Определение генетической близости современных и древних людей (проект)

Ментор	Степанова Вита
Учебный семестр	Весна 2015
Учебный курс	1-й курс

Что это за проект?

Методы молекулярной биологии активно используются для восстановления этногенеза различных народностей. В качестве проектной работы студентам предлагается разработать алгоритм определения степени родства современных этносов с древними людьми. Степень родства будет определяться с помощью сравнения одонуклеотидных полиморфизмов - точечных отличий последовательности ДНК внутри одного вида.

Чему вы научитесь?

Базовые знания генетики, знакомство со статистическими критериями и алгоритмами, использующимися в биологии

Какие начальные требования?

Навыки программирования, интерес к генетике и эволюции видов

Какие будут использоваться технологии?

В рамках проекта будут использоваться данные, доступные в базе данных 1000 геномов (www.1000genomes.org). Кроме того, возможно использование утилит для геномных подсчётов (bedtools и др.)

Темы вводных занятий

Основы статистики
Генетика и антропогенез человека

Направления развития

В рамках данного проекта возможна разработка веб-интерфейса программы подсчёта генетической близости внутри одного вида, использующей облачные техологии вычисления

Критерии оценки

4-5 – написать простейшую утилиту, сравнивающую два генома на близость
6-7 – кроме требований на 4-5, провести анализ близости нескольких геномов, убедиться, что получаются правдоподобные результаты
8-10 – исследовать различные методы сравнения близости геномов, понять какие методы сравнения близости работают лучше, какие хуже