Моделирование пространственной структуры РНК (фронтэнд) (проект) — различия между версиями
(Новая страница: «{{Карточка_проекта |name=Моделирование пространственной структуры РНК (фронтэнд) |mentor=Зале…») |
|||
Строка 1: | Строка 1: | ||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
=== Что это за проект? === | === Что это за проект? === | ||
Мы сформулировали и применили свой [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2779675/ подход] к реконструкции пространственной структуры РНК на основе данных о [https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A0%D0%B8%D0%B1%D0%BE%D0%BD%D1%83%D0%BA%D0%BB%D0%B5%D0%B8%D0%BD%D0%BE%D0%B2%D0%B0%D1%8F_%D0%BA%D0%B8%D1%81%D0%BB%D0%BE%D1%82%D0%B0#.D0.A1.D1.82.D1.80.D1.83.D0.BA.D1.82.D1.83.D1.80.D0.B0 вторичной структуре] и дополнительных дистанционных ограничений, который показал хорошие результаты при сравнении с полученными позже экспериментальными данными. После публикации статьи мы сделали [http://dualopt1.cmm.msu.ru/ веб-сервис], реализующий этот подход, однако он уже порядком устарел и мы хотели бы его существенно улучшить, как с точки зрения науки, так и качества реализации. | Мы сформулировали и применили свой [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2779675/ подход] к реконструкции пространственной структуры РНК на основе данных о [https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A0%D0%B8%D0%B1%D0%BE%D0%BD%D1%83%D0%BA%D0%BB%D0%B5%D0%B8%D0%BD%D0%BE%D0%B2%D0%B0%D1%8F_%D0%BA%D0%B8%D1%81%D0%BB%D0%BE%D1%82%D0%B0#.D0.A1.D1.82.D1.80.D1.83.D0.BA.D1.82.D1.83.D1.80.D0.B0 вторичной структуре] и дополнительных дистанционных ограничений, который показал хорошие результаты при сравнении с полученными позже экспериментальными данными. После публикации статьи мы сделали [http://dualopt1.cmm.msu.ru/ веб-сервис], реализующий этот подход, однако он уже порядком устарел и мы хотели бы его существенно улучшить, как с точки зрения науки, так и качества реализации. |
Текущая версия на 18:22, 18 декабря 2014
Содержание
Что это за проект?
Мы сформулировали и применили свой подход к реконструкции пространственной структуры РНК на основе данных о вторичной структуре и дополнительных дистанционных ограничений, который показал хорошие результаты при сравнении с полученными позже экспериментальными данными. После публикации статьи мы сделали веб-сервис, реализующий этот подход, однако он уже порядком устарел и мы хотели бы его существенно улучшить, как с точки зрения науки, так и качества реализации.
Чему вы научитесь?
- Познакомитесь с пространственными структурами различных биомолекул.
- Приобретете опыт по разработке веб-сервисов научной направленности.
Какие начальные требования?
- Желание разобраться в структурном многообразии нуклеиновых кислот.
- Желание создать научный веб-сервис
- Базовые знания ОС GNU/Linux.
- Базовые знания Shell, Python.
Какие будут использоваться технологии?
Темы вводных занятий
- Нуклеиновые кислоты, связь структура - функция.
Направления развития
- Реализовать рассылку почтовых уведомлений о выполнении задачи;
- Реализовать ограниченный доступ к выдаче и файлам задачи;
- Реализовать интерактивную страницу с очередью и состоянием задачи;
- Реализовать визуализацию 3D структур биомолекул на странице с выдачей результатов.
Критерии оценки
4-5 Переработать существующий протопип, реализовать базовую функциональность фронтэнда (загрузку данных, выдачу результата);
6-7 Реализовать ограничения доступа;
8-10 Реализовать интерактивную страницу с очередью и состоянием задачи. Реализовать визуализацию 3D структур РНК на странице с выдачей результатов.