Майнор Биоинформатика 2 год 2022/23 — различия между версиями

Материал из Wiki - Факультет компьютерных наук
Перейти к: навигация, поиск
м
м (→‎Лекции и семинары)
Строка 78: Строка 78:
 
| 6
 
| 6
 
|| 02.03
 
|| 02.03
−
|| Доступность хроматина (DNAse-seq и ATAC-seq)
+
||
−
|| Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy [https://colab.research.google.com/drive/1XFxzhKXOfLS3NgWzCxkvl4vPVr9AyazZ?usp=sharing тетрадка]
+
Доступность хроматина (DNAse-seq и ATAC-seq) --
 +
[https://youtu.be/02euh43y5fY видео],
 +
[https://drive.google.com/file/d/1pSgALPmyHkPBIawILYrrv5Sx0xPZKcGj/view?usp=sharing слайды]
 +
||
 +
Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy --
 +
[https://youtu.be/rTT90s__I-U видео],
 +
[https://colab.research.google.com/drive/1XFxzhKXOfLS3NgWzCxkvl4vPVr9AyazZ?usp=sharing тетрадка]
 
|-
 
|-
−
| 7
+
|  
 
|| 09.03
 
|| 09.03
 +
|| -
 +
|| -
 +
|-
 +
| 7
 +
|| 16.03
 
|| ChromHMM
 
|| ChromHMM
 
|| '''ДЗ-3''' ChromHMM (Дмитрий Меньщиков)
 
|| '''ДЗ-3''' ChromHMM (Дмитрий Меньщиков)
 
|-
 
|-
 
| 8
 
| 8
−
|| 16.03
+
|| 23.03
 
|| Одноклеточное секвенирование - эпигеномика
 
|| Одноклеточное секвенирование - эпигеномика
−
|| TBA
 
−
|-
 
−
| 9
 
−
|| 23.03
 
−
|| Филогенетика
 
 
|| TBA
 
|| TBA
 
|-
 
|-
Строка 100: Строка 106:
 
|colspan="2" style="text-align: center;"| Сессия
 
|colspan="2" style="text-align: center;"| Сессия
 
|-
 
|-
−
| 10
+
| 9
 
|| 06.04
 
|| 06.04
 
|| Блок по структуре хроматина?
 
|| Блок по структуре хроматина?
 
|| TBA
 
|| TBA
 
|-
 
|-
−
| 11
+
| 10
 
|| 13.04
 
|| 13.04
 
|| Блок по структуре хроматина?
 
|| Блок по структуре хроматина?
 
|| TBA
 
|| TBA
 
|-
 
|-
−
| 12
+
| 11
 
|| 20.04
 
|| 20.04
 
|| Блок по структуре хроматина?
 
|| Блок по структуре хроматина?
 
|| TBA
 
|| TBA
 
|-
 
|-
−
| 13
+
| 12
 
|| 27.04
 
|| 27.04
 
|| Блок по структуре хроматина?
 
|| Блок по структуре хроматина?
Строка 124: Строка 130:
 
|colspan="2" style="text-align: center;"| Майские праздники
 
|colspan="2" style="text-align: center;"| Майские праздники
 
|-
 
|-
−
| 14
+
| 13
 
|| 11.05
 
|| 11.05
 
|| Проект - введение
 
|| Проект - введение
 
|| TBA
 
|| TBA
 
|-
 
|-
−
| 15
+
| 14
 
|| 18.05
 
|| 18.05
 
|| Проект (индивидуальная часть)
 
|| Проект (индивидуальная часть)
 
|| TBA
 
|| TBA
 
|-
 
|-
−
| 16
+
| 15
 
|| 25.05
 
|| 25.05
 
|| Проект (индивидуальная часть)
 
|| Проект (индивидуальная часть)
 
|| TBA
 
|| TBA
 
|-
 
|-
−
| 17
+
| 16
 
|| 01.06
 
|| 01.06
 
|| Проект (групповая часть)
 
|| Проект (групповая часть)
 
|| TBA
 
|| TBA
 
|-
 
|-
−
| 18
+
| 17
 
|| 08.06
 
|| 08.06
 
|colspan="2" style="text-align: center;"| Защита проектов группами
 
|colspan="2" style="text-align: center;"| Защита проектов группами
 
|-
 
|-
−
| 19
+
| 18
 
|| 15.06
 
|| 15.06
 
|colspan="2" style="text-align: center;"| Экзамен
 
|colspan="2" style="text-align: center;"| Экзамен

Версия 22:56, 15 марта 2023

Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику

Формула расчет оценки

Накоп = Округление(0.5*ДЗ  +  0.5*ПРОЕКТ), где
ДЗ = (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4)/4
ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть

Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

Лекции и семинары

Записи всех лекций и семинаров

# Дата Лекция (11:10 - 12:30) Семинар (12:40 - 14:00)
1 19.01

Введение в эпигеномику -- видео, слайды

Формат .bed и утилита bedtools (Дмитрий Коновалов) -- видео, тетрадка

2 26.01

Метилирование ДНК (введение) -- видео, слайды

ДЗ-1 Метилирование ДНК (Егор Фурсов) -- видео, слайды, задание

3 02.02

Методы определения метилирования ДНК -- видео, слайды

Анализ частоты CpG (Дмитрий Коновалов) -- видео, тетрадка

4 09.02

Модификации гистонов, проект ENCODE -- видео, слайды

ДЗ-2 Модификации гистонов (Иван Геворков) -- видео, задание

5 16.02

ChIP-seq -- видео, слайды

NSG-plot (Дмитрий Коновалов) -- видео, тетрадка

23.02 Выходной (день защитника Отечества)
6 02.03

Доступность хроматина (DNAse-seq и ATAC-seq) -- видео, слайды

Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy -- видео, тетрадка

09.03 - -
7 16.03 ChromHMM ДЗ-3 ChromHMM (Дмитрий Меньщиков)
8 23.03 Одноклеточное секвенирование - эпигеномика TBA
30.03 Сессия
9 06.04 Блок по структуре хроматина? TBA
10 13.04 Блок по структуре хроматина? TBA
11 20.04 Блок по структуре хроматина? TBA
12 27.04 Блок по структуре хроматина? TBA
04.05 Майские праздники
13 11.05 Проект - введение TBA
14 18.05 Проект (индивидуальная часть) TBA
15 25.05 Проект (индивидуальная часть) TBA
16 01.06 Проект (групповая часть) TBA
17 08.06 Защита проектов группами
18 15.06 Экзамен

Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования

Формула расчет оценки

Накоп = Округление( (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)/6 )
Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

Лекции и семинары

Записи всех лекций и семинаров

# Дата Лекция (11:10 - 12:30) Семинар (12:40 - 14:00)
1 08.09

Введение в молекулярную биологию -- видео, слайды

Создание аккаунтов на серверах -- Инструкция 1, Инструкция 2, Таблица

2 15.09

Методы секвенирования ДНК -- видео, слайды

Введение в github и Google colab
3 22.09

Сборка генома (Артем Касьянов) -- видео, слайды

ДЗ1 Сборка генома (Дмитрий Меньщиков) -- видео, задание

4 29.09

Алгоритмы предсказания генов -- видео, слайды

Разбор домашнего задания 1 -- видео, слайды

5 06.10

Аннотация функций генов -- видео, слайды

ДЗ2 Аннотация генома (Иван Геворков) -- видео, тетрадка, задание

6 13.10

Сдвиг рамки считывания -- видео, слайды

Подготовка к домашнему заданию 3 (Егор Фурсов) -- видео, тетрадка

7 20.10

Генная инженерия (Анатолий Зубрицкий) -- видео, слайды

ДЗ3 Предсказание генов (Дмитрий Бушнев) -- видео, тетрадка, задание

27.10 Сессия
8 03.11

Геном человека и некодирующие РНК -- видео, слайды

Повторы в геноме человека (Дмитрий Коновалов) -- видео, тетрадка

9 10.11

Введение в РНК-сек (Анатолий Зубрицкий) -- видео, слайды

ДЗ4 РНК-сек (Дмитрий Бушнев) -- видео, задание

17.11 -
10 24.11

Анализ данных РНК-сек -- видео, слайды

Анализ данных РНК-сек -- видео, слайды

11 01.12 Проверочная работа по теме РНК-сек

ДЗ5 single cell РНК-сек (Егор Фурсов) -- видео, слайды, задание

12 08.12

Секвенирование отдельных клеток (Анатолий Зубрицкий) -- слайды

GWAS и популяционная генетика
13 15.12

Развитие жизни на Земле -- слайды

Разбор оценок за все ДЗ
14 22.12 Экзамен
Источник — «http://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=Майнор_Биоинформатика_2_год_2022/23&oldid=77040»