Майнор Биоинформатика 2 год 2022/23 — различия между версиями
м |
м (→Лекции и семинары) |
||
Строка 78: | Строка 78: | ||
| 6 | | 6 | ||
|| 02.03 | || 02.03 | ||
− | || Доступность хроматина (DNAse-seq и ATAC-seq) | + | || |
− | || Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy [https://colab.research.google.com/drive/1XFxzhKXOfLS3NgWzCxkvl4vPVr9AyazZ?usp=sharing тетрадка] | + | Доступность хроматина (DNAse-seq и ATAC-seq) -- |
+ | [https://youtu.be/02euh43y5fY видео], | ||
+ | [https://drive.google.com/file/d/1pSgALPmyHkPBIawILYrrv5Sx0xPZKcGj/view?usp=sharing слайды] | ||
+ | || | ||
+ | Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy -- | ||
+ | [https://youtu.be/rTT90s__I-U видео], | ||
+ | [https://colab.research.google.com/drive/1XFxzhKXOfLS3NgWzCxkvl4vPVr9AyazZ?usp=sharing тетрадка] | ||
|- | |- | ||
− | | | + | | |
|| 09.03 | || 09.03 | ||
+ | || - | ||
+ | || - | ||
+ | |- | ||
+ | | 7 | ||
+ | || 16.03 | ||
|| ChromHMM | || ChromHMM | ||
|| '''ДЗ-3''' ChromHMM (Дмитрий Меньщиков) | || '''ДЗ-3''' ChromHMM (Дмитрий Меньщиков) | ||
|- | |- | ||
| 8 | | 8 | ||
− | || | + | || 23.03 |
|| Одноклеточное секвенирование - эпигеномика | || Одноклеточное секвенирование - эпигеномика | ||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
|| TBA | || TBA | ||
|- | |- | ||
Строка 100: | Строка 106: | ||
|colspan="2" style="text-align: center;"| Сессия | |colspan="2" style="text-align: center;"| Сессия | ||
|- | |- | ||
− | | | + | | 9 |
|| 06.04 | || 06.04 | ||
|| Блок по структуре хроматина? | || Блок по структуре хроматина? | ||
|| TBA | || TBA | ||
|- | |- | ||
− | | | + | | 10 |
|| 13.04 | || 13.04 | ||
|| Блок по структуре хроматина? | || Блок по структуре хроматина? | ||
|| TBA | || TBA | ||
|- | |- | ||
− | | | + | | 11 |
|| 20.04 | || 20.04 | ||
|| Блок по структуре хроматина? | || Блок по структуре хроматина? | ||
|| TBA | || TBA | ||
|- | |- | ||
− | | | + | | 12 |
|| 27.04 | || 27.04 | ||
|| Блок по структуре хроматина? | || Блок по структуре хроматина? | ||
Строка 124: | Строка 130: | ||
|colspan="2" style="text-align: center;"| Майские праздники | |colspan="2" style="text-align: center;"| Майские праздники | ||
|- | |- | ||
− | | | + | | 13 |
|| 11.05 | || 11.05 | ||
|| Проект - введение | || Проект - введение | ||
|| TBA | || TBA | ||
|- | |- | ||
− | | | + | | 14 |
|| 18.05 | || 18.05 | ||
|| Проект (индивидуальная часть) | || Проект (индивидуальная часть) | ||
|| TBA | || TBA | ||
|- | |- | ||
− | | | + | | 15 |
|| 25.05 | || 25.05 | ||
|| Проект (индивидуальная часть) | || Проект (индивидуальная часть) | ||
|| TBA | || TBA | ||
|- | |- | ||
− | | | + | | 16 |
|| 01.06 | || 01.06 | ||
|| Проект (групповая часть) | || Проект (групповая часть) | ||
|| TBA | || TBA | ||
|- | |- | ||
− | | | + | | 17 |
|| 08.06 | || 08.06 | ||
|colspan="2" style="text-align: center;"| Защита проектов группами | |colspan="2" style="text-align: center;"| Защита проектов группами | ||
|- | |- | ||
− | | | + | | 18 |
|| 15.06 | || 15.06 | ||
|colspan="2" style="text-align: center;"| Экзамен | |colspan="2" style="text-align: center;"| Экзамен |
Версия 22:56, 15 марта 2023
Содержание
Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику
Формула расчет оценки
Накоп = Округление(0.5*ДЗ + 0.5*ПРОЕКТ), где ДЗ = (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4)/4 ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен. В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
Лекции и семинары
Записи всех лекций и семинаров
# | Дата | Лекция (11:10 - 12:30) | Семинар (12:40 - 14:00) |
---|---|---|---|
1 | 19.01 |
Формат .bed и утилита bedtools (Дмитрий Коновалов) -- видео, тетрадка | |
2 | 26.01 |
ДЗ-1 Метилирование ДНК (Егор Фурсов) -- видео, слайды, задание | |
3 | 02.02 | ||
4 | 09.02 | ||
5 | 16.02 | ||
23.02 | Выходной (день защитника Отечества) | ||
6 | 02.03 |
Доступность хроматина (DNAse-seq и ATAC-seq) -- видео, слайды |
Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy -- видео, тетрадка |
09.03 | - | - | |
7 | 16.03 | ChromHMM | ДЗ-3 ChromHMM (Дмитрий Меньщиков) |
8 | 23.03 | Одноклеточное секвенирование - эпигеномика | TBA |
30.03 | Сессия | ||
9 | 06.04 | Блок по структуре хроматина? | TBA |
10 | 13.04 | Блок по структуре хроматина? | TBA |
11 | 20.04 | Блок по структуре хроматина? | TBA |
12 | 27.04 | Блок по структуре хроматина? | TBA |
04.05 | Майские праздники | ||
13 | 11.05 | Проект - введение | TBA |
14 | 18.05 | Проект (индивидуальная часть) | TBA |
15 | 25.05 | Проект (индивидуальная часть) | TBA |
16 | 01.06 | Проект (групповая часть) | TBA |
17 | 08.06 | Защита проектов группами | |
18 | 15.06 | Экзамен |
Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования
Формула расчет оценки
Накоп = Округление( (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)/6 ) Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен. В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
Лекции и семинары
Записи всех лекций и семинаров
# | Дата | Лекция (11:10 - 12:30) | Семинар (12:40 - 14:00) |
---|---|---|---|
1 | 08.09 |
Создание аккаунтов на серверах -- Инструкция 1, Инструкция 2, Таблица | |
2 | 15.09 | Введение в github и Google colab | |
3 | 22.09 | ||
4 | 29.09 | ||
5 | 06.10 |
ДЗ2 Аннотация генома (Иван Геворков) -- видео, тетрадка, задание | |
6 | 13.10 |
Подготовка к домашнему заданию 3 (Егор Фурсов) -- видео, тетрадка | |
7 | 20.10 |
ДЗ3 Предсказание генов (Дмитрий Бушнев) -- видео, тетрадка, задание | |
27.10 | Сессия | ||
8 | 03.11 |
Повторы в геноме человека (Дмитрий Коновалов) -- видео, тетрадка | |
9 | 10.11 | ||
17.11 | - | ||
10 | 24.11 | ||
11 | 01.12 | Проверочная работа по теме РНК-сек |
ДЗ5 single cell РНК-сек (Егор Фурсов) -- видео, слайды, задание |
12 | 08.12 |
Секвенирование отдельных клеток (Анатолий Зубрицкий) -- слайды |
GWAS и популяционная генетика |
13 | 15.12 |
Развитие жизни на Земле -- слайды |
Разбор оценок за все ДЗ |
14 | 22.12 | Экзамен |