Майнор Биоинформатика 1 год 2023/24 — различия между версиями
м (→Лекции и семинары) |
м (→Лекции и семинары) |
||
Строка 76: | Строка 76: | ||
|- | |- | ||
− | + | | 17 || Вторичные структуры ДНК. Квадруплексы, триплексы, Z-ДНК | |
− | |} | + | [https://drive.google.com/file/d/1c0Mii0ai9-PZvBAqiDbz3mND-g5IlV6t/view?usp=sharing презентация] |
+ | || | ||
+ | Методы аннотации геномов квадруплексами, Z-ДНК, структурами стебель-петля | ||
+ | [https://drive.google.com/file/d/1zOpPSocsHX9238L2HW6GqTZbi9VTTiW0/view?usp=sharing содержание] [https://colab.research.google.com/drive/1piNkkGdHny6kjtdYsw_ZDV32Ruh5CGT6?usp=sharing Блокнот] | ||
+ | | | ||
+ | } | ||
=='''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''== | =='''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''== |
Версия 12:04, 17 апреля 2024
Содержание
Часть 2 Медицинская биоинформатика (Модули 3-4)
В курсе “Медицинская биоинформатика” изучается геномика человека, полиморфизмы и структурные варианты в популяции и их связь с заболеваниями. Дается представление о полногеномном поиске ассоциаций и консорциумных проектах, изучающих генетику рака и других заболеваний. Изучаются элементы системной биологии, показывающей как генетические изменения могут приводить к изменениям на функциональном уровне. Дается представление о метаболических и сигнальных сетях, онтологическом анализе. Изучаются ДНК-белковые взаимодействия и РНК-регуляция. Дается представление о сравнительном анализе геномов человека и ближайших видов, таких как шимпанзе или неандерталец. Дается представление о микробиоме и эволюции вирусов.
Оценивание
НАКОП=0.1*(среднее по квизам)+0.5*(среднее по ДЗ) +0.4*экзамен
Накоп округляется стандартным образом.
Условия автомата
Написано как минимум 8 квизов (из 10); Средняя оценка за квизы не может быть ниже 4.
Все ДЗ, сданны на удовлетворительную оценку (оценка за ДЗ должна быть выше 4)
Студенты претендующие на автомат могут выбрать не иди на экзамен и вместо этого получить оценку по формуле:
ИТОГ = НАКОП * 1.6
Лекции и семинары
№ | Лекция | Семинар | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | Введение в геномику человека. Первый проект "Геном человека". Секвенирование методом Сангера. Полиморфизм человека. SNPs и структурные варианты. Связь с заболеваниями. презентация |
Базы данных SNP и структурных вариантов человека. Влияние SNP на структуру белка. содержание статья | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 | Генотип и гаплотип. SNP и тегированные SNPы. Исследования GWAS. Тест хи-квадрат. презентация |
Генотипы, минорные аллели, локусы. Пример GWAS для одного SNP. Тест хи-квадрат. содержание тетрадка | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 | Исследования GWAS. Элементы популяционной генетики. Гаплотипы и гаплогруппы. Митохондриальная Ева и Y-хромосомный Адам. презентация |
Ассоциации признака с аллелью и генотипом. Отношение шансов и оценка риска. Примеры отчетов компании 23 and me. содержание | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 | Александр Ракитько, компания Генотек. Генетика здоровья. презентация |
Исследование на ассоциацию варианта с заболеванием. содержание | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
5 | Александр Ракитько, компания Генотек. Генетическая генеалогия. презентация |
Распространение гаплогрупп, поиск гаплогруппы А.С.Пушкина, PCA-анализ популяций. содержание | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
6 | Исследования GWAS.Щкончание. презентация Генетика рака. презентация |
GWAS, основные форматы файлов, plink. тетрадка | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
7 | Проект Панрак (Pancancer). Краткий обзор последних результатов. Иммунотерапия рака. презентация |
Классификация генов, связанных с раком. Исследование данных пациентов. Работа на семинаре с карточками генов и карточками пациентов | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
8 | Boston gene. Иммунотерапия рака. |
Boston gene. Иммунотерапия рака. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
9 | Классификация типов лейкемии по данным экспрессии генов. данные содержание |
Классификация типов лейкемии по данным экспрессии генов. данные содержание | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
10 | Генная онтология. Метаболические пути и сети. презентация |
Генная онтология. Метаболические пути и сети. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
11 | Сравнительная геномика человека и шимпанзе. презентация |
Сервер Vista - визуализации выравниваний геномов человека и шимпанзе. Анализ участка ускоренной эволюции HAR1. Анализ гена речи FOXP2. содержание | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
12 | Неандерталец и денисовец. Сравнительная геномика человека, неандертальца и денисовца. |
Изучение эволюции неандертальце и денисовцев по митохондриальной ДНК. содержание данные | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
17 | Вторичные структуры ДНК. Квадруплексы, триплексы, Z-ДНК |
Методы аннотации геномов квадруплексами, Z-ДНК, структурами стебель-петля содержание Блокнот |
} Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков. ОцениваниеНАКОП=0.1*(среднее по квизам)+0.5*(среднее по ДЗ) +0.4*экзамен Накоп округляется стандартным образом. Условия автомата Написано как минимум 9 квизов (из 10); 8 из 10 квизов должны быть написаны на 4 или выше. Все ДЗ, сданы на удовлетворительную оценку (оценка за ДЗ должна быть выше 4) Квизы можно пересдать при наличии подтвержденной уважительной причины. Дедлайн по ДЗ продлевается на период недееспособности по болезни или аналогичной уважительной причине. Студенты претендующие на автомат могут выбрать не иди на экзамен и вместо этого получить оценку по формуле: ИТОГ = НАКОП * 1.6 Лекции и семинары
Литература |