Кластеризация раковых транскриптов (проект) — различия между версиями
Sandello (обсуждение | вклад) |
Sandello (обсуждение | вклад) |
||
Строка 2: | Строка 2: | ||
|name=Кластеризация раковых транскриптов | |name=Кластеризация раковых транскриптов | ||
|mentor=Вита Степанова | |mentor=Вита Степанова | ||
− | |mentor_login= | + | |mentor_login=Vita_Stepanova |
|semester=Весна 2015 | |semester=Весна 2015 | ||
|course=1 | |course=1 |
Версия 15:53, 29 ноября 2014
Ментор | Вита Степанова |
Учебный семестр | Весна 2015 |
Учебный курс | 1-й курс |
Что это за проект?
Известно, что раковые опухоли могут характеризоваться различными степенями тяжести. В последнее время активно развиваются способы оценки степени тяжести опухоли по данным генной экспрессии. В рамках данного проекта студентам предлагается кластеризовать раковые транскрипты и сравнить свои кластеры с морфологическими наблюдениями.
Чему вы научитесь?
- Основы молекулярной биологии
- Обработка и интерпретация данных генной экспресии
- Применение математических методов для решения медицинских задач
Какие начальные требования?
Навыки программирования, знание методов кластеризации, основы молекулярной биологии и статистики.
Какие будут использоваться технологии?
Данные для исследования будут загружены из БД GEO. Опционально могут быть использованы программы по обработке сырых данных микрочипов.
Темы вводных занятий
- Экспрессия генов и способы её оценки
- Способы интерпретации данных микрочипов
Направления развития
Интересным продолжением задачи станет решение проблемы определения набора дифференциально экспрессированных генов, необходимого для эффективной кластеризации раковых транскриптов. Это позволит упростить молекулярно-биологический прогноз состояния и развития раковой опухоли при первичном обращении пациента в больницу.
Критерии оценки
- 4-5: реализовать алгоритм кластеризации для обработанных данных микрочипов,
- 6-7: реализовать несколько алгоритмов кластеризации для обработанных данных микрочипов, сравнить с известными прогностическими данными, выбрать лучший алгоритм кластеризации,
- 8-9: реализовать лучший алгоритм кластризации, сравнить с существующими механизмами кластеризации и прогностическими данными.