Майнор Биоинформатика 2 год 2023/24

Материал из Wiki - Факультет компьютерных наук
Перейти к: навигация, поиск

Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику

Формула расчет оценки

Накоп = Округление(0.4*ДЗ  +  0.4*ПРОЕКТ), где
ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть

Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале


Примерный план занятий

Лекции и семинары

# Дата Лекция (11:10 - 12:30) Семинар (12:40 - 14:00)
1 11.01

Введение в эпигеномику видео слайды

Формат .bed и утилита bedtools тетрадка

2 18.01

Метилирование ДНК (введение) видео слайды

ДЗ-1 Метилирование ДНК текст слайды

3 25.01

Методы определения метилирования ДНК слайды

Анализ частоты CpG

4 01.02

Модификации гистонов, проект ENCODE

ДЗ-2 Модификации гистонов

5 08.02

ChIP-seq

NSG-plot

6 15.02

Доступность хроматина (DNAse-seq и ATAC-seq)

Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy

22.02 TBD TBD
7 29.02

ChromHMM

ДЗ-3 ChromHMM

8 07.03

Одноклеточное секвенирование - эпигеномика

Виртуальные окружения и VS Code

9 14.03

Введение в структуру хроматина

higlass:

10 21.04

3-dimensional genome (сhromatin conformation analysis)

Работа с данными HiC

11 04.04

3-dimensional genome (часть 2)

Cooltools. Cooler

12 11.04

Chromatin structure: feature calling

Квиз
13 18.04

Проект (введение)

-
14 25.04

Проект (выбор белков и организация в группы)

-
15 16.05

Проект (вводные презентации групп)

Инструкции для выполнения индивидуальной части проекта

16 23.05

Проект (вводные презентации групп 2)

Проект (групповая часть)

17 30.05 Защита проектов группами
18 06.06 Экзамен

Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования

Формула расчет оценки

Накоп = Округление( (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)/6 )
Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

Лекции и семинары

# Дата Лекция (11:10 - 12:30) Семинар (12:40 - 14:00)
1 07.09

Введение в молекулярную биологию презентация видео

Создание аккаунтов на серверах инструкция

2 14.09

Методы секвенирования ДНК слайды видео

Введение в github и Google colab команды с занятия
3 21.09

Сборка генома слайды видео

ДЗ1 Сборка генома текст

4 28.09

Алгоритмы предсказания генов слайдывидео

Алгоритмы предсказания генов. Практика

5 05.10

Аннотация функций генов видео слайды

ДЗ2 Аннотация генома

6 12.10

Сдвиг рамки считывания слайды видео

Семинар тетрадка

7 19.10

Геном человека и некодирующие РНК видео слайды

ДЗ3 Предсказание генов текст

Сессия
8 02.11

Введение в РНК-сек видео слайды

ДЗ4 РНК-сек текст

9 09.11

Анализ данных РНК-сек слайды видео

Анализ данных РНК-сек

11 16.11

Секвенирование отдельных клеток видео слайды

ДЗ5 single cell РНК-сек текст

12 23.11 Проверочная работа по теме РНК-сек Разбор ДЗ5 single cell РНК-сек видео
13 30.11 GWAS видео слайды GWAS видео слайды
14 07.12 Метагеномика. Лекция ссылка Семинар
15 14.12 Лекция Семинар
16 21.12 Экзамен