Майнор Биоинформатика 2 год 2021/22 — различия между версиями

Материал из Wiki - Факультет компьютерных наук
Перейти к: навигация, поиск
(→‎Лекции и семинары)
(→‎Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику)
 
(не показано 17 промежуточных версии этого же участника)
Строка 15: Строка 15:
 
  В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э.
 
  В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э.
 
  Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
 
  Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
 +
 +
=== ПРОЕКТ ===
 +
* [https://docs.google.com/document/d/1kU0Q6192Wc4tE080A2ZqZUFkjX7Ls_OVvc2gIDuKYx0 Инструкции для выполнения проекта (индивидуальная часть)]
 +
** Вопросы по индивидуальной части проекта -- '''[https://t.me/Murad_Omar Мурад Омаров]'''
 +
* [https://docs.google.com/document/d/1c-IRwkKbArffkN1RVJHRD_iX0J41pCBBcVPCRd0ExYc Инструкции для выполнения проекта (групповая часть)]
 +
** Вопросы по групповой части проекта -- '''[https://t.me/zelenea Елена Зеленова]'''
  
 
=== Домашние задания ===
 
=== Домашние задания ===
Строка 23: Строка 29:
 
* [https://docs.google.com/document/d/1Kq3_L6URKQy5O2hg6qmfKQVgOm7fayuZ-BZsdQ7LCA4/edit Домашнее задание 3 - ChromHMM]
 
* [https://docs.google.com/document/d/1Kq3_L6URKQy5O2hg6qmfKQVgOm7fayuZ-BZsdQ7LCA4/edit Домашнее задание 3 - ChromHMM]
 
** Вопросы по ДЗ и его проверке -- '''[https://t.me/zelenea Елена Зеленова]'''
 
** Вопросы по ДЗ и его проверке -- '''[https://t.me/zelenea Елена Зеленова]'''
 +
* [https://docs.google.com/document/d/1iHAbO8ygHzO8tXACq_bMFZ1oIp8sl5goqv-KMMOiZ8k/edit Домашнее задание 4 - single-cell RNA-seq]
 +
** Вопросы по ДЗ и его проверке -- '''[https://t.me/markmitt Марк Гарницкий]'''
  
 
=== Лекции и семинары ===
 
=== Лекции и семинары ===
Строка 55: Строка 63:
 
*** Оригинальная статья: [https://drive.google.com/file/d/1uftwCcvl1lW4sAVPvka0JFIr5A9kLbF6/view?usp=sharing Ernst and Kellis, 2010] ([https://drive.google.com/file/d/1IpAnwt87zd_BDBHR1OegFKyPSonJdTvY/view?usp=sharing доп. материалы])
 
*** Оригинальная статья: [https://drive.google.com/file/d/1uftwCcvl1lW4sAVPvka0JFIr5A9kLbF6/view?usp=sharing Ernst and Kellis, 2010] ([https://drive.google.com/file/d/1IpAnwt87zd_BDBHR1OegFKyPSonJdTvY/view?usp=sharing доп. материалы])
 
*** [https://drive.google.com/file/d/13arbMnbZ0Cgpj_vD-Aq2KtBjPQyoNFgR/view?usp=sharing Manual], [https://drive.google.com/file/d/1HkinpVOt0mZiYvICZiIz7i9YgnlSLYXJ/view?usp=sharing Tutorial]
 
*** [https://drive.google.com/file/d/13arbMnbZ0Cgpj_vD-Aq2KtBjPQyoNFgR/view?usp=sharing Manual], [https://drive.google.com/file/d/1HkinpVOt0mZiYvICZiIz7i9YgnlSLYXJ/view?usp=sharing Tutorial]
−
*** [https://youtu.be/qaalIf6bn1k?t=3679 Запись лекции автора ChromHMM Маноллиса Келлиса из MIT]
+
*** [https://youtu.be/qaalIf6bn1k?t=3679 Запись лекции автора ChromHMM Манолиса Келлиса из MIT]
 
* Занятие 8:
 
* Занятие 8:
 
** [https://youtu.be/cZdfKDz-rWE Видео лекции]
 
** [https://youtu.be/cZdfKDz-rWE Видео лекции]
 
** Лекция '''Одноклеточное секвенирование - scRNA-seq''': [https://drive.google.com/file/d/1enSPQ0fWlHQSRNXdFNCV7Xf2ec29xeJZ/view?usp=sharing слайды]
 
** Лекция '''Одноклеточное секвенирование - scRNA-seq''': [https://drive.google.com/file/d/1enSPQ0fWlHQSRNXdFNCV7Xf2ec29xeJZ/view?usp=sharing слайды]
 
* Занятие 9:
 
* Занятие 9:
 +
** [https://youtu.be/roWUZcMF3VU Видео лекции]
 
** Лекция '''Одноклеточное секвенирование - эпигеномика''': [https://drive.google.com/file/d/1XW0vlNyD81_bwoBXbgrSLI41KnJ9nZus/view?usp=sharing слайды]
 
** Лекция '''Одноклеточное секвенирование - эпигеномика''': [https://drive.google.com/file/d/1XW0vlNyD81_bwoBXbgrSLI41KnJ9nZus/view?usp=sharing слайды]
 +
* Занятие 10:
 +
** [https://youtu.be/bywqe5_Ck9k Видео лекции]
 +
** Лекция '''Филогенетика''': [https://drive.google.com/file/d/1kE_rbne5e2-pMgLBh34-zEyKxIE8-R39/view?usp=sharing слайды]
 +
* Занятие 11:
 +
** [https://youtu.be/Tpkue0vnjV4 Видео лекции и семинара]
 +
** Лекция '''Генетическая инженерия 1 -- введение''': [https://drive.google.com/file/d/1mrOpFc0qKOd-ErOuinTPat6el_XtPrUE/view?usp=sharing слайды]
 +
* Занятие 12:
 +
** [https://youtu.be/qM0sga4nrvQ Видео лекции и семинара]
 +
** Лекция '''Генетическая инженерия 2 -- CRISPR'''
 +
** Семинар '''single-cell RNA-seq (домашнее задание № 4)'''
 +
* Занятие 13:
 +
** [https://youtu.be/BK1aib2Ml64 Видео лекции и семинара]
 +
** Лекция '''Генетическая инженерия 3 -- CRISPR'''
 +
** Семинар '''Работа в лаборатории'''
 +
* Занятие 14:
 +
** [https://youtu.be/BK1aib2Ml64 Видео лекции и семинара]
 +
** Лекция '''Генетическая инженерия 4 -- стволовые клетки'''
 +
** Семинар '''single-cell RNA-seq (домашнее задание № 4 - обсуждение)'''
 +
* Занятие 15:
 +
** [https://youtu.be/E7MFLzMoa78 Видео лекции и семинара]
 +
** Лекция '''Вторичные структуры ДНК''': [https://drive.google.com/file/d/1ypI_MkwDOe0IsEmiIsNhpdYEFygtFhhI/view?usp=sharing слайды]
 +
** Семинар '''Проект - введение'''
 +
* Занятие 16:
 +
** Лекция '''In Silico Medicine''': [https://youtu.be/tx5S9NfvZtA Видео]
 +
** Семинар '''Проект (индивидуальная часть)''': [https://youtu.be/ikFokCLMrh4 Видео]
 +
* Занятие 17:
 +
** Лекция '''MS Decisions''':
 +
** Семинар '''Проект (индивидуальная часть)''': [https://youtu.be/Y8sPgiDXP6I Видео]
 +
* Занятие 18:
 +
** Лекция '''Алан Герберт (Z-DNA)''': [https://youtu.be/EZFeXivuQL8 Видео]
 +
** Семинар '''Проект (групповая часть)''': [https://youtu.be/7tjQOKyhLNM Видео]
 +
* Занятие 19:
 +
** Защиты проекта группами: [https://youtu.be/4vP0GPiwZ4Q Видео]

Текущая версия на 15:43, 19 июня 2022

Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования

Страница курса

Видео всех лекций и семинаров

Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику

Страница курса

Видео всех лекций и семинаров

Формула расчет оценки

Накоп = Округление(0.5*(ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4)/4  +  0.5*ПРОЕКТ)
Если Накоп >=6, то студент может получить Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э.
Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

ПРОЕКТ

Домашние задания

Лекции и семинары

Источник — «http://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=Майнор_Биоинформатика_2_год_2021/22&oldid=70819»