Майнор Биоинформатика 2 год 2024/25 — различия между версиями
м (→Формула расчет оценки) |
м (→Лекции и семинары) |
||
| Строка 65: | Строка 65: | ||
|- | |- | ||
| 9 | | 9 | ||
| − | || 27. | + | || 27.02 |
|| | || | ||
Одноклеточное секвенирование - эпигеномика [https://docs.google.com/presentation/d/1CLVlaTxMi_6PBPNbkf9PkcQxxLE0YTyV/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] | Одноклеточное секвенирование - эпигеномика [https://docs.google.com/presentation/d/1CLVlaTxMi_6PBPNbkf9PkcQxxLE0YTyV/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] | ||
|| | || | ||
Одноклеточное секвенирование - эпигеномика [https://docs.google.com/presentation/d/1CLVlaTxMi_6PBPNbkf9PkcQxxLE0YTyV/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] | Одноклеточное секвенирование - эпигеномика [https://docs.google.com/presentation/d/1CLVlaTxMi_6PBPNbkf9PkcQxxLE0YTyV/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] | ||
| + | |- | ||
| + | | 10 | ||
| + | || 06.03 | ||
| + | || | ||
| + | Введение в структуру хроматина [https://docs.google.com/presentation/d/10-dflNdf-u0Iv-yX9YcJ4VgHgdjQBQ5P/edit?usp=drive_link&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] | ||
| + | || | ||
| + | higlass: [https://docs.google.com/presentation/d/10-dflNdf-u0Iv-yX9YcJ4VgHgdjQBQ5P/edit?usp=drive_link&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] | ||
| + | |- | ||
| + | | 12 | ||
| + | || 13.03 | ||
| + | || | ||
| + | 3-dimensional genome (сhromatin conformation analysis) [https://docs.google.com/presentation/d/10L4cMKE3xdk61JZP39erzkcm46ubLuis/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] | ||
| + | || | ||
| + | Работа с данными HiC | ||
| + | |- | ||
| + | | 13 | ||
| + | || 20.03 | ||
| + | || | ||
| + | 3-dimensional genome (часть 2) [https://docs.google.com/presentation/d/1L3syoghY0E04aKEZKJdIFSHudjuHI0SB/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] | ||
| + | || | ||
| + | Cooltools. Cooler | ||
| + | |- | ||
| + | | 13 | ||
| + | || 18.04 | ||
| + | || | ||
| + | Chromatin structure: feature calling [https://docs.google.com/presentation/d/1x__gdMtAcUyYrtqPkeJTLGZE60e2yU8u2GjafHhBgeA/edit?usp=sharing слайды] [https://disk.yandex.ru/i/XKiJ6YNyiuEEGw видео] | ||
| + | || Chromatin structure: feature calling | ||
| + | |- | ||
| + | | 14 | ||
| + | || 25.04 | ||
| + | || Квиз | ||
| + | || Проект (введение) | ||
| + | |||
|} | |} | ||
Версия 12:09, 9 апреля 2025
Содержание
Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику
Формула расчет оценки
Накоп = Округление(0.4*ДЗ + 0.4*ПРОЕКТ), где ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть ДЗ = (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ХР)/4 ХР=(0.5*ДЗ4+0.5*квиз) Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен. В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
Лекции и семинары
| # | Дата | Лекция (11:10 - 12:30) | Семинар (12:40 - 14:00) |
|---|---|---|---|
| 1 | 09.01 |
Введение в эпигеномику слайды |
Формат .bed и утилита bedtools тетрадка |
| 2 | 16.01 |
Метилирование ДНК (введение) слайды |
Анализ частоты CpG тетрадка |
| 3 | 23.01 |
Методы определения метилирования ДНК слайды |
ДЗ-1 Метилирование ДНК слайды |
| 4 | 30.01 |
Модификации гистонов, проект ENCODE слайды |
Структура гистонов в pymol. Знакомство с Encode. |
| 5 | 06.02 |
ChIP-seq слайды |
ДЗ-2 Модификации гистонов |
| 5 | 13.02 |
Доступность хроматина (DNAse-seq и ATAC-seq) слайды |
Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy тетрадка |
| 7 | 20.02 |
ChromHMM слайды |
ДЗ-3 ChromHMM черновой текст |
| 9 | 27.02 |
Одноклеточное секвенирование - эпигеномика слайды |
Одноклеточное секвенирование - эпигеномика слайды |
| 10 | 06.03 |
Введение в структуру хроматина слайды |
higlass: слайды |
| 12 | 13.03 |
3-dimensional genome (сhromatin conformation analysis) слайды |
Работа с данными HiC |
| 13 | 20.03 |
3-dimensional genome (часть 2) слайды |
Cooltools. Cooler |
| 13 | 18.04 | Chromatin structure: feature calling | |
| 14 | 25.04 | Квиз | Проект (введение) |
Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования
Формула расчет оценки
Накоп = Округление( Среднее(ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)*0.8 ) Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен. В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
Лекции и семинары
| # | Дата | Лекция (11:10 - 12:30) | Семинар (12:40 - 14:00) |
|---|---|---|---|
| 1 | 05.09 |
Введение в молекулярную биологию лекция |
Создание аккаунтов на серверах инструкция |
| 2 | 12.09 |
Методы секвенирования ДНК лекция |
Введение в github и Google colab. Sra toolkit тетрадка |
| 3 | 19.09 |
Сборка генома слайды |
ДЗ1 Сборка генома текст |
| 4 | 26.09 |
Алгоритмы предсказания генов слайды |
Алгоритмы предсказания генов. Практика |
| 5 | 03.10 |
Аннотация функций генов слайды |
ДЗ2 Аннотация генома текст |
| 6 | 10.10 |
Сдвиг рамки считывания слайды |
Семинар |
| 7 | 24.10 |
Геном человека и некодирующие РНК слайды |
ДЗ3 Предсказание генов текст |
| 8 | 31.10 |
Введение в РНК-сек слайды |
Семинар о РНК-сек |
| Сессия | |||
| 9 | 07.11 |
Анализ данных РНК-сек слайды |
ДЗ4 РНК-сек слайды |
| 11 | 14.11 |
Секвенирование отдельных клеток слайды |
ДЗ5 single cell РНК-сек |
| 12 | 21.11 | Проверочная работа по теме РНК-сек | Разбор ДЗ5 single cell РНК-сек |
| 13 | 28.11 | GWAS | GWAS |
| 14 | 05.12 | Метагеномика. Лекция ссылка | Семинар |
| 15 | 12.12 | Заключение | Заключение. Дописывание квиза. |
| 16 | 19.12 | Экзамен | |
