Майнор Биоинформатика 2 год — различия между версиями
(→Эпигенетика) |
(→Эпигенетика) |
||
Строка 37: | Строка 37: | ||
** Лекция: [https://youtu.be/cwcpd1_6LAI видео], [https://drive.google.com/file/d/1gbG5JJIuBL9oxUhKc7vCmBDmnm4SUSCu/view?usp=sharing слайды] | ** Лекция: [https://youtu.be/cwcpd1_6LAI видео], [https://drive.google.com/file/d/1gbG5JJIuBL9oxUhKc7vCmBDmnm4SUSCu/view?usp=sharing слайды] | ||
** Семинар: [https://youtu.be/CMs-LzLgjnc видео], [https://drive.google.com/file/d/1yBtGPaLHKhx45VWJgV-OWjWj3nQ2JvVM/view?usp=sharing слайды] | ** Семинар: [https://youtu.be/CMs-LzLgjnc видео], [https://drive.google.com/file/d/1yBtGPaLHKhx45VWJgV-OWjWj3nQ2JvVM/view?usp=sharing слайды] | ||
− | * (25.03.2021) Занятие 2: | + | * (25.03.2021) Занятие 2 -- РНК-сек (polyA и total RNA-seq, RPKM, FPKM) и визуализация выравненных чтений РНК-сек в геномном браузере: |
** Лекция: [https://youtu.be/z4u-DsRxzzQ видео], [https://drive.google.com/file/d/1Up5hrm36d8FFvb2twUWpxfOhc5McdJa1/view?usp=sharing слайды] | ** Лекция: [https://youtu.be/z4u-DsRxzzQ видео], [https://drive.google.com/file/d/1Up5hrm36d8FFvb2twUWpxfOhc5McdJa1/view?usp=sharing слайды] | ||
** Семинар: [https://youtu.be/K4y_z3j1lGI видео], [https://drive.google.com/file/d/1Jjo88THlEVsG_yvwDl_EVU-0w_muIF4F/view?usp=sharing текст (это задание выполнять не нужно, вместо него квиз -- см. Telegram!!)] | ** Семинар: [https://youtu.be/K4y_z3j1lGI видео], [https://drive.google.com/file/d/1Jjo88THlEVsG_yvwDl_EVU-0w_muIF4F/view?usp=sharing текст (это задание выполнять не нужно, вместо него квиз -- см. Telegram!!)] |
Версия 19:13, 23 июня 2021
Лекции
Модули 1 и 2
Лекция 1 (03.09.2020). Секвенирование. Введение.
Лекция 2 (10.09.2020). Введение в молекулярную биологию.
Лекции 3 и 4 (17.09-01.10 2020). Поиск полиморфизмов.
Лекция 5 (08.10.2020). Инструменты работы с данными. Bedtools
Блок Транскрипция, ее регуляция, и как ее изучают
Лекция 1 Транскрипция, ее регуляция, и как ее изучают (часть 1)
Лекция 2 Транскрипция, ее регуляция, и как ее изучают (часть 2)
Лекция 3 Транскрипция, ее регуляция, и как ее изучают (часть 3)
Лекция 4 Транскрипция, ее регуляция, и как ее изучают (часть 4)
Блок лекций о структуре хроматина
Лекция 1 Введение в структуру хроматина
Лекция 2 Практическая работа с данными Hi-C
Лекция 3 Поиск особенностей структуры хроматина
Лекция 4 и 5 Ассоциация данных о хроматине и специальные протоколы
Эпигенетика
ИНСТРУКЦИЯ ДЛЯ РАБОТЫ НАД ПРОЕКТОМ
- (18.03.2021) Занятие 1 -- введение в эпигенетику и обзор анализа данных РНК-сек:
- (25.03.2021) Занятие 2 -- РНК-сек (polyA и total RNA-seq, RPKM, FPKM) и визуализация выравненных чтений РНК-сек в геномном браузере:
- (08.04.2021) Занятие 3:
- (15.04.2021) Занятие 4:
- (22.04.2021) Занятие 5:
- (29.04.2021) Занятие 6:
- (13.05.2021) Занятие 7 - ChomHMM и начало работы над проектом:
- (20.05.2021) Занятие 8 - структуры ДНК и создание github репозитория:
- (27.05.2021) Занятие 9 - DeepZ (Назар Бекназаров) и анализ разметки вторичной структуры ДНК:
- (03.06.2021) Занятие 10 - Сдвиги рамки считывания, АТФ и работа над проектом в группах:
- (10.06.2021) Занятие 11 - защиты проектов группами:
- Видео: часть 1