MinorBioinformatics — различия между версиями

Материал из Wiki - Факультет компьютерных наук
Перейти к: навигация, поиск
Строка 24: Строка 24:
 
'''Лекция 4.'''  Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование.<br />  
 
'''Лекция 4.'''  Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование.<br />  
 
[https://drive.google.com/open?id=1Ojg-FvNPtAgFqjn7LfzYnGn-6Mh4TkYj презентация]  
 
[https://drive.google.com/open?id=1Ojg-FvNPtAgFqjn7LfzYnGn-6Mh4TkYj презентация]  
 +
 +
'''Лекция 5.'''  Множественное выравнивание. Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Методы расстояний. Метод UPGMA. .<br />
 +
[https://drive.google.com/open?id=1-bIo6JuF0MRyM7mt4T-n-vZVk2rObyEP презентация]
  
  

Версия 18:35, 8 октября 2019

Часть 1. Элементарная геномика (модули 1-2)


В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.

В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.



Лекции

Лекция 1. Введение. Основы молекулярной биологии. Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код.
презентация

Лекция 2. Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры.
презентация

Лекция 3. Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания.
презентация

Лекция 4. Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование.
презентация

Лекция 5. Множественное выравнивание. Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Методы расстояний. Метод UPGMA. .
презентация


Семинары

Семинар 1. Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Bash-скрипты.
содержание данные

Семинар 2 Базы данных геномов бактерий, человека и разных видов. Файлы аннотации геномов генами. Стренды. Геномный браузер UCSC.
содержание данные

Семинар 3. Программа BLAST. Поиск схожих последовательностей. Определение последовательностей из метагеномного исследования с помощью BLAST.
содержание данные

Семинар 4. Введение в биопитон.
Питоновский ноутбук.

Семинар 5. Программы ClustalW, Muscle, TCoffee, Mega. Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA).
содержание данные

Семинар 6. Филогенетика. Интеины. Определение горизонтально перенесенных генов. Определение ортологов и паралогов по филогенетическим деревьям.
содержание данные