Майнор Биоинформатика 2 год 2022/23 — различия между версиями

Материал из Wiki - Факультет компьютерных наук
Перейти к: навигация, поиск
м
м (Поменял местами модули)
 
(не показано 87 промежуточных версии 2 участников)
Строка 1: Строка 1:
−
[https://t.me/+c0Ay6jRQSgxhMDQy Телеграм группа курса]
 
−
 
 
== Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования ==
 
== Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования ==
  
 
=== Формула расчет оценки ===
 
=== Формула расчет оценки ===
−
  Накоп = Округление( (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+ДЗ6)/6 )
+
  Накоп = Округление( (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)/6 )
−
  Если Накоп >=6, то студент может получить Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
+
  Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
−
  В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
+
  В случае сдачи экзамена к оценке Накоп '''добавляется''' 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
  
 
=== Лекции и семинары ===
 
=== Лекции и семинары ===
Строка 45: Строка 43:
 
'''ДЗ1''' Сборка генома (Дмитрий Меньщиков) --
 
'''ДЗ1''' Сборка генома (Дмитрий Меньщиков) --
 
[https://youtu.be/mww_FcvkScI видео],
 
[https://youtu.be/mww_FcvkScI видео],
−
[https://docs.google.com/document/d/1vpFZF5F82_xjZPXGcm-ADsh4yhiWc_sUirHaFtQGNDA/edit Инструкция]
+
'''[https://docs.google.com/document/d/1vpFZF5F82_xjZPXGcm-ADsh4yhiWc_sUirHaFtQGNDA/edit задание]'''
 
|-
 
|-
 
| 4
 
| 4
Строка 54: Строка 52:
 
[https://drive.google.com/file/d/1XId9DdtndZqzcOlUt519KuFh6GbDbTLv/view?usp=sharing слайды]
 
[https://drive.google.com/file/d/1XId9DdtndZqzcOlUt519KuFh6GbDbTLv/view?usp=sharing слайды]
 
||
 
||
−
Разбор домашнего задания --
+
Разбор домашнего задания 1 --
 
[https://youtu.be/hfV4x24tGVc видео],
 
[https://youtu.be/hfV4x24tGVc видео],
 
[https://drive.google.com/file/d/1XNE-HZz5uUssyxvM290d6x--iG2rhNnl/view?usp=sharing слайды]
 
[https://drive.google.com/file/d/1XNE-HZz5uUssyxvM290d6x--iG2rhNnl/view?usp=sharing слайды]
Строка 60: Строка 58:
 
| 5
 
| 5
 
|| 06.10
 
|| 06.10
−
|| Аннотация функций генов
+
||
−
|| '''ДЗ2''' Аннотация генома (Иван Геворков) --[https://docs.google.com/document/d/1hDFQYynGaRw43X5QlyPbMek5DDHvKFvzIJZJfSZnjWk/edit инструкция]
+
Аннотация функций генов --
 +
[https://youtu.be/hBsa_WgKwCU видео],
 +
[https://drive.google.com/file/d/1bO7e7TvNavHUsBXMAn5NjVwPvsJ_m2dM/view?usp=sharing слайды]
 +
||
 +
'''ДЗ2''' Аннотация генома (Иван Геворков) --  
 +
[https://youtu.be/YKtfkmwdfJQ видео],
 +
[https://colab.research.google.com/drive/12XnH8WmwZ8gz4o4rDLNrJB0XuIAL72Hr?usp=sharing тетрадка],
 +
'''[https://docs.google.com/document/d/1hDFQYynGaRw43X5QlyPbMek5DDHvKFvzIJZJfSZnjWk/edit задание]'''
 
|-
 
|-
 
| 6
 
| 6
 
|| 13.10
 
|| 13.10
−
|| Сдвиг рамки считывания
+
||
−
|| Библиотека Biopython и формат GenBank
+
Сдвиг рамки считывания --
 +
[https://youtu.be/nt2nt6wXQ14 видео],
 +
[https://drive.google.com/file/d/1dYyIVzwkqfFTqSTYX7kFNtyldFcHSQ1a/view?usp=sharing слайды]
 +
||
 +
Подготовка к домашнему заданию 3 (Егор Фурсов) --
 +
[https://youtu.be/Th_BLnSERsc видео],
 +
[https://colab.research.google.com/drive/1zP82fz-IAhdlxlrQiwpz2bjEavYUCQU_?usp=sharing тетрадка]
 
|-
 
|-
 
| 7
 
| 7
 
|| 20.10
 
|| 20.10
−
|| Генная инженерия (Анатолий Зубрицкий)
+
||
−
|| '''ДЗ3'''  Генная инженерия и ПЦР
+
Генная инженерия (Анатолий Зубрицкий) --
 +
[https://youtu.be/ziidx82nAOA видео],
 +
[https://drive.google.com/file/d/1jTL_LELFZc8faKzwTPfnOzCDe59GdwbQ/view?usp=sharing слайды]
 +
||
 +
'''ДЗ3'''  Предсказание генов (Дмитрий Бушнев) --
 +
[https://youtu.be/U5WuigrZvr8 видео],
 +
[https://colab.research.google.com/drive/1bJnuCnWStcupKug_l1N9yaVxfmqtIORn?usp=sharing тетрадка],
 +
'''[https://docs.google.com/document/d/1Z7og5KC2rNgTxrsglcwNWdsqMuPLZnIyQbPZX-VkEts/edit?usp=sharing задание]'''
 
|-
 
|-
 
|  
 
|  
 
|| 27.10
 
|| 27.10
 
!scope="row" colspan="2"| Сессия
 
!scope="row" colspan="2"| Сессия
−
|-
 
−
| -
 
−
|| TBA
 
−
|colspan="2" style="text-align: center;"| Экспериментальные аспекты секвенирования ДНК (Анатолий Зубрицкий)
 
 
|-
 
|-
 
| 8
 
| 8
 
|| 03.11
 
|| 03.11
−
|| -
+
||
−
|| -
+
Геном человека и некодирующие РНК --
 +
[https://youtu.be/w9osm8OXQaA видео],
 +
[https://drive.google.com/file/d/1o62kgUXVHPxrOh0DDcmH-RJaq11tIhpD/view?usp=sharing слайды]
 +
||
 +
Повторы в геноме человека (Дмитрий Коновалов) --
 +
[https://youtu.be/oQmClx83BNQ видео],
 +
[https://colab.research.google.com/drive/1ACHzlef1u9vidHHocV87cFPMFw-Pke_N?usp=sharing тетрадка]
 
|-
 
|-
 
| 9
 
| 9
 
|| 10.11
 
|| 10.11
−
|| -
+
||
−
|| '''ДЗ4''' РНК-сек (Дмитрий Бушнев)
+
Введение в РНК-сек (Анатолий Зубрицкий) --
 +
[https://youtu.be/wo7MC1MSt8o видео],
 +
[https://drive.google.com/file/d/1zmFcAB36_b6HDrsm49fPk5oCMqH5i5t1/view?usp=sharing слайды]
 +
||
 +
'''ДЗ4''' РНК-сек (Дмитрий Бушнев) --
 +
[https://youtu.be/ATaTRS4ldY0 видео],
 +
'''[https://docs.google.com/document/d/1em3ictlXzfacZqaG5Rn5i3QAnvNlT-eKPP4yV24_8M4/edit?usp=sharing задание]'''
 
|-
 
|-
−
| 10
+
|  
 
|| 17.11
 
|| 17.11
−
|| Некодирующие РНК
+
|colspan="2" style="text-align: center;"| -
−
||
+
 
|-
 
|-
−
| 11
+
| 10
 
|| 24.11
 
|| 24.11
−
|| -
+
||
−
|| '''ДЗ5''' single cell РНК-сек (Егор Фурсов)
+
Анализ данных РНК-сек --
 +
[https://youtu.be/_C0Qo2u98cg видео],
 +
[https://drive.google.com/file/d/1s4JYjnPmStFGWen7fx9nTJuZgdA5PIZd/view?usp=sharing слайды]
 +
||
 +
Анализ данных РНК-сек --
 +
[https://youtu.be/PC9NV1HfBAU видео],
 +
[https://drive.google.com/file/d/1s7e2-bCAa4YfCV7H92RguiCditda0sJS/view?usp=sharing слайды]
 
|-
 
|-
−
| 12
+
| 11
 
|| 01.12
 
|| 01.12
−
|| -
+
|| Проверочная работа по теме РНК-сек
−
||  
+
||
 +
'''ДЗ5''' single cell РНК-сек (Егор Фурсов) --
 +
[https://youtu.be/-6syXyay2yE видео],
 +
[https://drive.google.com/file/d/1syVhN5IafP1jLUs5Ox9bOpIJWsQvrlMI/view?usp=sharing слайды],
 +
'''[https://docs.google.com/document/d/1VFGHdig_5A6UsRJsmuaqDh3LBoXnKLVmhv9bAfVY3E0/edit задание]'''
 
|-
 
|-
−
| 13
+
| 12
 
|| 08.12
 
|| 08.12
−
|| -
+
||
−
|| '''ДЗ6'''
+
Секвенирование отдельных клеток (Анатолий Зубрицкий) --
 +
[https://drive.google.com/file/d/1tofQ6N7UYhaouDC_8gnJVkf9s2p0a1FQ/view?usp=sharing слайды]
 +
|| GWAS и популяционная генетика
 
|-
 
|-
−
| 14
+
| 13
 
|| 15.12
 
|| 15.12
 +
||
 +
Развитие жизни на Земле --
 +
[https://drive.google.com/file/d/1uiBu1HJ5g02QFR9TAcRaJIEwN87QthOd/view?usp=sharing слайды]
 +
|| Разбор оценок за все ДЗ
 +
|-
 +
| 14
 +
|| 22.12
 +
|colspan="2" style="text-align: center;"| Экзамен
 +
|-
 +
|}
 +
 +
 +
== Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику ==
 +
 +
=== Формула расчет оценки ===
 +
Накоп = Округление(0.5*ДЗ  +  0.5*ПРОЕКТ), где
 +
ДЗ = (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ХР)/4
 +
ХР=(0.5*ДЗ4+0.5*квиз)
 +
ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть
 +
 +
Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
 +
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп '''добавляется''' 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
 +
 +
=== ПРОЕКТ ===
 +
* [https://docs.google.com/document/d/1A1lqSbI7bTBetwCoNZIuxQ2QvupbUcAjaKV-X31pav4/edit?usp=sharing Инструкции для выполнения проекта]
 +
 +
=== Лекции и семинары ===
 +
[https://www.youtube.com/playlist?list=PLEwK9wdS5g0qvZ1dO-dAxqGLGafjlXBNl Записи всех лекций и семинаров]
 +
 +
{| class="wikitable"
 +
|-
 +
! # !! Дата !! Лекция (11:10 - 12:30) !! Семинар (12:40 - 14:00)
 +
|-
 +
| 1
 +
|| 19.01
 +
||
 +
Введение в эпигеномику --
 +
[https://youtu.be/VEe4DRuL3E4 видео],
 +
[https://drive.google.com/file/d/197lHizC7dxyWF9Or7-BAVtEUUM3YUy8r/view?usp=sharing слайды]
 +
||
 +
Формат .bed и утилита bedtools (Дмитрий Коновалов) --
 +
[https://youtu.be/7LZX93Jrx5s видео],
 +
[https://colab.research.google.com/drive/12KTBm9wAQGoLmKjPIkublh6zjw4njlRl?usp=sharing тетрадка]
 +
|-
 +
| 2
 +
|| 26.01
 +
||
 +
Метилирование ДНК (введение) --
 +
[https://youtu.be/T2qrBr092Ig видео],
 +
[https://drive.google.com/file/d/1CoFnoYfSX2upXNvNT1Sw6dlAcKeiI6J_/view?usp=sharing слайды]
 +
||
 +
'''ДЗ-1''' Метилирование ДНК (Егор Фурсов) --
 +
[https://youtu.be/UfA1v9boSYw видео],
 +
[https://drive.google.com/file/d/1DnljcuBgninbEommCLm8gObYa74nvMmb/view?usp=sharing слайды],
 +
'''[https://docs.google.com/document/d/1JVDjncf7GVNnedVyGENkWDJHUgcRdAbX4RIuDl44D9Y/edit задание]'''
 +
|-
 +
| 3
 +
|| 02.02
 +
||
 +
Методы определения метилирования ДНК --
 +
[https://youtu.be/ohqb4f9QXSI видео],
 +
[https://drive.google.com/file/d/1LqB3HhmGhC2DY190d8JAQ7XQNaIqK3Tj/view?usp=sharing слайды]
 +
||
 +
Анализ частоты CpG (Дмитрий Коновалов) --
 +
[https://youtu.be/_RxsnIceOFI видео],
 +
[https://colab.research.google.com/drive/1hkMeUfRTvbfBn-FUPdZ_S1b7X-PJKn_V?usp=sharing тетрадка]
 +
|-
 +
| 4
 +
|| 09.02
 +
||
 +
Модификации гистонов, проект ENCODE --
 +
[https://youtu.be/z25ouKG9YqI видео],
 +
[https://drive.google.com/file/d/1QcL0iyQ6uoxlFGuW5tuHSdVEbqzBuR8b/view?usp=sharing слайды]
 +
||
 +
'''ДЗ-2''' Модификации гистонов (Иван Геворков) --
 +
[https://youtu.be/an5ZU-e6sGA видео],
 +
'''[https://docs.google.com/document/d/1D6jDSxFTR2fFBk94U9kbXsdJ5v55E2G7dRdFTEE7A-Q/edit?usp=sharing задание]'''
 +
|-
 +
| 5
 +
|| 16.02
 +
||
 +
ChIP-seq --
 +
[https://youtu.be/gt1LcWgOJIs видео],
 +
[https://drive.google.com/file/d/1QSr2LHrW1y-xfqa6dHuxou02ms-QohvI/view?usp=sharing слайды]
 +
||
 +
NSG-plot (Дмитрий Коновалов) --
 +
[https://youtu.be/C2kkLyFPlZ4 видео],
 +
[https://colab.research.google.com/drive/1SuU_WIYZcKzIynIKWi5fqkearYvTeK4W?usp=sharing тетрадка]
 +
|-
 +
|
 +
|| 23.02
 +
|colspan="2" style="text-align: center;"| Выходной (день защитника Отечества)
 +
|-
 +
| 6
 +
|| 02.03
 +
||
 +
Доступность хроматина (DNAse-seq и ATAC-seq) --
 +
[https://youtu.be/02euh43y5fY видео],
 +
[https://drive.google.com/file/d/1pSgALPmyHkPBIawILYrrv5Sx0xPZKcGj/view?usp=sharing слайды]
 +
||
 +
Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy (Дмитрий Коновалов) --
 +
[https://youtu.be/rTT90s__I-U видео],
 +
[https://colab.research.google.com/drive/1XFxzhKXOfLS3NgWzCxkvl4vPVr9AyazZ?usp=sharing тетрадка]
 +
|-
 +
|
 +
|| 09.03
 
|| -
 
|| -
 
|| -
 
|| -
 
|-
 
|-
−
| 15
+
| 7
−
|| 22.12
+
|| 16.03
 +
||
 +
ChromHMM --
 +
[https://youtu.be/lYtcOk9GWhU видео],
 +
[https://drive.google.com/file/d/1-Cu59Osfa6lElpUtykQdmChPMtTIXtsR/view?usp=sharing слайды]
 +
||
 +
'''ДЗ-3''' ChromHMM (Дмитрий Меньщиков) --
 +
[https://youtu.be/27G5uSLESWE?t=682 видео],
 +
'''[https://docs.google.com/document/d/10Fi1JC5DOCkbSYRvbMy3L5VMOmR5bYCDc4VYlgeqF2I/edit задание]'''
 +
|-
 +
| 8
 +
|| 23.03
 +
||
 +
Одноклеточное секвенирование - эпигеномика --
 +
[https://youtu.be/C4wNYF9I5Uo видео],
 +
[https://drive.google.com/file/d/11Wb0XVGJ0S7hsVLr58ijBIxBhMVbVl12/view?usp=sharing слайды]
 +
||
 +
Виртуальные окружения и VS Code --
 +
[https://youtu.be/NlVY0TCqsmo видео],
 +
[https://docs.google.com/document/d/1-xiuzGdldSnNDOD8HjE4HN59FRFPm1JzII2cW1ieaeY/edit?usp=sharing заметки]
 +
|-
 +
|
 +
|| 30.03
 +
|colspan="2" style="text-align: center;"| Сессия
 +
|-
 +
| 9
 +
|| 06.04
 +
||
 +
Введение в структуру хроматина --
 +
[https://youtu.be/TRVF1AQSRx8 видео],
 +
[https://drive.google.com/file/d/1ShjC4BwnMBy5bqfM3uEUICnRKGsP0Iaw/view?usp=sharing презентация]
 +
||
 +
higlass:
 +
[https://youtu.be/TRVF1AQSRx8?t=5785 видео],
 +
[http://higlass.io/l/?d=LMb6eMieSiCVkp0JoK1juQ ссылка 1],
 +
[http://higlass.io/l/?d=EltOzSM-SdO6aLWnuCaMjg ссылка 2]
 +
|-
 +
| 10
 +
|| 13.04
 +
||
 +
3-dimensional genome (сhromatin conformation analysis) --
 +
[https://youtu.be/-rdl_5r_ECw видео],
 +
[https://docs.google.com/presentation/d/1yg-5z5kfswh7_8D1Y1OmBx_nzVXEl6XN/edit?usp=sharing&ouid=101690403665513115529&rtpof=true&sd=true презентация]
 +
||
 +
Работа с данными HiC --
 +
[https://youtu.be/JLOd3lFzpgo видео],
 +
[https://drive.google.com/drive/folders/142vwyCNlcN3tfBeelfohtKnqmjzzVjcD?usp=sharing материалы],
 +
[https://colab.research.google.com/drive/1lsPiDVsKf7DZ3C-MKn3gFXLeBYsVqE3t?usp=share_link тетрадка]
 +
|-
 +
| 11
 +
|| 20.04
 +
||
 +
3-dimensional genome (часть 2) --
 +
[https://youtu.be/XjKu3Yv3c5g видео]
 +
||
 +
Cooltools. Cooler --
 +
[https://youtu.be/VmkWkajO8hY видео],
 +
[https://colab.research.google.com/drive/1vcxV9b_GD4oYD5LR5m5HTsF_1cfGUmr7?usp=sharing Тетрадка],
 +
[https://drive.google.com/drive/folders/142vwyCNlcN3tfBeelfohtKnqmjzzVjcD?usp=sharing данные]
 +
|-
 +
| 12
 +
|| 27.04
 +
||
 +
Chromatin structure: feature calling --
 +
[https://youtu.be/rOdANjyWEb4 видео]
 +
|| Квиз
 +
|-
 +
|
 +
|| 04.05
 +
|colspan="2" style="text-align: center;"| Майские праздники
 +
|-
 +
| 13
 +
|| 11.05
 +
||
 +
Проект (введение) --
 +
[https://youtu.be/As32dzBOX_4 видео]
 
|| -
 
|| -
 +
|-
 +
| 14
 +
|| 18.05
 +
||
 +
Проект (выбор белков и организация в группы) --
 +
[https://youtu.be/1NuH2Z4RTgY видео]
 
|| -
 
|| -
 +
|-
 +
| 15
 +
|| 25.05
 +
||
 +
Проект (вводные презентации групп) --
 +
[https://youtu.be/NSRA2xLXzqY видео]
 +
||
 +
Инструкции для выполнения индивидуальной части проекта --
 +
[https://youtu.be/tosO3MSYuu0 видео]
 
|-
 
|-
 
| 16
 
| 16
−
|| 29.12
+
|| 01.06
−
|| Экзамен
+
||
−
|| -
+
Проект (вводные презентации групп 2) --
 +
[https://youtu.be/hhAEjb-swds видео]
 +
||
 +
Проект (групповая часть) --
 +
[https://youtu.be/bZQFRPRWJH0 видео]
 +
|-
 +
| 17
 +
|| 08.06
 +
|colspan="2" style="text-align: center;"| Защита проектов группами -- [https://youtu.be/HXi8yeIw00s видео]
 +
|-
 +
| 18
 +
|| 15.06
 +
|colspan="2" style="text-align: center;"| Экзамен
 +
|-
 
|}
 
|}

Текущая версия на 18:24, 14 августа 2023

Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования

Формула расчет оценки

Накоп = Округление( (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)/6 )
Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

Лекции и семинары

Записи всех лекций и семинаров

# Дата Лекция (11:10 - 12:30) Семинар (12:40 - 14:00)
1 08.09

Введение в молекулярную биологию -- видео, слайды

Создание аккаунтов на серверах -- Инструкция 1, Инструкция 2, Таблица

2 15.09

Методы секвенирования ДНК -- видео, слайды

Введение в github и Google colab
3 22.09

Сборка генома (Артем Касьянов) -- видео, слайды

ДЗ1 Сборка генома (Дмитрий Меньщиков) -- видео, задание

4 29.09

Алгоритмы предсказания генов -- видео, слайды

Разбор домашнего задания 1 -- видео, слайды

5 06.10

Аннотация функций генов -- видео, слайды

ДЗ2 Аннотация генома (Иван Геворков) -- видео, тетрадка, задание

6 13.10

Сдвиг рамки считывания -- видео, слайды

Подготовка к домашнему заданию 3 (Егор Фурсов) -- видео, тетрадка

7 20.10

Генная инженерия (Анатолий Зубрицкий) -- видео, слайды

ДЗ3 Предсказание генов (Дмитрий Бушнев) -- видео, тетрадка, задание

27.10 Сессия
8 03.11

Геном человека и некодирующие РНК -- видео, слайды

Повторы в геноме человека (Дмитрий Коновалов) -- видео, тетрадка

9 10.11

Введение в РНК-сек (Анатолий Зубрицкий) -- видео, слайды

ДЗ4 РНК-сек (Дмитрий Бушнев) -- видео, задание

17.11 -
10 24.11

Анализ данных РНК-сек -- видео, слайды

Анализ данных РНК-сек -- видео, слайды

11 01.12 Проверочная работа по теме РНК-сек

ДЗ5 single cell РНК-сек (Егор Фурсов) -- видео, слайды, задание

12 08.12

Секвенирование отдельных клеток (Анатолий Зубрицкий) -- слайды

GWAS и популяционная генетика
13 15.12

Развитие жизни на Земле -- слайды

Разбор оценок за все ДЗ
14 22.12 Экзамен


Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику

Формула расчет оценки

Накоп = Округление(0.5*ДЗ  +  0.5*ПРОЕКТ), где
ДЗ = (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ХР)/4
ХР=(0.5*ДЗ4+0.5*квиз)
ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть

Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

ПРОЕКТ

Лекции и семинары

Записи всех лекций и семинаров

# Дата Лекция (11:10 - 12:30) Семинар (12:40 - 14:00)
1 19.01

Введение в эпигеномику -- видео, слайды

Формат .bed и утилита bedtools (Дмитрий Коновалов) -- видео, тетрадка

2 26.01

Метилирование ДНК (введение) -- видео, слайды

ДЗ-1 Метилирование ДНК (Егор Фурсов) -- видео, слайды, задание

3 02.02

Методы определения метилирования ДНК -- видео, слайды

Анализ частоты CpG (Дмитрий Коновалов) -- видео, тетрадка

4 09.02

Модификации гистонов, проект ENCODE -- видео, слайды

ДЗ-2 Модификации гистонов (Иван Геворков) -- видео, задание

5 16.02

ChIP-seq -- видео, слайды

NSG-plot (Дмитрий Коновалов) -- видео, тетрадка

23.02 Выходной (день защитника Отечества)
6 02.03

Доступность хроматина (DNAse-seq и ATAC-seq) -- видео, слайды

Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy (Дмитрий Коновалов) -- видео, тетрадка

09.03 - -
7 16.03

ChromHMM -- видео, слайды

ДЗ-3 ChromHMM (Дмитрий Меньщиков) -- видео, задание

8 23.03

Одноклеточное секвенирование - эпигеномика -- видео, слайды

Виртуальные окружения и VS Code -- видео, заметки

30.03 Сессия
9 06.04

Введение в структуру хроматина -- видео, презентация

higlass: видео, ссылка 1, ссылка 2

10 13.04

3-dimensional genome (сhromatin conformation analysis) -- видео, презентация

Работа с данными HiC -- видео, материалы, тетрадка

11 20.04

3-dimensional genome (часть 2) -- видео

Cooltools. Cooler -- видео, Тетрадка, данные

12 27.04

Chromatin structure: feature calling -- видео

Квиз
04.05 Майские праздники
13 11.05

Проект (введение) -- видео

-
14 18.05

Проект (выбор белков и организация в группы) -- видео

-
15 25.05

Проект (вводные презентации групп) -- видео

Инструкции для выполнения индивидуальной части проекта -- видео

16 01.06

Проект (вводные презентации групп 2) -- видео

Проект (групповая часть) -- видео

17 08.06 Защита проектов группами -- видео
18 15.06 Экзамен
Источник — «http://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=Майнор_Биоинформатика_2_год_2022/23&oldid=78736»