Майнор Биоинформатика 2 год 2024/25

Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику

Формула расчет оценки

Накоп = Округление(0.4*ДЗ  +  0.4*ПРОЕКТ), где
ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть
ДЗ = (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ХР)/4
ХР=(0.5*ДЗ4+0.5*квиз)
Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

Лекции и семинары

#	Дата	Лекция (11:10 - 12:30)	Семинар (12:40 - 14:00)
1	09.01	Введение в эпигеномику слайды	Формат .bed и утилита bedtools тетрадка
2	16.01	Метилирование ДНК (введение) слайды	Анализ частоты CpG тетрадка
3	23.01	Методы определения метилирования ДНК слайды	ДЗ-1 Метилирование ДНК слайды
4	30.01	Модификации гистонов, проект ENCODE слайды	Структура гистонов в pymol. Знакомство с Encode.
5	06.02	ChIP-seq слайды	ДЗ-2 Модификации гистонов
5	13.02	Доступность хроматина (DNAse-seq и ATAC-seq) слайды	Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy тетрадка
7	20.02	ChromHMM слайды	ДЗ-3 ChromHMM текст
9	27.02	Одноклеточное секвенирование - эпигеномика слайды	Одноклеточное секвенирование - эпигеномика слайды
10	06.03	Введение в структуру хроматина слайды	higlass: слайды
12	13.03	3-dimensional genome слайды	Работа с данными HiC
13	20.03	3-dimensional genome (часть 2) слайды	Cooltools. Cooler
13	18.04	Chromatin structure: feature calling слайды	Chromatin structure: feature calling
14	25.04	Квиз	Проект (введение)
15	15.05	Проект (выбор организмов и организация в группы)	-
16	22.05	Проект (вводные презентации групп)	Инструкции для выполнения индивидуальной части проекта
17	29.05	Проект (вводные презентации групп 2)
18	05.05	Предзащита проекта
19	19.05	Экзамен

Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования

Формула расчет оценки

Накоп = Округление( Среднее(ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)*0.8 )
Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

Лекции и семинары

#	Дата	Лекция (11:10 - 12:30)	Семинар (12:40 - 14:00)
1	05.09	Введение в молекулярную биологию лекция	Создание аккаунтов на серверах инструкция
2	12.09	Методы секвенирования ДНК лекция	Введение в github и Google colab. Sra toolkit тетрадка
3	19.09	Сборка генома слайды	ДЗ1 Сборка генома текст
4	26.09	Алгоритмы предсказания генов слайды	Алгоритмы предсказания генов. Практика
5	03.10	Аннотация функций генов слайды	ДЗ2 Аннотация генома текст
6	10.10	Сдвиг рамки считывания слайды	Семинар
7	24.10	Геном человека и некодирующие РНК слайды	ДЗ3 Предсказание генов текст
8	31.10	Введение в РНК-сек слайды	Семинар о РНК-сек
		Сессия
9	07.11	Анализ данных РНК-сек слайды	ДЗ4 РНК-сек слайды
11	14.11	Секвенирование отдельных клеток слайды	ДЗ5 single cell РНК-сек
12	21.11	Проверочная работа по теме РНК-сек	Разбор ДЗ5 single cell РНК-сек
13	28.11	GWAS	GWAS
14	05.12	Метагеномика. Лекция ссылка	Семинар
15	12.12	Заключение	Заключение. Дописывание квиза.
16	19.12	Экзамен