Майнор Биоинформатика 2 год 2022/23 — различия между версиями

Материал из Wiki - Факультет компьютерных наук
Перейти к: навигация, поиск
(→‎Лекции и семинары)
м (→‎Лекции и семинары)
Строка 23: Строка 23:
 
| 2
 
| 2
 
|| 26.01
 
|| 26.01
−
|| TBA
+
|| Метилирование ДНК (введение)
−
|| TBA
+
|| Метилирование ДНК (рассказ про ДЗ-1)
 
|-
 
|-
 
| 3
 
| 3
 
|| 02.02
 
|| 02.02
−
|| TBA
+
|| Методы определения метилирования ДНК
−
|| TBA
+
|| Анализ частоты CpG
 
|-
 
|-
 
| 4
 
| 4
 
|| 09.02
 
|| 09.02
−
|| TBA
+
|| Модификации гистонов (введение), проект ENCODE
−
|| TBA
+
|| Модификации гистонов (рассказ про ДЗ-2)
 
|-
 
|-
 
| 5
 
| 5
 
|| 16.02
 
|| 16.02
−
|| TBA
+
|| Детали ChIP-seq -- получение антител, контроль и визуализация данных
−
|| TBA
+
|| NSG-plot (бонусное задание к ДЗ-2)
 
|-
 
|-
 
|
 
|
Строка 47: Строка 47:
 
| 6
 
| 6
 
|| 02.03
 
|| 02.03
−
|| TBA
+
|| Доступность хроматина (DNAse-seq и ATAC-seq)
 
|| TBA
 
|| TBA
 
|-
 
|-
 
| 7
 
| 7
 
|| 09.03
 
|| 09.03
−
|| TBA
+
|| ChromHMM
−
|| TBA
+
|| ChromHMM (домашнее задание № 3)
 
|-
 
|-
 
| 8
 
| 8
 
|| 16.03
 
|| 16.03
−
|| TBA
+
|| Одноклеточное секвенирование - эпигеномика
 
|| TBA
 
|| TBA
 
|-
 
|-
 
| 9
 
| 9
 
|| 23.03
 
|| 23.03
−
|| TBA
+
|| Филогенетика
 
|| TBA
 
|| TBA
 
|-
 
|-
Строка 71: Строка 71:
 
| 10
 
| 10
 
|| 06.04
 
|| 06.04
−
|| TBA
+
|| Генетическая инженерия 1 -- введение
 
|| TBA
 
|| TBA
 
|-
 
|-
 
| 11
 
| 11
 
|| 13.04
 
|| 13.04
−
|| TBA
+
|| Генетическая инженерия 2 -- CRISPR
 
|| TBA
 
|| TBA
 
|-
 
|-
 
| 12
 
| 12
 
|| 20.04
 
|| 20.04
−
|| TBA
+
|| Генетическая инженерия 3 -- CRISPR
 
|| TBA
 
|| TBA
 
|-
 
|-
 
| 13
 
| 13
 
|| 27.04
 
|| 27.04
−
|| TBA
+
|| Генетическая инженерия 4 -- стволовые клетки
 
|| TBA
 
|| TBA
 
|-
 
|-
Строка 95: Строка 95:
 
| 14
 
| 14
 
|| 11.05
 
|| 11.05
−
|| TBA
+
|| Проект - введение
 
|| TBA
 
|| TBA
 
|-
 
|-
 
| 15
 
| 15
 
|| 18.05
 
|| 18.05
−
|| TBA
+
|| Проект (индивидуальная часть)
 
|| TBA
 
|| TBA
 
|-
 
|-
 
| 16
 
| 16
 
|| 25.05
 
|| 25.05
−
|| TBA
+
|| Проект (индивидуальная часть)
 
|| TBA
 
|| TBA
 
|-
 
|-
 
| 17
 
| 17
 
|| 01.06
 
|| 01.06
−
|| TBA
+
|| Проект (групповая часть)
 
|| TBA
 
|| TBA
 
|-
 
|-

Версия 22:08, 16 января 2023

Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику

Формула расчет оценки

Накоп = Округление(0.5*ДЗ  +  0.5*ПРОЕКТ), где
ДЗ = (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4)/4
ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть

Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

Лекции и семинары

# Дата Лекция (11:10 - 12:30) Семинар (12:40 - 14:00)
1 19.01

Введение в эпигеномику

Формат .bed и утилита bedtools

2 26.01 Метилирование ДНК (введение) Метилирование ДНК (рассказ про ДЗ-1)
3 02.02 Методы определения метилирования ДНК Анализ частоты CpG
4 09.02 Модификации гистонов (введение), проект ENCODE Модификации гистонов (рассказ про ДЗ-2)
5 16.02 Детали ChIP-seq -- получение антител, контроль и визуализация данных NSG-plot (бонусное задание к ДЗ-2)
23.02 Выходной (день защитника Отечества)
6 02.03 Доступность хроматина (DNAse-seq и ATAC-seq) TBA
7 09.03 ChromHMM ChromHMM (домашнее задание № 3)
8 16.03 Одноклеточное секвенирование - эпигеномика TBA
9 23.03 Филогенетика TBA
30.03 Сессия
10 06.04 Генетическая инженерия 1 -- введение TBA
11 13.04 Генетическая инженерия 2 -- CRISPR TBA
12 20.04 Генетическая инженерия 3 -- CRISPR TBA
13 27.04 Генетическая инженерия 4 -- стволовые клетки TBA
04.05 Майские праздники
14 11.05 Проект - введение TBA
15 18.05 Проект (индивидуальная часть) TBA
16 25.05 Проект (индивидуальная часть) TBA
17 01.06 Проект (групповая часть) TBA
18 08.06 Защита проектов группами
19 15.06 Экзамен

Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования

Формула расчет оценки

Накоп = Округление( (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)/6 )
Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

Лекции и семинары

Записи всех лекций и семинаров

# Дата Лекция (11:10 - 12:30) Семинар (12:40 - 14:00)
1 08.09

Введение в молекулярную биологию -- видео, слайды

Создание аккаунтов на серверах -- Инструкция 1, Инструкция 2, Таблица

2 15.09

Методы секвенирования ДНК -- видео, слайды

Введение в github и Google colab
3 22.09

Сборка генома (Артем Касьянов) -- видео, слайды

ДЗ1 Сборка генома (Дмитрий Меньщиков) -- видео, задание

4 29.09

Алгоритмы предсказания генов -- видео, слайды

Разбор домашнего задания 1 -- видео, слайды

5 06.10

Аннотация функций генов -- видео, слайды

ДЗ2 Аннотация генома (Иван Геворков) -- видео, тетрадка, задание

6 13.10

Сдвиг рамки считывания -- видео, слайды

Подготовка к домашнему заданию 3 (Егор Фурсов) -- видео, тетрадка

7 20.10

Генная инженерия (Анатолий Зубрицкий) -- видео, слайды

ДЗ3 Предсказание генов (Дмитрий Бушнев) -- видео, тетрадка, задание

27.10 Сессия
8 03.11

Геном человека и некодирующие РНК -- видео, слайды

Повторы в геноме человека (Дмитрий Коновалов) -- видео, тетрадка

9 10.11

Введение в РНК-сек (Анатолий Зубрицкий) -- видео, слайды

ДЗ4 РНК-сек (Дмитрий Бушнев) -- видео, задание

17.11 -
10 24.11

Анализ данных РНК-сек -- видео, слайды

Анализ данных РНК-сек -- видео, слайды

11 01.12 Проверочная работа по теме РНК-сек

ДЗ5 single cell РНК-сек (Егор Фурсов) -- видео, слайды, задание

12 08.12

Секвенирование отдельных клеток (Анатолий Зубрицкий) -- слайды

GWAS и популяционная генетика
13 15.12

Развитие жизни на Земле -- слайды

Разбор оценок за все ДЗ
14 22.12 Экзамен
Источник — «http://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=Майнор_Биоинформатика_2_год_2022/23&oldid=75600»