Факультатив Биоинформатика 2015

Это страница факультатива по биоинформатике, который читается на Факультете Компьютерных Наук в 1-2 модулях в 2015-2016 учебном году.

Проходит по вторникам в 301 аудитории в здании на Кончовском.

Лекторы и Семинаристы В. Степанова, А. Залевский, И. Колесниченко

Контакты: по всем вопросам можно писать на почту ignat1990@gmail.com

Описание курса

Цель курса познакомиться с задачами, которыми занимается биоинформатика и изучать популярные инструменты для решения этих задач.

План курса следующий:

1. Введение в молекулярну биолгию (Мендель, белки) 2. Секвенирование. Секвенаторы. Сборка de novo, сборка выравниванием. 3. Базы данных геномов. Последовательности ДНК. Геномный контекст. Выравнивания нуклеотидных последовательностей. BLAST. 4. Сравнительная геномика. Филогения, аннотация. 5. Экспрессия генов. Сплайсинг. Секвенирование РНК. Дифференциальная экспрессия. 6. Трансляция белков. Базы данных белков (Uniprot, PDB). Белковые выравнивания и фолдинг белков. 7. Молекулярные механизмы работы лекарств. Процесс разработки лекарств. Скрининг. Докинг. 8. Полиморфизмы. Базы данных снипов. SNP-calling. Соотнесение со структурой. 9. Работа лекарств в организме. Метаболические пути. Токсичность, утилизация. Метаболиты распада. 10. Популяционная медицина. Тестирование на пациентах.

Домашние задания

Здесь будут публиковаться домашние задания по курсу.

Лекции и семинары

Лекция 1. (15.09.2015)

Что такое биоинформатика. Внутреннее устройство эукариотической клетки.

Семинар 1. (15.09.2015)

Введение в LINUX: учились заходить на учебный сервер, решали несложную задачку по работе с файлами.

Лекция 2. (22.09.2015)

Подробное описание структуры ДНК, хроматина, хромосом. Описание механизма репликации ДНК.

Семинар 2. (22.09.2015)

Bash. Основные конструкции языка: строки, числа, циклы, if-ы. Полезные утилиты: grep, find, wc, tmux.

Новости

В этом разделе публикуется текущая информация по курсу (переносы лекций, изменения в запланированной программе,...)