Моделирование пространственной структуры РНК (back-end) (проект) — различия между версиями
Материал из Wiki - Факультет компьютерных наук
(Новая страница: «{{Карточка_проекта |name=Моделирование пространственной структуры РНК (back-end) |mentor=Залевски…») |
|||
| (не показаны 3 промежуточные версии ещё одного участника) | |||
| Строка 7: | Строка 7: | ||
|summer= | |summer= | ||
|categorize=yes | |categorize=yes | ||
| + | |is_archived=yes | ||
}} | }} | ||
| Строка 15: | Строка 16: | ||
* Познакомитесь с пространственными структурами различных биомолекул. | * Познакомитесь с пространственными структурами различных биомолекул. | ||
* Освоите некоторые методы молекулярного моделирования, применяемые в самых разных областях научного знания: от создания лекарств до разработки метаматериалов. | * Освоите некоторые методы молекулярного моделирования, применяемые в самых разных областях научного знания: от создания лекарств до разработки метаматериалов. | ||
| − | |||
=== Какие начальные требования? === | === Какие начальные требования? === | ||
| Строка 28: | Строка 28: | ||
* [http://www.gromacs.org GROMACS] | * [http://www.gromacs.org GROMACS] | ||
* [http://www.pyrosetta.org/ PyRosetta] | * [http://www.pyrosetta.org/ PyRosetta] | ||
| − | * [http://www.pymol.org PyMOL | + | * [http://www.pymol.org PyMOL] |
| − | + | ||
=== Темы вводных занятий === | === Темы вводных занятий === | ||
| Строка 35: | Строка 34: | ||
=== Направления развития === | === Направления развития === | ||
| − | * | + | * Чтение файлов формата [http://rna.urmc.rochester.edu/Text/File_Formats.html dot-bracket и ct]; |
| − | * Задокументировать | + | * Подготовка крупнозернистой модели и входных файлов для GROMACS; |
| − | + | * Восстановление полноатомной модели; | |
| − | * Увеличить количество входных форматов файлов, обеспечить поддержку сырых экспериментальных данных | + | * Задокументировать код; |
| + | * Опубликовать весь код под одной из лицензий для СПО; | ||
| + | * Увеличить количество входных форматов файлов, обеспечить поддержку сырых экспериментальных данных; | ||
* Принять участие в [http://ahsoka.u-strasbg.fr/rnapuzzles/index.html конкурсе] по сравнению качества алгоритмов предсказания пространственной структуры нуклеиновых кислот. | * Принять участие в [http://ahsoka.u-strasbg.fr/rnapuzzles/index.html конкурсе] по сравнению качества алгоритмов предсказания пространственной структуры нуклеиновых кислот. | ||
=== Критерии оценки === | === Критерии оценки === | ||
| − | 4-5 Переработать существующий протопип, реализовать базовую функциональность бэкенда, | + | 4-5 Переработать существующий протопип, реализовать базовую функциональность бэкенда (чтение dot-bracket и ct, крупнозернистая модель), задокументировать код; <br/> |
| − | 6-7 Реализовать | + | 6-7 Реализовать полноценный бэкенд, реализовать восстановление полноатомной модели;<br/> |
| − | 8-10 Опубликовать | + | 8-10 Увеличить количество входных форматов. Опубликовать код под СПО лицензией. По желанию, принять участие в конкурсе по оценке качества алгоритмов. |
Текущая версия на 10:44, 20 октября 2015
| Ментор | Залевский Артур |
| Учебный семестр | Весна 2015 |
| Учебный курс | 1-й курс |
| Внимание! Данный проект находится в архиве и реализован не будет. |
Что это за проект?
Мы сформулировали и применили свой подход к реконструкции пространственной структуры РНК на основе данных о вторичной структуре и дополнительных дистанционных ограничений, который показал хорошие результаты при сравнении с полученными позже экспериментальными данными. После публикации статьи мы сделали веб-сервис, реализующий этот подход, однако он уже порядком устарел и мы хотели бы его существенно улучшить, как с точки зрения науки, так и качества реализации.
Чему вы научитесь?
- Познакомитесь с пространственными структурами различных биомолекул.
- Освоите некоторые методы молекулярного моделирования, применяемые в самых разных областях научного знания: от создания лекарств до разработки метаматериалов.
Какие начальные требования?
- Желание разобраться в структурном многообразии нуклеиновых кислот.
- Развитое пространственное мышление и некоторое знакомство с линейной алгеброй.
- Базовые знания ОС GNU/Linux.
- Базовые знания Shell, Perl, Python.
Какие будут использоваться технологии?
Темы вводных занятий
- Нуклеиновые кислоты, связь структура - функция.
Направления развития
- Чтение файлов формата dot-bracket и ct;
- Подготовка крупнозернистой модели и входных файлов для GROMACS;
- Восстановление полноатомной модели;
- Задокументировать код;
- Опубликовать весь код под одной из лицензий для СПО;
- Увеличить количество входных форматов файлов, обеспечить поддержку сырых экспериментальных данных;
- Принять участие в конкурсе по сравнению качества алгоритмов предсказания пространственной структуры нуклеиновых кислот.
Критерии оценки
4-5 Переработать существующий протопип, реализовать базовую функциональность бэкенда (чтение dot-bracket и ct, крупнозернистая модель), задокументировать код;
6-7 Реализовать полноценный бэкенд, реализовать восстановление полноатомной модели;
8-10 Увеличить количество входных форматов. Опубликовать код под СПО лицензией. По желанию, принять участие в конкурсе по оценке качества алгоритмов.
