (10.06.2021) Занятие 11 - защиты проектов группами:
- Видео: часть 1
