Майнор Биоинформатика 2 год 2023/24 — различия между версиями

Материал из Wiki - Факультет компьютерных наук
Перейти к: навигация, поиск
м (→‎Лекции и семинары)
м
Строка 1: Строка 1:
 +
== Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику ==
 +
 +
=== Формула расчет оценки ===
 +
Накоп = Округление(0.4*ДЗ  +  0.4*ПРОЕКТ), где
 +
ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть
 +
 +
Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
 +
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп '''добавляется''' 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
 +
 +
 +
Примерный план занятий
 +
 +
=== Лекции и семинары ===
 +
{| class="wikitable"
 +
|-
 +
! # !! Дата !! Лекция (11:10 - 12:30) !! Семинар (12:40 - 14:00)
 +
|-
 +
| 1
 +
|| 11.01
 +
||
 +
Введение в эпигеномику
 +
||
 +
Формат .bed и утилита bedtools
 +
[https://colab.research.google.com/drive/12KTBm9wAQGoLmKjPIkublh6zjw4njlRl?usp=sharing тетрадка]
 +
|-
 +
| 2
 +
|| 18.01
 +
||
 +
Метилирование ДНК (введение)
 +
||
 +
'''ДЗ-1''' Метилирование ДНК 
 +
|-
 +
| 3
 +
|| 25.01
 +
||
 +
Методы определения метилирования ДНК
 +
||
 +
Анализ частоты CpG
 +
|-
 +
| 4
 +
|| 01.02
 +
||
 +
Модификации гистонов, проект ENCODE
 +
||
 +
'''ДЗ-2''' Модификации гистонов
 +
|-
 +
| 5
 +
|| 08.02
 +
||
 +
ChIP-seq
 +
||
 +
NSG-plot
 +
|-
 +
|| 6
 +
|| 15.02
 +
||
 +
Доступность хроматина (DNAse-seq и ATAC-seq)
 +
||
 +
Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy
 +
|-
 +
|
 +
|| 22.02
 +
|| TBD
 +
|| TBD
 +
|-
 +
| 7
 +
|| 29.02
 +
||
 +
ChromHMM
 +
||
 +
'''ДЗ-3''' ChromHMM
 +
|-
 +
| 8
 +
|| 07.03
 +
||
 +
Одноклеточное секвенирование - эпигеномика
 +
 +
||
 +
Виртуальные окружения и VS Code
 +
|-
 +
| 9
 +
|| 14.03
 +
||
 +
Введение в структуру хроматина
 +
||
 +
higlass:
 +
|-
 +
| 10
 +
|| 21.04
 +
||
 +
3-dimensional genome (сhromatin conformation analysis)
 +
||
 +
Работа с данными HiC
 +
|-
 +
| 11
 +
|| 04.04
 +
||
 +
3-dimensional genome (часть 2)
 +
||
 +
Cooltools. Cooler
 +
|-
 +
| 12
 +
|| 11.04
 +
||
 +
Chromatin structure: feature calling
 +
|| Квиз
 +
|-
 +
| 13
 +
|| 18.04
 +
||
 +
Проект (введение)
 +
|| -
 +
|-
 +
| 14
 +
|| 25.04
 +
||
 +
Проект (выбор белков и организация в группы)
 +
|| -
 +
|-
 +
| 15
 +
|| 16.05
 +
||
 +
Проект (вводные презентации групп)
 +
||
 +
Инструкции для выполнения индивидуальной части проекта
 +
|-
 +
| 16
 +
|| 23.05
 +
||
 +
Проект (вводные презентации групп 2)
 +
||
 +
Проект (групповая часть)
 +
|-
 +
| 17
 +
|| 30.05
 +
|colspan="2" style="text-align: center;"| Защита проектов группами
 +
|-
 +
| 18
 +
|| 06.06
 +
|colspan="2" style="text-align: center;"| Экзамен
 +
|
 +
|}
 +
 +
 +
 
== Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования ==
 
== Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования ==
  
Строка 97: Строка 242:
 
| 14
 
| 14
 
|| 07.12
 
|| 07.12
−
|| Лекция
+
|| Метагеномика. Лекция [https://docs.google.com/presentation/d/1jysJ0qOUvN0ohjSezbiWUATvIX0AX9f93LdMuulMjww/edit?usp=sharing ссылка]
 
|| Семинар
 
|| Семинар
 
|-
 
|-

Версия 08:12, 11 января 2024

Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику

Формула расчет оценки

Накоп = Округление(0.4*ДЗ  +  0.4*ПРОЕКТ), где
ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть

Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале


Примерный план занятий

Лекции и семинары

# Дата Лекция (11:10 - 12:30) Семинар (12:40 - 14:00)
1 11.01

Введение в эпигеномику

Формат .bed и утилита bedtools тетрадка

2 18.01

Метилирование ДНК (введение)

ДЗ-1 Метилирование ДНК

3 25.01

Методы определения метилирования ДНК

Анализ частоты CpG

4 01.02

Модификации гистонов, проект ENCODE

ДЗ-2 Модификации гистонов

5 08.02

ChIP-seq

NSG-plot

6 15.02

Доступность хроматина (DNAse-seq и ATAC-seq)

Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy

22.02 TBD TBD
7 29.02

ChromHMM

ДЗ-3 ChromHMM

8 07.03

Одноклеточное секвенирование - эпигеномика

Виртуальные окружения и VS Code

9 14.03

Введение в структуру хроматина

higlass:

10 21.04

3-dimensional genome (сhromatin conformation analysis)

Работа с данными HiC

11 04.04

3-dimensional genome (часть 2)

Cooltools. Cooler

12 11.04

Chromatin structure: feature calling

Квиз
13 18.04

Проект (введение)

-
14 25.04

Проект (выбор белков и организация в группы)

-
15 16.05

Проект (вводные презентации групп)

Инструкции для выполнения индивидуальной части проекта

16 23.05

Проект (вводные презентации групп 2)

Проект (групповая часть)

17 30.05 Защита проектов группами
18 06.06 Экзамен


Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования

Формула расчет оценки

Накоп = Округление( (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)/6 )
Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

Лекции и семинары

# Дата Лекция (11:10 - 12:30) Семинар (12:40 - 14:00)
1 07.09

Введение в молекулярную биологию презентация видео

Создание аккаунтов на серверах инструкция

2 14.09

Методы секвенирования ДНК слайды видео

Введение в github и Google colab команды с занятия
3 21.09

Сборка генома слайды видео

ДЗ1 Сборка генома текст

4 28.09

Алгоритмы предсказания генов слайдывидео

Алгоритмы предсказания генов. Практика

5 05.10

Аннотация функций генов видео слайды

ДЗ2 Аннотация генома

6 12.10

Сдвиг рамки считывания слайды видео

Семинар тетрадка

7 19.10

Геном человека и некодирующие РНК видео слайды

ДЗ3 Предсказание генов текст

Сессия
8 02.11

Введение в РНК-сек видео слайды

ДЗ4 РНК-сек текст

9 09.11

Анализ данных РНК-сек слайды видео

Анализ данных РНК-сек

11 16.11

Секвенирование отдельных клеток видео слайды

ДЗ5 single cell РНК-сек текст

12 23.11 Проверочная работа по теме РНК-сек Разбор ДЗ5 single cell РНК-сек видео
13 30.11 GWAS видео слайды GWAS видео слайды
14 07.12 Метагеномика. Лекция ссылка Семинар
15 14.12 Лекция Семинар
16 21.12 Экзамен
Источник — «http://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=Майнор_Биоинформатика_2_год_2023/24&oldid=82719»