Майнор Биоинформатика 1 год 2022/23 — различия между версиями
м |
м |
||
| Строка 23: | Строка 23: | ||
[https://docs.google.com/document/d/1B3JzLxf2i8OCl9A3QzN2fkQpXqSx3T_chlo4EpB8Lpg/edit?usp=sharing содержание] | [https://docs.google.com/document/d/1B3JzLxf2i8OCl9A3QzN2fkQpXqSx3T_chlo4EpB8Lpg/edit?usp=sharing содержание] | ||
| − | '''Семинар 2''' | + | '''Семинар 2''' Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Поиск информации в файлах. <br /> |
[https://drive.google.com/drive/folders/1rFJiazTsKYjmMACV6T6-o3xntvIcMGyV?usp=sharing содержание] | [https://drive.google.com/drive/folders/1rFJiazTsKYjmMACV6T6-o3xntvIcMGyV?usp=sharing содержание] | ||
| + | |||
| + | '''Семинар 3''' UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser.<br /> | ||
| + | [https://docs.google.com/document/d/1rzUnplDpWV3bD587Y4dfxCTJH0OwVN1Nw3D_Z9XzUzw/edit?usp=sharing содержание] | ||
[https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books'''] | [https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books'''] | ||
Версия 11:27, 21 сентября 2022
Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)
В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.
В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.
Оценивание
НАКОП=0.1*(среднее по квизам)+0.5*(среднее по ДЗ) +0.4*экзамен
Накоп округляется стандартным образом.
Студенты претендующие на автомат могут выбрать не иди на экзамен и вместо этого получить оценку по формуле:
ИТОГ = НАКОП * 1.6
Лекции и семинары
Лекция 1. Введение. Основы молекулярной биологии.
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код.
презентация
Семинар 1 Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды.
содержание
Семинар 2 Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Поиск информации в файлах.
содержание
Семинар 3 UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser.
содержание
