Просмотр исходного текста страницы Моделирование пространственной структуры РНК (front-end) (проект)

{{Карточка_проекта
|name=Моделирование пространственной структуры РНК (front-end)
|mentor=Залевский Артур
|mentor_login={{URLENCODE:Aozalevsky|WIKI}}
|semester=Весна 2015
|course=1
|summer=
|categorize=yes
|is_archived=yes
}}

=== Что это за проект? ===
Мы сформулировали и применили свой [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2779675/ подход] к реконструкции пространственной структуры РНК на основе данных о [https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A0%D0%B8%D0%B1%D0%BE%D0%BD%D1%83%D0%BA%D0%BB%D0%B5%D0%B8%D0%BD%D0%BE%D0%B2%D0%B0%D1%8F_%D0%BA%D0%B8%D1%81%D0%BB%D0%BE%D1%82%D0%B0#.D0.A1.D1.82.D1.80.D1.83.D0.BA.D1.82.D1.83.D1.80.D0.B0 вторичной структуре] и дополнительных дистанционных ограничений, который показал хорошие результаты при сравнении с полученными позже экспериментальными данными. После публикации статьи мы сделали [http://dualopt1.cmm.msu.ru/ веб-сервис], реализующий этот подход, однако он уже порядком устарел и мы хотели бы его существенно улучшить, как с точки зрения науки, так и качества реализации.

=== Чему вы научитесь? ===
* Познакомитесь с пространственными структурами различных биомолекул.
* Приобретете опыт по разработке веб-сервисов научной направленности.

=== Какие начальные требования? ===
* Желание разобраться в структурном многообразии нуклеиновых кислот.
* Желание создать научный веб-сервис
* Базовые знания ОС GNU/Linux.
* Базовые знания Shell, Python.

=== Какие будут использоваться технологии? ===
* mercurial/git
* Shell, Python
* [http://www.web2py.com/ Web2Py]
* [http://jmol.sourceforge.net Jmol]

=== Темы вводных занятий ===
* Нуклеиновые кислоты, связь структура - функция.

=== Направления развития ===
* Реализовать очередь задач;
* Реализовать рассылку почтовых уведомлений о выполнении задачи;
* Реализовать ограниченный доступ к выдаче и файлам задачи;
* Реализовать интерактивную страницу с очередью и состоянием задачи;
* Реализовать визуализацию 3D структур биомолекул на странице с выдачей результатов.

=== Критерии оценки ===
4-5 Переработать существующий протопип, реализовать базовую функциональность фронтэнда (загрузку данных, очередь задач, рассылка уведомлений, выдачу результата); <br/>
6-7 Реализовать ограничения доступа;<br/>
8-10 Реализовать интерактивную страницу с очередью и состоянием задачи. Реализовать визуализацию 3D структур РНК на странице с выдачей результатов.