Майнор Биоинформатика 2 год 2022/23 — различия между версиями

Материал из Wiki - Факультет компьютерных наук
Перейти к: навигация, поиск
(→‎Лекции и семинары)
Строка 120: Строка 120:
 
| 9
 
| 9
 
|| 06.04
 
|| 06.04
−
|| Введение в структуру хроматина [https://drive.google.com/file/d/1ShjC4BwnMBy5bqfM3uEUICnRKGsP0Iaw/view?usp=sharing презентация]
+
||
−
|| Ссылки для семинара [http://higlass.io/l/?d=LMb6eMieSiCVkp0JoK1juQ 1] [http://higlass.io/l/?d=EltOzSM-SdO6aLWnuCaMjg 2]
+
Введение в структуру хроматина --
 +
[https://youtu.be/TRVF1AQSRx8 видео],
 +
[https://drive.google.com/file/d/1ShjC4BwnMBy5bqfM3uEUICnRKGsP0Iaw/view?usp=sharing презентация]
 +
||
 +
higlass:
 +
[https://youtu.be/TRVF1AQSRx8?t=5785 видео],
 +
[http://higlass.io/l/?d=LMb6eMieSiCVkp0JoK1juQ ссылка 1],
 +
[http://higlass.io/l/?d=EltOzSM-SdO6aLWnuCaMjg ссылка 2]
 
|-
 
|-
 
| 10
 
| 10
 
|| 13.04
 
|| 13.04
−
|| 3-dimensional genome:
+
||
−
сhromatin conformation analysis [https://docs.google.com/presentation/d/1yg-5z5kfswh7_8D1Y1OmBx_nzVXEl6XN/edit?usp=sharing&ouid=101690403665513115529&rtpof=true&sd=true презентация ]
+
3-dimensional genome (сhromatin conformation analysis) --
−
|| [https://drive.google.com/drive/folders/142vwyCNlcN3tfBeelfohtKnqmjzzVjcD?usp=sharing Материалы к семинару] [https://colab.research.google.com/drive/1lsPiDVsKf7DZ3C-MKn3gFXLeBYsVqE3t?usp=share_link тетрадка]
+
[https://youtu.be/-rdl_5r_ECw видео],
 +
[https://docs.google.com/presentation/d/1yg-5z5kfswh7_8D1Y1OmBx_nzVXEl6XN/edit?usp=sharing&ouid=101690403665513115529&rtpof=true&sd=true презентация]
 +
||
 +
Работа с данными HiC --
 +
[https://youtu.be/JLOd3lFzpgo видео],
 +
[https://drive.google.com/drive/folders/142vwyCNlcN3tfBeelfohtKnqmjzzVjcD?usp=sharing материалы],
 +
[https://colab.research.google.com/drive/1lsPiDVsKf7DZ3C-MKn3gFXLeBYsVqE3t?usp=share_link тетрадка]
 
|-
 
|-
 
| 11
 
| 11

Версия 16:28, 19 апреля 2023

Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику

Формула расчет оценки

Накоп = Округление(0.5*ДЗ  +  0.5*ПРОЕКТ), где
ДЗ = (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4)/4
ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть

Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

Лекции и семинары

Записи всех лекций и семинаров

# Дата Лекция (11:10 - 12:30) Семинар (12:40 - 14:00)
1 19.01

Введение в эпигеномику -- видео, слайды

Формат .bed и утилита bedtools (Дмитрий Коновалов) -- видео, тетрадка

2 26.01

Метилирование ДНК (введение) -- видео, слайды

ДЗ-1 Метилирование ДНК (Егор Фурсов) -- видео, слайды, задание

3 02.02

Методы определения метилирования ДНК -- видео, слайды

Анализ частоты CpG (Дмитрий Коновалов) -- видео, тетрадка

4 09.02

Модификации гистонов, проект ENCODE -- видео, слайды

ДЗ-2 Модификации гистонов (Иван Геворков) -- видео, задание

5 16.02

ChIP-seq -- видео, слайды

NSG-plot (Дмитрий Коновалов) -- видео, тетрадка

23.02 Выходной (день защитника Отечества)
6 02.03

Доступность хроматина (DNAse-seq и ATAC-seq) -- видео, слайды

Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy -- видео, тетрадка

09.03 - -
7 16.03

ChromHMM -- видео, слайды

ДЗ-3 ChromHMM (Дмитрий Меньщиков) -- видео, задание

8 23.03

Одноклеточное секвенирование - эпигеномика -- видео, слайды

Виртуальные окружения и VS Code -- видео, заметки

30.03 Сессия
9 06.04

Введение в структуру хроматина -- видео, презентация

higlass: видео, ссылка 1, ссылка 2

10 13.04

3-dimensional genome (сhromatin conformation analysis) -- видео, презентация

Работа с данными HiC -- видео, материалы, тетрадка

11 20.04 Блок по структуре хроматина? TBA
12 27.04 Блок по структуре хроматина? TBA
04.05 Майские праздники
13 11.05 Проект - введение TBA
14 18.05 Проект (индивидуальная часть) TBA
15 25.05 Проект (индивидуальная часть) TBA
16 01.06 Проект (групповая часть) TBA
17 08.06 Защита проектов группами
18 15.06 Экзамен

Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования

Формула расчет оценки

Накоп = Округление( (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)/6 )
Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

Лекции и семинары

Записи всех лекций и семинаров

# Дата Лекция (11:10 - 12:30) Семинар (12:40 - 14:00)
1 08.09

Введение в молекулярную биологию -- видео, слайды

Создание аккаунтов на серверах -- Инструкция 1, Инструкция 2, Таблица

2 15.09

Методы секвенирования ДНК -- видео, слайды

Введение в github и Google colab
3 22.09

Сборка генома (Артем Касьянов) -- видео, слайды

ДЗ1 Сборка генома (Дмитрий Меньщиков) -- видео, задание

4 29.09

Алгоритмы предсказания генов -- видео, слайды

Разбор домашнего задания 1 -- видео, слайды

5 06.10

Аннотация функций генов -- видео, слайды

ДЗ2 Аннотация генома (Иван Геворков) -- видео, тетрадка, задание

6 13.10

Сдвиг рамки считывания -- видео, слайды

Подготовка к домашнему заданию 3 (Егор Фурсов) -- видео, тетрадка

7 20.10

Генная инженерия (Анатолий Зубрицкий) -- видео, слайды

ДЗ3 Предсказание генов (Дмитрий Бушнев) -- видео, тетрадка, задание

27.10 Сессия
8 03.11

Геном человека и некодирующие РНК -- видео, слайды

Повторы в геноме человека (Дмитрий Коновалов) -- видео, тетрадка

9 10.11

Введение в РНК-сек (Анатолий Зубрицкий) -- видео, слайды

ДЗ4 РНК-сек (Дмитрий Бушнев) -- видео, задание

17.11 -
10 24.11

Анализ данных РНК-сек -- видео, слайды

Анализ данных РНК-сек -- видео, слайды

11 01.12 Проверочная работа по теме РНК-сек

ДЗ5 single cell РНК-сек (Егор Фурсов) -- видео, слайды, задание

12 08.12

Секвенирование отдельных клеток (Анатолий Зубрицкий) -- слайды

GWAS и популяционная генетика
13 15.12

Развитие жизни на Земле -- слайды

Разбор оценок за все ДЗ
14 22.12 Экзамен
Источник — «http://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=Майнор_Биоинформатика_2_год_2022/23&oldid=77708»