Моделирование пространственной структуры РНК (проект)

Материал из Wiki - Факультет компьютерных наук
Перейти к: навигация, поиск
Ментор Залевский Артур
Учебный семестр Весна 2015
Учебный курс 1-й курс



Что это за проект?

Мы сформулировали и применили свой подход к реконструкции пространственной структуры РНК на основе данных о вторичной структуре и дополнительных дистанционных ограничений, который показал хорошие результаты при сравнении с полученными позже экспериментальными данными. После публикации статьи мы сделали веб-сервис, реализующий этот подход, однако он уже порядком устарел и мы хотели бы его существенно улучшить, как с точки зрения науки, так и качества реализации.

Чему вы научитесь?

  • Познакомитесь с пространственными структурами различных биомолекул.
  • Освоите некоторые методы молекулярного моделирования, применяемые в самых разных областях научного знания: от создания лекарств до разработки метаматериалов.
  • Приобретете опыт по разработке веб-сервисов научной направленности.

Какие начальные требования?

  • Желание разобраться в структурном многообразии нуклеиновых кислот.
  • Развитое пространственное мышление и некоторое знакомство с линейной алгеброй.
  • Базовые знания ОС GNU/Linux.
  • Базовые знания Shell, Perl, Python.

Какие будут использоваться технологии?

Темы вводных занятий

  • Нуклеиновые кислоты, связь структура - функция.

Направления развития

  • Использовать возможности Nvidia CUDA для работы с линейной алгеброй
  • Задокументировать и опубликовать весь код под одной из лицензий для СПО.
  • Опубликовать статью о веб-сервисе в рецензируемом англоязычном журнале.
  • Увеличить количество входных форматов файлов, обеспечить поддержку сырых экспериментальных данных.
  • Принять участие в конкурсе по сравнению качества алгоритмов предсказания пространственной структуры нуклеиновых кислот.

Критерии оценки

4-5 Переработать существующий протопип, реализовать базовую функциональность бэкенда, реализовать минимальный фронтэнд.
6-7 Реализовать полноценные бэк- и фронтэнды, задокументировать код.
8-10 Опубликовать исходные коды под одной из лицензий для СПО. uuПринять участие в подготовке статьи к публикации.