Майнор Биоинформатика 2 год 2021/22
Материал из Wiki - Факультет компьютерных наук
Содержание
Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования
Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику
Формула расчет оценки
Накоп = Округление(0.5*(ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4)/4 + 0.5*ПРОЕКТ) Если Накоп >=6, то студент может получить Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен. В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
ПРОЕКТ
- Инструкции для выполнения проекта (индивидуальная часть)
- Вопросы по индивидуальной части проекта -- Мурад Омаров
- Инструкции для выполнения проекта (групповая часть)
- Вопросы по групповой части проекта -- Елена Зеленова
Домашние задания
- Домашнее задание 1 - Метилирование ДНК
- Вопросы по ДЗ и его проверке -- Мурад Омаров
- Домашнее задание 2 - Модификации гистонов
- Вопросы по ДЗ и его проверке -- Марк Гарницкий
- Домашнее задание 3 - ChromHMM
- Вопросы по ДЗ и его проверке -- Елена Зеленова
- Домашнее задание 4 - single-cell RNA-seq
- Вопросы по ДЗ и его проверке -- Марк Гарницкий
Лекции и семинары
- Занятие 1:
- Видео лекции и семинара
- Лекция Введение в эпигеномику: слайды
- Семинар Формат .bed и утилита bedtools: слайды | Google Colab ноутбук
- Занятие 2:
- Видео лекции и семинара
- Лекция Метилирование ДНК (введение): слайды
- Семинар Метилирование ДНК (рассказ про ДЗ-1, Мурад Омаров)
- Занятие 3:
- Видео лекции и семинара
- Лекция Методы определения метилирования ДНК: слайды
- Семинар Анализ частоты CpG: Google colab
- Занятие 4:
- Видео лекции и семинара
- Лекция Модификации гистонов (введение), проект ENCODE: слайды
- Семинар Модификации гистонов (рассказ про ДЗ-2, Марк Гарницкий)
- Занятие 5:
- Видео лекции и семинара
- Лекция Детали ChIP-seq -- получение антител, контроль и визуализация данных: слайды
- Семинар NSG-plot (бонусное задание к ДЗ-2, Марк Гарницкий)
- Занятие 6:
- Видео лекции
- Лекция Доступность хроматина (DNAse-seq и ATAC-seq): слайды
- Занятие 7:
- Видео лекции и семинара
- Лекция ChromHMM: слайды
- Семинар ChromHMM (домашнее задание № 3, Елена Зеленова)
- Дополнительная информацию по алгоритму ChromHMM:
- Оригинальная статья: Ernst and Kellis, 2010 (доп. материалы)
- Manual, Tutorial
- Запись лекции автора ChromHMM Манолиса Келлиса из MIT
- Занятие 8:
- Видео лекции
- Лекция Одноклеточное секвенирование - scRNA-seq: слайды
- Занятие 9:
- Видео лекции
- Лекция Одноклеточное секвенирование - эпигеномика: слайды
- Занятие 10:
- Видео лекции
- Лекция Филогенетика: слайды
- Занятие 11:
- Видео лекции и семинара
- Лекция Генетическая инженерия 1 -- введение: слайды
- Занятие 12:
- Видео лекции и семинара
- Лекция Генетическая инженерия 2 -- CRISPR
- Семинар single-cell RNA-seq (домашнее задание № 4)
- Занятие 13:
- Видео лекции и семинара
- Лекция Генетическая инженерия 3 -- CRISPR
- Семинар Работа в лаборатории
- Занятие 14:
- Видео лекции и семинара
- Лекция Генетическая инженерия 4 -- стволовые клетки
- Семинар single-cell RNA-seq (домашнее задание № 4 - обсуждение)
- Занятие 15:
- Видео лекции и семинара
- Лекция Вторичные структуры ДНК: слайды
- Семинар Проект - введение
- Занятие 16:
- Занятие 17:
- Лекция MS Decisions:
- Семинар Проект (индивидуальная часть): Видео
- Занятие 18:
- Занятие 19:
- Защиты проекта группами: Видео
