Майнор Биоинформатика 2 год 2022/23

Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику

Формула расчет оценки

Накоп = Округление(0.5*ДЗ  +  0.5*ПРОЕКТ), где
ДЗ = (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ХР)/4
ХР=(0.5*ДЗ4+0.5*квиз)
ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть

Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

Лекции и семинары

Записи всех лекций и семинаров

#	Дата	Лекция (11:10 - 12:30)	Семинар (12:40 - 14:00)
1	19.01	Введение в эпигеномику -- видео, слайды	Формат .bed и утилита bedtools (Дмитрий Коновалов) -- видео, тетрадка
2	26.01	Метилирование ДНК (введение) -- видео, слайды	ДЗ-1 Метилирование ДНК (Егор Фурсов) -- видео, слайды, задание
3	02.02	Методы определения метилирования ДНК -- видео, слайды	Анализ частоты CpG (Дмитрий Коновалов) -- видео, тетрадка
4	09.02	Модификации гистонов, проект ENCODE -- видео, слайды	ДЗ-2 Модификации гистонов (Иван Геворков) -- видео, задание
5	16.02	ChIP-seq -- видео, слайды	NSG-plot (Дмитрий Коновалов) -- видео, тетрадка
	23.02	Выходной (день защитника Отечества)
6	02.03	Доступность хроматина (DNAse-seq и ATAC-seq) -- видео, слайды	Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy -- видео, тетрадка
	09.03	-	-
7	16.03	ChromHMM -- видео, слайды	ДЗ-3 ChromHMM (Дмитрий Меньщиков) -- видео, задание
8	23.03	Одноклеточное секвенирование - эпигеномика -- видео, слайды	Виртуальные окружения и VS Code -- видео, заметки
	30.03	Сессия
9	06.04	Введение в структуру хроматина -- видео, презентация	higlass: видео, ссылка 1, ссылка 2
10	13.04	3-dimensional genome (сhromatin conformation analysis) -- видео, презентация	Работа с данными HiC -- видео, материалы, тетрадка
11	20.04	Блок по структуре хроматина?	Cooltools. Cooler. Тетрадка данные
12	27.04	Блок по структуре хроматина?	TBA
	04.05	Майские праздники
13	11.05	Проект - введение	TBA
14	18.05	Проект (индивидуальная часть)	TBA
15	25.05	Проект (индивидуальная часть)	TBA
16	01.06	Проект (групповая часть)	TBA
17	08.06	Защита проектов группами
18	15.06	Экзамен

Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования

Формула расчет оценки

Накоп = Округление( (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)/6 )
Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

Лекции и семинары

Записи всех лекций и семинаров

#	Дата	Лекция (11:10 - 12:30)	Семинар (12:40 - 14:00)
1	08.09	Введение в молекулярную биологию -- видео, слайды	Создание аккаунтов на серверах -- Инструкция 1, Инструкция 2, Таблица
2	15.09	Методы секвенирования ДНК -- видео, слайды	Введение в github и Google colab
3	22.09	Сборка генома (Артем Касьянов) -- видео, слайды	ДЗ1 Сборка генома (Дмитрий Меньщиков) -- видео, задание
4	29.09	Алгоритмы предсказания генов -- видео, слайды	Разбор домашнего задания 1 -- видео, слайды
5	06.10	Аннотация функций генов -- видео, слайды	ДЗ2 Аннотация генома (Иван Геворков) -- видео, тетрадка, задание
6	13.10	Сдвиг рамки считывания -- видео, слайды	Подготовка к домашнему заданию 3 (Егор Фурсов) -- видео, тетрадка
7	20.10	Генная инженерия (Анатолий Зубрицкий) -- видео, слайды	ДЗ3 Предсказание генов (Дмитрий Бушнев) -- видео, тетрадка, задание
	27.10	Сессия
8	03.11	Геном человека и некодирующие РНК -- видео, слайды	Повторы в геноме человека (Дмитрий Коновалов) -- видео, тетрадка
9	10.11	Введение в РНК-сек (Анатолий Зубрицкий) -- видео, слайды	ДЗ4 РНК-сек (Дмитрий Бушнев) -- видео, задание
	17.11	-
10	24.11	Анализ данных РНК-сек -- видео, слайды	Анализ данных РНК-сек -- видео, слайды
11	01.12	Проверочная работа по теме РНК-сек	ДЗ5 single cell РНК-сек (Егор Фурсов) -- видео, слайды, задание
12	08.12	Секвенирование отдельных клеток (Анатолий Зубрицкий) -- слайды	GWAS и популяционная генетика
13	15.12	Развитие жизни на Земле -- слайды	Разбор оценок за все ДЗ
14	22.12	Экзамен