Кластеризация раковых транскриптов (проект) — различия между версиями
| (не показаны 3 промежуточные версии ещё одного участника) | |||
| Строка 7: | Строка 7: | ||
|summer= | |summer= | ||
|categorize=yes | |categorize=yes | ||
| + | |is_archived=yes | ||
}} | }} | ||
| Строка 18: | Строка 19: | ||
=== Какие начальные требования? === | === Какие начальные требования? === | ||
| − | Навыки программирования, | + | Навыки программирования, интерес к изучению генетики и лечения рака |
=== Какие будут использоваться технологии? === | === Какие будут использоваться технологии? === | ||
| Строка 26: | Строка 27: | ||
* Экспрессия генов и способы её оценки | * Экспрессия генов и способы её оценки | ||
* Способы интерпретации данных микрочипов | * Способы интерпретации данных микрочипов | ||
| + | * Алгоритмы кластеризации | ||
=== Направления развития === | === Направления развития === | ||
| Строка 31: | Строка 33: | ||
=== Критерии оценки === | === Критерии оценки === | ||
| − | * 4-5: реализовать алгоритм кластеризации | + | * 4-5: реализовать простейший алгоритм кластеризации данных экспрессии генов |
| − | * 6-7: реализовать | + | * 6-7: реализовать простейший алгоритм кластеризации данных экспрессии генов, соотнести результаты его работы с реальными наблюдениями для данного типа рака |
| − | * 8- | + | * 8-10: сравнить разные алгоритмы кластеризации, выбрать лучший на основе его сравнения с реальными наблюдениями |
Текущая версия на 10:43, 20 октября 2015
| Ментор | Вита Степанова |
| Учебный семестр | Весна 2015 |
| Учебный курс | 1-й курс |
| Внимание! Данный проект находится в архиве и реализован не будет. |
Что это за проект?
Известно, что раковые опухоли могут характеризоваться различными степенями тяжести. В последнее время активно развиваются способы оценки степени тяжести опухоли по данным генной экспрессии. В рамках данного проекта студентам предлагается кластеризовать раковые транскрипты и сравнить свои кластеры с морфологическими наблюдениями.
Чему вы научитесь?
- Основы молекулярной биологии
- Обработка и интерпретация данных генной экспресии
- Применение математических методов для решения медицинских задач
Какие начальные требования?
Навыки программирования, интерес к изучению генетики и лечения рака
Какие будут использоваться технологии?
Данные для исследования будут загружены из БД GEO. Опционально могут быть использованы программы по обработке сырых данных микрочипов.
Темы вводных занятий
- Экспрессия генов и способы её оценки
- Способы интерпретации данных микрочипов
- Алгоритмы кластеризации
Направления развития
Интересным продолжением задачи станет решение проблемы определения набора дифференциально экспрессированных генов, необходимого для эффективной кластеризации раковых транскриптов. Это позволит упростить молекулярно-биологический прогноз состояния и развития раковой опухоли при первичном обращении пациента в больницу.
Критерии оценки
- 4-5: реализовать простейший алгоритм кластеризации данных экспрессии генов
- 6-7: реализовать простейший алгоритм кластеризации данных экспрессии генов, соотнести результаты его работы с реальными наблюдениями для данного типа рака
- 8-10: сравнить разные алгоритмы кластеризации, выбрать лучший на основе его сравнения с реальными наблюдениями
