Моделирование пространственной структуры РНК (проект) — различия между версиями

Материал из Wiki - Факультет компьютерных наук
Перейти к: навигация, поиск
(Направления развития)
 
(не показаны 2 промежуточные версии этого же участника)
Строка 1: Строка 1:
{{Карточка_проекта
 
|name=Моделирование пространственной структуры РНК
 
|mentor=Залевский Артур
 
|mentor_login={{URLENCODE:Vita Stepanova|WIKI}}
 
|semester=Весна 2015
 
|course=1
 
|summer=
 
|categorize=yes
 
}}
 
 
 
=== Что это за проект? ===
 
=== Что это за проект? ===
 
Мы сформулировали и применили свой [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2779675/ подход] к реконструкции пространственной структуры РНК на основе данных о [https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A0%D0%B8%D0%B1%D0%BE%D0%BD%D1%83%D0%BA%D0%BB%D0%B5%D0%B8%D0%BD%D0%BE%D0%B2%D0%B0%D1%8F_%D0%BA%D0%B8%D1%81%D0%BB%D0%BE%D1%82%D0%B0#.D0.A1.D1.82.D1.80.D1.83.D0.BA.D1.82.D1.83.D1.80.D0.B0 вторичной структуре] и дополнительных дистанционных ограничений, который показал хорошие результаты при сравнении с полученными позже экспериментальными данными. После публикации статьи мы сделали [http://dualopt1.cmm.msu.ru/ веб-сервис], реализующий этот подход, однако он уже порядком устарел и мы хотели бы его существенно улучшить, как с точки зрения науки, так и качества реализации.
 
Мы сформулировали и применили свой [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2779675/ подход] к реконструкции пространственной структуры РНК на основе данных о [https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A0%D0%B8%D0%B1%D0%BE%D0%BD%D1%83%D0%BA%D0%BB%D0%B5%D0%B8%D0%BD%D0%BE%D0%B2%D0%B0%D1%8F_%D0%BA%D0%B8%D1%81%D0%BB%D0%BE%D1%82%D0%B0#.D0.A1.D1.82.D1.80.D1.83.D0.BA.D1.82.D1.83.D1.80.D0.B0 вторичной структуре] и дополнительных дистанционных ограничений, который показал хорошие результаты при сравнении с полученными позже экспериментальными данными. После публикации статьи мы сделали [http://dualopt1.cmm.msu.ru/ веб-сервис], реализующий этот подход, однако он уже порядком устарел и мы хотели бы его существенно улучшить, как с точки зрения науки, так и качества реализации.

Текущая версия на 18:20, 18 декабря 2014

Что это за проект?

Мы сформулировали и применили свой подход к реконструкции пространственной структуры РНК на основе данных о вторичной структуре и дополнительных дистанционных ограничений, который показал хорошие результаты при сравнении с полученными позже экспериментальными данными. После публикации статьи мы сделали веб-сервис, реализующий этот подход, однако он уже порядком устарел и мы хотели бы его существенно улучшить, как с точки зрения науки, так и качества реализации.

Чему вы научитесь?

  • Познакомитесь с пространственными структурами различных биомолекул.
  • Освоите некоторые методы молекулярного моделирования, применяемые в самых разных областях научного знания: от создания лекарств до разработки метаматериалов.
  • Приобретете опыт по разработке веб-сервисов научной направленности.

Какие начальные требования?

  • Желание разобраться в структурном многообразии нуклеиновых кислот.
  • Развитое пространственное мышление и некоторое знакомство с линейной алгеброй.
  • Базовые знания ОС GNU/Linux.
  • Базовые знания Shell, Perl, Python.

Какие будут использоваться технологии?

Темы вводных занятий

  • Нуклеиновые кислоты, связь структура - функция.

Направления развития

  • Использовать возможности Nvidia CUDA для работы с линейной алгеброй
  • Задокументировать и опубликовать весь код под одной из лицензий для СПО.
  • Опубликовать статью о веб-сервисе в рецензируемом англоязычном журнале.
  • Увеличить количество входных форматов файлов, обеспечить поддержку сырых экспериментальных данных.
  • Принять участие в конкурсе по сравнению качества алгоритмов предсказания пространственной структуры нуклеиновых кислот.

Критерии оценки

4-5 Переработать существующий протопип, реализовать базовую функциональность бэкенда, реализовать минимальный фронтэнд.
6-7 Реализовать полноценные бэк- и фронтэнды, задокументировать код.
8-10 Опубликовать исходные коды под одной из лицензий для СПО. uuПринять участие в подготовке статьи к публикации.