Майнор Биоинформатика 1 год 2021/22 — различия между версиями
м (добавил лекцию и семинар 6) |
|||
| Строка 19: | Строка 19: | ||
'''Семинар 1''' Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды.<br /> | '''Семинар 1''' Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды.<br /> | ||
[https://drive.google.com/file/d/1dHBtuFLZ6A82C7PcY_8KJTLUu-RYXvv2/view?usp=sharing содержание] | [https://drive.google.com/file/d/1dHBtuFLZ6A82C7PcY_8KJTLUu-RYXvv2/view?usp=sharing содержание] | ||
| + | |||
| + | |||
'''Лекция 2.''' Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. | '''Лекция 2.''' Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. | ||
| Строка 26: | Строка 28: | ||
'''Семинар 2.''' Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Поиск информации в файлах.<br /> | '''Семинар 2.''' Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Поиск информации в файлах.<br /> | ||
[https://drive.google.com/file/d/1SeCPSKKS6u8yQm33GBeHpa54z8kOp3-L/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/15GE3CiAMLPR8VfpkdOWdTJt_gDEeX0nx?usp=sharing данные] | [https://drive.google.com/file/d/1SeCPSKKS6u8yQm33GBeHpa54z8kOp3-L/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/15GE3CiAMLPR8VfpkdOWdTJt_gDEeX0nx?usp=sharing данные] | ||
| + | |||
| + | |||
'''Лекция 3.''' Секвенирование от метода Сангера до технологий следующего поколения. Геном человека. Повторы. Однонуклеотидные замены и структурные варианты. <br /> | '''Лекция 3.''' Секвенирование от метода Сангера до технологий следующего поколения. Геном человека. Повторы. Однонуклеотидные замены и структурные варианты. <br /> | ||
| Строка 32: | Строка 36: | ||
'''Семинар 3.''' UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser. <br /> | '''Семинар 3.''' UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser. <br /> | ||
[https://drive.google.com/file/d/19F3gLK9SVt2exD-Q_znbHwsyIU_jHGs-/view?usp=sharing содержание] | [https://drive.google.com/file/d/19F3gLK9SVt2exD-Q_znbHwsyIU_jHGs-/view?usp=sharing содержание] | ||
| + | |||
| + | |||
'''Лекция 4.'''Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. <br /> | '''Лекция 4.'''Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. <br /> | ||
| Строка 41: | Строка 47: | ||
'''Семинар 4.5 06.10.21'''Программа BLAST. | '''Семинар 4.5 06.10.21'''Программа BLAST. | ||
[https://docs.google.com/document/d/1AUOK9IF7ip7uo8hfyKwOc3fzUX4sO6poCQ5lU9bBgU0/edit?usp=sharing содержание] | [https://docs.google.com/document/d/1AUOK9IF7ip7uo8hfyKwOc3fzUX4sO6poCQ5lU9bBgU0/edit?usp=sharing содержание] | ||
| + | |||
| + | |||
'''Лекция 5.'''Модели эволюции аминоклислотных последовательностей. Матрицы PAM и BLOSUM. <br /> | '''Лекция 5.'''Модели эволюции аминоклислотных последовательностей. Матрицы PAM и BLOSUM. <br /> | ||
| Строка 47: | Строка 55: | ||
'''Семинар 5.'''Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). <br /> | '''Семинар 5.'''Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). <br /> | ||
[https://drive.google.com/file/d/1U52hrgdZwiKwHhBvX7uuQJhpOcVubWBo/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1QO2uTHF-gwnLzXZC6vXTX0BhtokHHDvm?usp=sharing данные] | [https://drive.google.com/file/d/1U52hrgdZwiKwHhBvX7uuQJhpOcVubWBo/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1QO2uTHF-gwnLzXZC6vXTX0BhtokHHDvm?usp=sharing данные] | ||
| + | |||
| + | |||
'''Лекция 6.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование. <br /> | '''Лекция 6.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование. <br /> | ||
| Строка 53: | Строка 63: | ||
'''Семинар 6.''' Построение филогенетических деревьев на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). Программа MEGA. <br /> | '''Семинар 6.''' Построение филогенетических деревьев на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). Программа MEGA. <br /> | ||
[https://drive.google.com/file/d/13Zfsb84kjTuifvF5zoeFLZeWW_lWKqal/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1mJLah0BeSrD73csEM8Z4S2Yo3mzL13sB?usp=sharing данные] | [https://drive.google.com/file/d/13Zfsb84kjTuifvF5zoeFLZeWW_lWKqal/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1mJLah0BeSrD73csEM8Z4S2Yo3mzL13sB?usp=sharing данные] | ||
| + | |||
| + | |||
| + | '''Лекция 7.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей (продолжение). Филогенетика. Горизонатльный обмен генов. Методы построения филогенетических деревьев. <br /> | ||
| + | [https://drive.google.com/file/d/1q0XiLdai3yXIqFp8k_AaHKvv8EM2CX9w/view?usp=sharing презентация] | ||
| + | |||
| + | '''Семинар 7.''' Поиск белков в Swiss-Prot по мнемонике функции. Интеины. Определение горизонтально перенесенных генов. Филогенетика и астробиология. <br /> | ||
| + | [https://drive.google.com/file/d/1PDFp-ywMJajc7VUMgasqjLeKZF8ZE3on/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1sUjWA4BVaLHRvLkIrOfq3lrKvxjHKeA7?usp=sharing данные] | ||
| + | |||
[https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books'''] | [https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books'''] | ||
Версия 07:00, 10 ноября 2021
Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)
В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.
В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.
Лекции и семинары
Лекция 0. Организационная. Начало Лекции 1.
Лекция 1. Введение. Основы молекулярной биологии.
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код.
презентация
Семинар 1 Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды.
содержание
Лекция 2. Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы.
Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры.
презентация
Семинар 2. Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Поиск информации в файлах.
содержание данные
Лекция 3. Секвенирование от метода Сангера до технологий следующего поколения. Геном человека. Повторы. Однонуклеотидные замены и структурные варианты.
презентация
Семинар 3. UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser.
содержание
Лекция 4.Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания.
презентация
Семинар 4. 29.09.21Программа BLAST. Поиск схожих последовательностей. Определение последовательностей из метагеномного исследования с помощью BLAST.
содержание
Семинар 4.5 06.10.21Программа BLAST. содержание
Лекция 5.Модели эволюции аминоклислотных последовательностей. Матрицы PAM и BLOSUM.
презентация
Семинар 5.Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA).
содержание данные
Лекция 6.Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование.
презентация
Семинар 6. Построение филогенетических деревьев на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). Программа MEGA.
содержание данные
Лекция 7.Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей (продолжение). Филогенетика. Горизонатльный обмен генов. Методы построения филогенетических деревьев.
презентация
Семинар 7. Поиск белков в Swiss-Prot по мнемонике функции. Интеины. Определение горизонтально перенесенных генов. Филогенетика и астробиология.
содержание данные
