Майнор Биоинформатика 2 год 2022/23
Материал из Wiki - Факультет компьютерных наук
Версия от 10:54, 19 января 2023; Dkonovalov (обсуждение | вклад)
Содержание
Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику
Формула расчет оценки
Накоп = Округление(0.5*ДЗ + 0.5*ПРОЕКТ), где ДЗ = (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4)/4 ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен. В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
Лекции и семинары
| # | Дата | Лекция (11:10 - 12:30) | Семинар (12:40 - 14:00) |
|---|---|---|---|
| 1 | 19.01 |
Введение в эпигеномику |
Формат .bed и утилита bedtools -- тетрадка |
| 2 | 26.01 | Метилирование ДНК (введение) | Метилирование ДНК (рассказ про ДЗ-1) |
| 3 | 02.02 | Методы определения метилирования ДНК | Анализ частоты CpG |
| 4 | 09.02 | Модификации гистонов (введение), проект ENCODE | Модификации гистонов (рассказ про ДЗ-2) |
| 5 | 16.02 | Детали ChIP-seq -- получение антител, контроль и визуализация данных | NSG-plot (бонусное задание к ДЗ-2) |
| 23.02 | Выходной (день защитника Отечества) | ||
| 6 | 02.03 | Доступность хроматина (DNAse-seq и ATAC-seq) | TBA |
| 7 | 09.03 | ChromHMM | ChromHMM (домашнее задание № 3) |
| 8 | 16.03 | Одноклеточное секвенирование - эпигеномика | TBA |
| 9 | 23.03 | Филогенетика | TBA |
| 30.03 | Сессия | ||
| 10 | 06.04 | Генетическая инженерия 1 -- введение | TBA |
| 11 | 13.04 | Генетическая инженерия 2 -- CRISPR | TBA |
| 12 | 20.04 | Генетическая инженерия 3 -- CRISPR | TBA |
| 13 | 27.04 | Генетическая инженерия 4 -- стволовые клетки | TBA |
| 04.05 | Майские праздники | ||
| 14 | 11.05 | Проект - введение | TBA |
| 15 | 18.05 | Проект (индивидуальная часть) | TBA |
| 16 | 25.05 | Проект (индивидуальная часть) | TBA |
| 17 | 01.06 | Проект (групповая часть) | TBA |
| 18 | 08.06 | Защита проектов группами | |
| 19 | 15.06 | Экзамен | |
Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования
Формула расчет оценки
Накоп = Округление( (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)/6 ) Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен. В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
Лекции и семинары
Записи всех лекций и семинаров
| # | Дата | Лекция (11:10 - 12:30) | Семинар (12:40 - 14:00) |
|---|---|---|---|
| 1 | 08.09 |
Создание аккаунтов на серверах -- Инструкция 1, Инструкция 2, Таблица | |
| 2 | 15.09 | Введение в github и Google colab | |
| 3 | 22.09 | ||
| 4 | 29.09 | ||
| 5 | 06.10 |
ДЗ2 Аннотация генома (Иван Геворков) -- видео, тетрадка, задание | |
| 6 | 13.10 |
Подготовка к домашнему заданию 3 (Егор Фурсов) -- видео, тетрадка | |
| 7 | 20.10 |
ДЗ3 Предсказание генов (Дмитрий Бушнев) -- видео, тетрадка, задание | |
| 27.10 | Сессия | ||
| 8 | 03.11 |
Повторы в геноме человека (Дмитрий Коновалов) -- видео, тетрадка | |
| 9 | 10.11 | ||
| 17.11 | - | ||
| 10 | 24.11 | ||
| 11 | 01.12 | Проверочная работа по теме РНК-сек |
ДЗ5 single cell РНК-сек (Егор Фурсов) -- видео, слайды, задание |
| 12 | 08.12 |
Секвенирование отдельных клеток (Анатолий Зубрицкий) -- слайды |
GWAS и популяционная генетика |
| 13 | 15.12 |
Развитие жизни на Земле -- слайды |
Разбор оценок за все ДЗ |
| 14 | 22.12 | Экзамен | |
