Майнор Биоинформатика 2 год 2022/23 — различия между версиями
м |
|||
| Строка 126: | Строка 126: | ||
|| 13.04 | || 13.04 | ||
|| 3-dimensional genome: | || 3-dimensional genome: | ||
| − | сhromatin conformation analysis | + | сhromatin conformation analysis [https://docs.google.com/presentation/d/1yg-5z5kfswh7_8D1Y1OmBx_nzVXEl6XN/edit?usp=sharing&ouid=101690403665513115529&rtpof=true&sd=true презентация ] |
|| [https://drive.google.com/drive/folders/142vwyCNlcN3tfBeelfohtKnqmjzzVjcD?usp=sharing Материалы к семинару] [https://colab.research.google.com/drive/1lsPiDVsKf7DZ3C-MKn3gFXLeBYsVqE3t?usp=share_link тетрадка] | || [https://drive.google.com/drive/folders/142vwyCNlcN3tfBeelfohtKnqmjzzVjcD?usp=sharing Материалы к семинару] [https://colab.research.google.com/drive/1lsPiDVsKf7DZ3C-MKn3gFXLeBYsVqE3t?usp=share_link тетрадка] | ||
|- | |- | ||
Версия 16:45, 18 апреля 2023
Содержание
Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику
Формула расчет оценки
Накоп = Округление(0.5*ДЗ + 0.5*ПРОЕКТ), где ДЗ = (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4)/4 ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен. В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
Лекции и семинары
Записи всех лекций и семинаров
| # | Дата | Лекция (11:10 - 12:30) | Семинар (12:40 - 14:00) |
|---|---|---|---|
| 1 | 19.01 |
Формат .bed и утилита bedtools (Дмитрий Коновалов) -- видео, тетрадка | |
| 2 | 26.01 |
ДЗ-1 Метилирование ДНК (Егор Фурсов) -- видео, слайды, задание | |
| 3 | 02.02 | ||
| 4 | 09.02 | ||
| 5 | 16.02 | ||
| 23.02 | Выходной (день защитника Отечества) | ||
| 6 | 02.03 |
Доступность хроматина (DNAse-seq и ATAC-seq) -- видео, слайды |
Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy -- видео, тетрадка |
| 09.03 | - | - | |
| 7 | 16.03 | ||
| 8 | 23.03 | ||
| 30.03 | Сессия | ||
| 9 | 06.04 | Введение в структуру хроматина презентация | Ссылки для семинара 1 2 |
| 10 | 13.04 | 3-dimensional genome:
сhromatin conformation analysis презентация |
Материалы к семинару тетрадка |
| 11 | 20.04 | Блок по структуре хроматина? | TBA |
| 12 | 27.04 | Блок по структуре хроматина? | TBA |
| 04.05 | Майские праздники | ||
| 13 | 11.05 | Проект - введение | TBA |
| 14 | 18.05 | Проект (индивидуальная часть) | TBA |
| 15 | 25.05 | Проект (индивидуальная часть) | TBA |
| 16 | 01.06 | Проект (групповая часть) | TBA |
| 17 | 08.06 | Защита проектов группами | |
| 18 | 15.06 | Экзамен | |
Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования
Формула расчет оценки
Накоп = Округление( (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)/6 ) Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен. В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
Лекции и семинары
Записи всех лекций и семинаров
| # | Дата | Лекция (11:10 - 12:30) | Семинар (12:40 - 14:00) |
|---|---|---|---|
| 1 | 08.09 |
Создание аккаунтов на серверах -- Инструкция 1, Инструкция 2, Таблица | |
| 2 | 15.09 | Введение в github и Google colab | |
| 3 | 22.09 | ||
| 4 | 29.09 | ||
| 5 | 06.10 |
ДЗ2 Аннотация генома (Иван Геворков) -- видео, тетрадка, задание | |
| 6 | 13.10 |
Подготовка к домашнему заданию 3 (Егор Фурсов) -- видео, тетрадка | |
| 7 | 20.10 |
ДЗ3 Предсказание генов (Дмитрий Бушнев) -- видео, тетрадка, задание | |
| 27.10 | Сессия | ||
| 8 | 03.11 |
Повторы в геноме человека (Дмитрий Коновалов) -- видео, тетрадка | |
| 9 | 10.11 | ||
| 17.11 | - | ||
| 10 | 24.11 | ||
| 11 | 01.12 | Проверочная работа по теме РНК-сек |
ДЗ5 single cell РНК-сек (Егор Фурсов) -- видео, слайды, задание |
| 12 | 08.12 |
Секвенирование отдельных клеток (Анатолий Зубрицкий) -- слайды |
GWAS и популяционная генетика |
| 13 | 15.12 |
Развитие жизни на Земле -- слайды |
Разбор оценок за все ДЗ |
| 14 | 22.12 | Экзамен | |
