Факультатив Биоинформатика 2015
Это страница факультатива по биоинформатике, который читается на Факультете Компьютерных Наук в 1-2 модулях в 2015-2016 учебном году.
Проходит c 18.00 до 21.00 по вторникам в 301 аудитории в здании на Кончовском.
Лекторы и Семинаристы В. Степанова, А. Залевский, И. Колесниченко
Контакты: по всем вопросам можно писать на почту ignat1990@gmail.com
Содержание
Описание курса
Цель курса познакомиться с задачами, которыми занимается биоинформатика и изучать популярные инструменты для решения этих задач.
План курса следующий:
1. Введение в молекулярную биологию.
2. Секвенирование. Секвенаторы. Сборка de novo, сборка выравниванием.
3. Базы данных полных геномов. Выравнивания нуклеотидных последовательностей. Алгоритмы BLAST.
4. Сравнительная геномика. Филогения, аннотация.
5. Экспрессия генов. Сплайсинг. Секвенирование РНК. Дифференциальная экспрессия.
6. Трансляция белков. Базы данных белков (Uniprot, PDB). Белковые выравнивания и фолдинг белков.
7. Молекулярные механизмы работы лекарств. Процесс разработки лекарств. Скрининг. Докинг.
8. Однонуклеотидные полиморфизмы. Базы данных и SNP-calling. Соотнесение со структурой.
9. Фармакодинамика/кинетика (метаболизм) лекарственных препаратов.
10. Популяционная медицина. Тестирование на пациентах.
Отчётность по курсу и критерии оценки
В течение курса вам будет предложено выполнить несколько домашних заданий. Для получения зачета по курсу необходимо сделать 80% из всех домашних заданий. Все домашние задания будут иметь deadline-ы, после которых они приниматься не будут.
У тех, кто сдаст меньше 80% домашних заданий (но больше половины), для получения зачёта будет возможность выбрать проект или статью, согласовать её с нами и по результатам защиты проекта/статьи получить зачёт.
Студенты, выполнившие меньше половины домашних заданий, получат незачёт.
Домашние задания
Задание 1.
Решения надо присылать по адресу ignat1990@gmail.com.
Условия задач: https://yadi.sk/i/-pVEymy6jQnho
Дедлайн: 23.59 13 октября. После дедлайна решения не принимаются.
Лекции и семинары
Лекция 1. (15.09.2015)
Что такое биоинформатика. Внутреннее устройство эукариотической клетки. Слайды.
Семинар 1. (15.09.2015)
Введение в LINUX: учились заходить на учебный сервер, решали несложную задачку по работе с файлами. Слайды.
Лекция 2. (22.09.2015)
Подробное описание структуры ДНК, хроматина, хромосом. Описание механизма репликации ДНК.
Семинар 2. (22.09.2015)
Bash. Основные конструкции языка: строки, числа, циклы, if-ы. Полезные утилиты: grep, find, wc, tmux. Слайды.
Лекция 3. (29.09.2015)
Напоминание про ПЦР. Секвенирование по Сенгеру, методы секвенирования нового поколения. Алгоритмы сборки генома нового организма из ридов. Слайды 2.
Семинар 3. (29.09.2015)
Продолжение про Bash и Python. Примеры решения разных задач с использованием питона и командной строки.
Рекомендуемая литература
Молекулярная биология
- Введение в молекулярную биологию, Э. Рис, М. Стернберг
- Молекулярная биология клетки, Б. Альбертс
- Курс Молекулярной биологии на stepic.org
Биоинформатика
Новости
В этом разделе публикуется текущая информация по курсу (переносы лекций, изменения в запланированной программе,...)
