MinorBioinformatics — различия между версиями
Mpoptsova (обсуждение | вклад) |
Mpoptsova (обсуждение | вклад) |
||
| Строка 37: | Строка 37: | ||
'''Семинар 3.''' Программа BLAST. Поиск схожих последовательностей. Определение последовательностей из метагеномного исследования с помощью BLAST.<br /> | '''Семинар 3.''' Программа BLAST. Поиск схожих последовательностей. Определение последовательностей из метагеномного исследования с помощью BLAST.<br /> | ||
[https://drive.google.com/open?id=1TjvX5LxOhGapzE5S4qxwY9iQt08C0-nU содержание] [https://drive.google.com/open?id=1mb7ocLgqKh3OzKGIPGyQthF8gZWw0nqZ данные] | [https://drive.google.com/open?id=1TjvX5LxOhGapzE5S4qxwY9iQt08C0-nU содержание] [https://drive.google.com/open?id=1mb7ocLgqKh3OzKGIPGyQthF8gZWw0nqZ данные] | ||
| − | ''' | + | |
| − | Семинар 4.''' Введение в биопитон. <br /> | + | '''Семинар 4.''' Введение в биопитон. <br /> |
[https://drive.google.com/open?id=1x4iLR3eD1f983rBLmKID9rSJl3khFscL Питоновский ноутбук.] | [https://drive.google.com/open?id=1x4iLR3eD1f983rBLmKID9rSJl3khFscL Питоновский ноутбук.] | ||
'''Семинар 5.''' Программы ClustalW, Muscle, TCoffee, Mega. Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA).<br /> | '''Семинар 5.''' Программы ClustalW, Muscle, TCoffee, Mega. Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA).<br /> | ||
[https://drive.google.com/open?id=1jYnA8_hATXKi1uyLI9qsPjVbCf_-iFyo содержание] [https://drive.google.com/open?id=1Jhdw2cPNk_R_P9KKuFrO4EEVyKSmIag4 данные] | [https://drive.google.com/open?id=1jYnA8_hATXKi1uyLI9qsPjVbCf_-iFyo содержание] [https://drive.google.com/open?id=1Jhdw2cPNk_R_P9KKuFrO4EEVyKSmIag4 данные] | ||
| + | |||
| + | '''Семинар 6.''' Филогенетика. Интеины. Определение горизонтально перенесенных генов. Определение ортологов и паралогов по филогенетическим деревьям. <br /> | ||
| + | [https://drive.google.com/open?id=16GteufrUZzYk-IQJSy5JPCo3kkRZIPcZ содержание] [https://drive.google.com/open?id=1M-EH5B8aCayXHkdttmIWJOFFXn0Er5Mt данные] | ||
Версия 18:22, 8 октября 2019
Часть 1. Элементарная геномика (модули 1-2)
В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.
В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.
Лекции
Лекция 1. Введение. Основы молекулярной биологии.
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код.
презентация
Лекция 2. Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы.
Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры.
презентация
Лекция 3. Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания.
презентация
Лекция 4. Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование.
презентация
Семинары
Семинар 1. Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Bash-скрипты.
содержание данные
Семинар 2 Базы данных геномов бактерий, человека и разных видов. Файлы аннотации геномов генами. Стренды. Геномный браузер UCSC.
содержание данные
Семинар 3. Программа BLAST. Поиск схожих последовательностей. Определение последовательностей из метагеномного исследования с помощью BLAST.
содержание данные
Семинар 4. Введение в биопитон.
Питоновский ноутбук.
Семинар 5. Программы ClustalW, Muscle, TCoffee, Mega. Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA).
содержание данные
Семинар 6. Филогенетика. Интеины. Определение горизонтально перенесенных генов. Определение ортологов и паралогов по филогенетическим деревьям.
содержание данные
