Майнор Биоинформатика 2 год — различия между версиями

Материал из Wiki - Факультет компьютерных наук
Перейти к: навигация, поиск
м (→‎Лекции)
(→‎Эпигенетика)
 
(не показано 19 промежуточных версии этого же участника)
Строка 30: Строка 30:
  
 
'''[https://drive.google.com/file/d/1Ql5S8skbKA7cIeHsLWoQEASjHE5DyBbB/view?usp=sharing Лекция 4 и 5]''' Ассоциация данных о хроматине и специальные протоколы
 
'''[https://drive.google.com/file/d/1Ql5S8skbKA7cIeHsLWoQEASjHE5DyBbB/view?usp=sharing Лекция 4 и 5]''' Ассоциация данных о хроматине и специальные протоколы
 +
 +
=== Эпигенетика ===
 +
[https://docs.google.com/document/d/1wtbNQ0ZN3ruHHIg5-PgxuGyX2TiIoJSD2GkzR-AyeCI/edit#heading=h.szf12xpaemgv ИНСТРУКЦИЯ ДЛЯ РАБОТЫ НАД ПРОЕКТОМ]
 +
 +
* (18.03.2021) Занятие 1 -- введение в эпигенетику и обзор анализа данных РНК-сек:
 +
** Лекция: [https://youtu.be/cwcpd1_6LAI видео], [https://drive.google.com/file/d/1gbG5JJIuBL9oxUhKc7vCmBDmnm4SUSCu/view?usp=sharing слайды]
 +
** Семинар: [https://youtu.be/CMs-LzLgjnc видео], [https://drive.google.com/file/d/1yBtGPaLHKhx45VWJgV-OWjWj3nQ2JvVM/view?usp=sharing слайды]
 +
* (25.03.2021) Занятие 2 -- РНК-сек (polyA и total RNA-seq, RPKM, FPKM) и визуализация выравненных чтений РНК-сек в геномном браузере:
 +
** Лекция: [https://youtu.be/z4u-DsRxzzQ видео], [https://drive.google.com/file/d/1Up5hrm36d8FFvb2twUWpxfOhc5McdJa1/view?usp=sharing слайды]
 +
** Семинар: [https://youtu.be/K4y_z3j1lGI видео], [https://drive.google.com/file/d/1Jjo88THlEVsG_yvwDl_EVU-0w_muIF4F/view?usp=sharing текст (это задание выполнять не нужно, вместо него квиз -- см. Telegram!!)]
 +
* (08.04.2021) Занятие 3 -- типы эпигенетической регуляции и более подробно про метилирование ДНК (начало):
 +
** Лекция: [https://youtu.be/ngfCIihTBrU видео], [https://drive.google.com/file/d/1eWq7Lj6gcqs8aOTYkN_XD8pnCiNqCM3M/view?usp=sharing слайды]
 +
** Семинар: [https://youtu.be/PO5X7ZoZVnU видео]
 +
* (15.04.2021) Занятие 4 -- метилирование ДНК:
 +
** Лекция: [https://youtu.be/DNQUHHrki3s видео], [https://drive.google.com/file/d/1GMS1smaM8dxdbNXzl_av3flZxfYbH1BV/view?usp=sharing слайды]
 +
** Семинар: [https://youtu.be/4zue8MVxNug видео], [https://drive.google.com/file/d/18by3b092wO7YD7GdEiuL_7WeEbTouMVo/view?usp=sharing слайды], [https://drive.google.com/file/d/1VqkBG40g0_-eTZEmgSTjdzEfLgnGCnkq/view?usp=sharing текст]
 +
* (22.04.2021) Занятие 5 -- доступность ДНК (DNAse-seq, ATAC-seq):
 +
** Лекция: [https://youtu.be/Yfz2trLkXfk видео], [https://drive.google.com/file/d/1zrVGbpUtfRMQVcGMFMrpgcRAi-FRZsZx/view?usp=sharing слайды]
 +
** Семинар: [https://youtu.be/BN9RjU5DJYA видео], [https://drive.google.com/file/d/1jEDOivjtt-nKo28wsz4qDvITJqp1STJ4/view?usp=sharing слайды], [https://drive.google.com/file/d/1L1O8ij8nGR9i8Wx0nNi-_0pc5G9QvGQL/view?usp=sharing команды]
 +
* (29.04.2021) Занятие 6 -- модификации гистонов и обзор проекта ENCODE:
 +
** Лекция: [https://youtu.be/FNdreZQxPiY видео], [https://drive.google.com/file/d/1uLuhoa0g3WWy1vUY2LjCUlblqmf6kZ3y/view?usp=sharing слайды]
 +
** Семинар: [https://youtu.be/sGtkrvmluhc видео], [https://drive.google.com/file/d/10XpUM4Ivox1-7D1vVM3C3qTnWYahhfTq/view?usp=sharing слайды], [https://drive.google.com/file/d/1nKziL8OBcDOJPAsl-8thAAKVrV-adDxx/view?usp=sharing текст]
 +
* (13.05.2021) Занятие 7 - ChomHMM и начало работы над проектом:
 +
** Лекция: [https://youtu.be/4gVp4whzyDI видео], [https://drive.google.com/file/d/1jGrr-v_4OuPplsU2DW2H4ndfcYAt1L6L/view?usp=sharing слайды]
 +
** Семинар: [https://youtu.be/CfrFTFVwiE0 видео], [https://docs.google.com/document/d/1vnoV21b1tsBh9t-ygF3lIb2r-N3Qc8eQmo2pqhmvBi0/edit?usp=sharing заметки]
 +
* (20.05.2021) Занятие 8 - структуры ДНК и создание github репозитория:
 +
** Лекция: [https://youtu.be/EX4tqqgCq48 видео], [https://drive.google.com/file/d/1k2Els6ksoVDHvr8kSTWrcW0cFEECpDG4/view?usp=sharing слайды]
 +
** Семинар: [https://youtu.be/0vh2r_I8zIM видео], [https://docs.google.com/document/d/15H5yumwo97nenTmEB0GoBNQpig0R9Ggh8bvfGpfybPo/edit заметки]
 +
* (27.05.2021) Занятие 9 - DeepZ (Назар Бекназаров) и анализ разметки вторичной структуры ДНК:
 +
** Лекция: [https://youtu.be/t3kCpwzQFxE видео], [https://drive.google.com/file/d/1jbkziFxxjoqv_-VUCCql2TQyUV6P_i-o/view?usp=sharing статья]
 +
** Семинар: [https://youtu.be/M4wyhuq18h4 видео], [https://docs.google.com/document/d/1kwLDTKyidNkWddJ9pgqiE4C2VwftCLMJJwHf5H14lko/edit заметки]
 +
* (03.06.2021) Занятие 10 - Сдвиги рамки считывания, АТФ и работа над проектом в группах:
 +
** Лекция: [https://youtu.be/kQTX_ThxxWo видео], [https://drive.google.com/file/d/1i0IEzvSoHenPgaaM4rCaQMvkuBC-hJD-/view?usp=sharing слайды]
 +
** Семинар: [https://youtu.be/pPFbHLdOe1c видео], [https://docs.google.com/document/d/1Wd6XWJB1-T1Y7KlPZibbZ5ZF7rJ61vUu0F6_td9inYc/edit?usp=sharing заметки]
 +
* (10.06.2021) Занятие 11 - защиты проектов группами:
 +
** Видео: [https://youtu.be/SpuagXnNdkQ часть 1]

Текущая версия на 19:20, 23 июня 2021

Лекции

Модули 1 и 2

Лекция 1 (03.09.2020). Секвенирование. Введение.

Лекция 2 (10.09.2020). Введение в молекулярную биологию.

Лекции 3 и 4 (17.09-01.10 2020). Поиск полиморфизмов.

Лекция 5 (08.10.2020). Инструменты работы с данными. Bedtools

Блок Транскрипция, ее регуляция, и как ее изучают

Лекция 1 Транскрипция, ее регуляция, и как ее изучают (часть 1)

Лекция 2 Транскрипция, ее регуляция, и как ее изучают (часть 2)

Лекция 3 Транскрипция, ее регуляция, и как ее изучают (часть 3)

Лекция 4 Транскрипция, ее регуляция, и как ее изучают (часть 4)

Блок лекций о структуре хроматина

Лекция 1 Введение в структуру хроматина

Лекция 2 Практическая работа с данными Hi-C

Лекция 3 Поиск особенностей структуры хроматина

Лекция 4 и 5 Ассоциация данных о хроматине и специальные протоколы

Эпигенетика

ИНСТРУКЦИЯ ДЛЯ РАБОТЫ НАД ПРОЕКТОМ

Источник — «http://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=Майнор_Биоинформатика_2_год&oldid=55371»