Определение генетической близости современных и древних людей (проект) — различия между версиями

Материал из Wiki - Факультет компьютерных наук
Перейти к: навигация, поиск
(Критерии оценки)
 
(не показано 6 промежуточных версии 2 участников)
Строка 7: Строка 7:
 
|summer=
 
|summer=
 
|categorize=yes
 
|categorize=yes
 +
|is_archived=yes
 
}}
 
}}
  
 
=== Что это за проект? ===
 
=== Что это за проект? ===
Методы молекулярной биологии активно используются для восстановления этногенеза различных народностей. В качестве проектной работы студентам предлагается разработать алгоритм определения степени родства современных этносов с древними людьми. Степень родства будет определяться с помощью сравнения одонуклеотидных полиморфизмов - точечных отличий последовательности внутри одного вида.
+
Методы молекулярной биологии активно используются для восстановления этногенеза различных народностей. В качестве проектной работы студентам предлагается разработать алгоритм определения степени родства современных этносов с древними людьми. Степень родства будет определяться с помощью сравнения одонуклеотидных полиморфизмов - точечных отличий последовательности ДНК внутри одного вида.
  
 
=== Чему вы научитесь? ===
 
=== Чему вы научитесь? ===
Строка 16: Строка 17:
  
 
=== Какие начальные требования? ===
 
=== Какие начальные требования? ===
Навыки программирования, основы статистики, интерес к генетике и эволюции видов
+
Навыки программирования, интерес к генетике и эволюции видов
  
 
=== Какие будут использоваться технологии? ===
 
=== Какие будут использоваться технологии? ===
В рамках проекта будут использоваться данные, доступные в базе данных 1000 геномов (www.1000genomes.org). Кроме того возможно использование утилит для геномных подсчётов (bedtools и др.)
+
В рамках проекта будут использоваться данные, доступные в базе данных 1000 геномов (www.1000genomes.org). Кроме того, возможно использование утилит для геномных подсчётов (bedtools и др.)
  
 
=== Темы вводных занятий ===
 
=== Темы вводных занятий ===
 +
Основы статистики<br />
 
Генетика и антропогенез человека
 
Генетика и антропогенез человека
  
Строка 28: Строка 30:
  
 
=== Критерии оценки ===
 
=== Критерии оценки ===
4-5 определить генетическую близость данных современных и древних людей, используя готовые утилиты <br/>
+
4-5 – написать простейшую утилиту, сравнивающую два генома на близость<br />
6-7 определить генетическую близость данных современных и древних людей, использовав свой собственный алгоритм <br/>
+
6-7 – кроме требований на 4-5, провести анализ близости нескольких геномов, убедиться, что получаются правдоподобные результаты<br/>
8-9 определить генетическую близость данных современных и древних людей, использовав свой собственный алгоритм и статистику
+
8-10 – исследовать различные методы сравнения близости геномов, понять какие методы сравнения близости работают лучше, какие хуже

Текущая версия на 10:46, 20 октября 2015

Ментор Степанова Вита
Учебный семестр Весна 2015
Учебный курс 1-й курс


Внимание! Данный проект находится в архиве и реализован не будет.

Что это за проект?

Методы молекулярной биологии активно используются для восстановления этногенеза различных народностей. В качестве проектной работы студентам предлагается разработать алгоритм определения степени родства современных этносов с древними людьми. Степень родства будет определяться с помощью сравнения одонуклеотидных полиморфизмов - точечных отличий последовательности ДНК внутри одного вида.

Чему вы научитесь?

Базовые знания генетики, знакомство со статистическими критериями и алгоритмами, использующимися в биологии

Какие начальные требования?

Навыки программирования, интерес к генетике и эволюции видов

Какие будут использоваться технологии?

В рамках проекта будут использоваться данные, доступные в базе данных 1000 геномов (www.1000genomes.org). Кроме того, возможно использование утилит для геномных подсчётов (bedtools и др.)

Темы вводных занятий

Основы статистики
Генетика и антропогенез человека

Направления развития

В рамках данного проекта возможна разработка веб-интерфейса программы подсчёта генетической близости внутри одного вида, использующей облачные техологии вычисления

Критерии оценки

4-5 – написать простейшую утилиту, сравнивающую два генома на близость
6-7 – кроме требований на 4-5, провести анализ близости нескольких геномов, убедиться, что получаются правдоподобные результаты
8-10 – исследовать различные методы сравнения близости геномов, понять какие методы сравнения близости работают лучше, какие хуже