Факультатив Биоинформатика 2015 — различия между версиями
(→Отчётность по курсу и критерии оценки) |
|||
| Строка 13: | Строка 13: | ||
План курса следующий: | План курса следующий: | ||
| − | 1. Введение в | + | 1. Введение в молекулярную биологию. |
2. Секвенирование. Секвенаторы. Сборка de novo, сборка выравниванием. | 2. Секвенирование. Секвенаторы. Сборка de novo, сборка выравниванием. | ||
| Строка 27: | Строка 27: | ||
7. Молекулярные механизмы работы лекарств. Процесс разработки лекарств. Скрининг. Докинг. | 7. Молекулярные механизмы работы лекарств. Процесс разработки лекарств. Скрининг. Докинг. | ||
| − | 8. | + | 8. Однонуклеотидные полиморфизмы. Базы данных и SNP-calling. Соотнесение со структурой. |
| − | 9. | + | 9. Фармакодинамика/кинетика (метаболизм) лекарственных препаратов. |
10. Популяционная медицина. Тестирование на пациентах. | 10. Популяционная медицина. Тестирование на пациентах. | ||
Версия 16:54, 24 сентября 2015
Это страница факультатива по биоинформатике, который читается на Факультете Компьютерных Наук в 1-2 модулях в 2015-2016 учебном году.
Проходит по вторникам в 301 аудитории в здании на Кончовском.
Лекторы и Семинаристы В. Степанова, А. Залевский, И. Колесниченко
Контакты: по всем вопросам можно писать на почту ignat1990@gmail.com
Содержание
Описание курса
Цель курса познакомиться с задачами, которыми занимается биоинформатика и изучать популярные инструменты для решения этих задач.
План курса следующий:
1. Введение в молекулярную биологию.
2. Секвенирование. Секвенаторы. Сборка de novo, сборка выравниванием.
3. Базы данных геномов. Последовательности ДНК. Геномный контекст. Выравнивания нуклеотидных последовательностей. BLAST.
4. Сравнительная геномика. Филогения, аннотация.
5. Экспрессия генов. Сплайсинг. Секвенирование РНК. Дифференциальная экспрессия.
6. Трансляция белков. Базы данных белков (Uniprot, PDB). Белковые выравнивания и фолдинг белков.
7. Молекулярные механизмы работы лекарств. Процесс разработки лекарств. Скрининг. Докинг.
8. Однонуклеотидные полиморфизмы. Базы данных и SNP-calling. Соотнесение со структурой.
9. Фармакодинамика/кинетика (метаболизм) лекарственных препаратов.
10. Популяционная медицина. Тестирование на пациентах.
Отчётность по курсу и критерии оценки
В течение курса вам будет предложено выполнить несколько домашних заданий. Для получения зачета по курсу необходимо сделать 80% из всех домашних заданий. Все домашние задания будут иметь deadline-ы, после которых они приниматься не будут.
У тех, кто сдаст меньше 80% домашних заданий (но больше половины), для получения зачёта будет возможность выбрать проект или статью, согласовать её с нами и по результатам защиты проекта/статьи получить зачёт.
Студенты, выполнившие меньше половины домашних заданий, получат незачёт.
Домашние задания
Здесь будут публиковаться домашние задания по курсу.
Лекции и семинары
Лекция 1. (15.09.2015)
Что такое биоинформатика. Внутреннее устройство эукариотической клетки. Слайды.
Семинар 1. (15.09.2015)
Введение в LINUX: учились заходить на учебный сервер, решали несложную задачку по работе с файлами. Слайды.
Лекция 2. (22.09.2015)
Подробное описание структуры ДНК, хроматина, хромосом. Описание механизма репликации ДНК.
Семинар 2. (22.09.2015)
Bash. Основные конструкции языка: строки, числа, циклы, if-ы. Полезные утилиты: grep, find, wc, tmux. Слайды.
Рекомендуемая литература
Молекулярная биология
- Введение в молекулярную биологию, Э. Рис, М. Стернберг
- Молекулярная биология клетки, Б. Альбертс
- Курс Молекулярной биологии на stepic.org
Биоинформатика
Новости
В этом разделе публикуется текущая информация по курсу (переносы лекций, изменения в запланированной программе,...)
