Майнор Биоинформатика 2 год 2024/25
Содержание
Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику
Формула расчет оценки
Накоп = Округление(0.4*ДЗ + 0.4*ПРОЕКТ), где ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен. В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
Лекции и семинары
| # | Дата | Лекция (11:10 - 12:30) | Семинар (12:40 - 14:00) |
|---|---|---|---|
| 1 | 09.01 |
Введение в эпигеномику слайды |
Формат .bed и утилита bedtools тетрадка |
| 2 | 16.01 |
Метилирование ДНК (введение) слайды |
Анализ частоты CpG тетрадка |
| 3 | 23.01 |
Методы определения метилирования ДНК слайды |
ДЗ-1 Метилирование ДНК черновой текст итоговый вариант будет позднее, пока не выполняйте слайды |
Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования
Формула расчет оценки
Накоп = Округление( Среднее(ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)*0.8 ) Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен. В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
Лекции и семинары
| # | Дата | Лекция (11:10 - 12:30) | Семинар (12:40 - 14:00) |
|---|---|---|---|
| 1 | 05.09 |
Введение в молекулярную биологию лекция |
Создание аккаунтов на серверах инструкция |
| 2 | 12.09 |
Методы секвенирования ДНК лекция |
Введение в github и Google colab. Sra toolkit тетрадка |
| 3 | 19.09 |
Сборка генома слайды |
ДЗ1 Сборка генома текст |
| 4 | 26.09 |
Алгоритмы предсказания генов слайды |
Алгоритмы предсказания генов. Практика |
| 5 | 03.10 |
Аннотация функций генов слайды |
ДЗ2 Аннотация генома текст |
| 6 | 10.10 |
Сдвиг рамки считывания слайды |
Семинар |
| 7 | 24.10 |
Геном человека и некодирующие РНК слайды |
ДЗ3 Предсказание генов текст |
| 8 | 31.10 |
Введение в РНК-сек слайды |
Семинар о РНК-сек |
| Сессия | |||
| 9 | 07.11 |
Анализ данных РНК-сек слайды |
ДЗ4 РНК-сек слайды |
| 11 | 14.11 |
Секвенирование отдельных клеток слайды |
ДЗ5 single cell РНК-сек |
| 12 | 21.11 | Проверочная работа по теме РНК-сек | Разбор ДЗ5 single cell РНК-сек |
| 13 | 28.11 | GWAS | GWAS |
| 14 | 05.12 | Метагеномика. Лекция ссылка | Семинар |
| 15 | 12.12 | Заключение | Заключение. Дописывание квиза. |
| 16 | 19.12 | Экзамен | |
