Майнор Биоинформатика 2 год 2022/23 — различия между версиями

Материал из Wiki - Факультет компьютерных наук
Перейти к: навигация, поиск
м (→‎Лекции и семинары)
м (→‎Лекции и семинары)
Строка 64: Строка 64:
 
|| TBA
 
|| TBA
 
|| TBA
 
|| TBA
 +
|-
 +
|
 +
|| 30.03
 +
|colspan="2" style="text-align: center;"| Сессия
 
|-
 
|-
 
| 10
 
| 10
Строка 82: Строка 86:
 
| 13
 
| 13
 
|| 27.04
 
|| 27.04
 +
|| TBA
 +
|| TBA
 +
|-
 +
|
 +
|| 04.05
 +
|colspan="2" style="text-align: center;"| Майские праздники
 +
|-
 +
| 14
 +
|| 11.05
 +
|| TBA
 +
|| TBA
 +
|-
 +
| 15
 +
|| 18.05
 +
|| TBA
 +
|| TBA
 +
|-
 +
| 16
 +
|| 25.05
 +
|| TBA
 +
|| TBA
 +
|-
 +
| 17
 +
|| 01.06
 
|| TBA
 
|| TBA
 
|| TBA
 
|| TBA

Версия 22:01, 16 января 2023

Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику

Формула расчет оценки

Накоп = Округление(0.5*ДЗ  +  0.5*ПРОЕКТ), где
ДЗ = (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4)/4
ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть

Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

Лекции и семинары

# Дата Лекция (11:10 - 12:30) Семинар (12:40 - 14:00)
1 19.01

Введение в эпигеномику

Формат .bed и утилита bedtools

2 26.01 TBA TBA
3 02.02 TBA TBA
4 09.02 TBA TBA
5 16.02 TBA TBA
23.02 Выходной (день защитника Отечества)
6 02.03 TBA TBA
7 09.03 TBA TBA
8 16.03 TBA TBA
9 23.03 TBA TBA
30.03 Сессия
10 06.04 TBA TBA
11 13.04 TBA TBA
12 20.04 TBA TBA
13 27.04 TBA TBA
04.05 Майские праздники
14 11.05 TBA TBA
15 18.05 TBA TBA
16 25.05 TBA TBA
17 01.06 TBA TBA
хх 08.06 Защита проекта группами
хх 15.06 Экзамен

Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования

Формула расчет оценки

Накоп = Округление( (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)/6 )
Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

Лекции и семинары

Записи всех лекций и семинаров

# Дата Лекция (11:10 - 12:30) Семинар (12:40 - 14:00)
1 08.09

Введение в молекулярную биологию -- видео, слайды

Создание аккаунтов на серверах -- Инструкция 1, Инструкция 2, Таблица

2 15.09

Методы секвенирования ДНК -- видео, слайды

Введение в github и Google colab
3 22.09

Сборка генома (Артем Касьянов) -- видео, слайды

ДЗ1 Сборка генома (Дмитрий Меньщиков) -- видео, задание

4 29.09

Алгоритмы предсказания генов -- видео, слайды

Разбор домашнего задания 1 -- видео, слайды

5 06.10

Аннотация функций генов -- видео, слайды

ДЗ2 Аннотация генома (Иван Геворков) -- видео, тетрадка, задание

6 13.10

Сдвиг рамки считывания -- видео, слайды

Подготовка к домашнему заданию 3 (Егор Фурсов) -- видео, тетрадка

7 20.10

Генная инженерия (Анатолий Зубрицкий) -- видео, слайды

ДЗ3 Предсказание генов (Дмитрий Бушнев) -- видео, тетрадка, задание

27.10 Сессия
8 03.11

Геном человека и некодирующие РНК -- видео, слайды

Повторы в геноме человека (Дмитрий Коновалов) -- видео, тетрадка

9 10.11

Введение в РНК-сек (Анатолий Зубрицкий) -- видео, слайды

ДЗ4 РНК-сек (Дмитрий Бушнев) -- видео, задание

17.11 -
10 24.11

Анализ данных РНК-сек -- видео, слайды

Анализ данных РНК-сек -- видео, слайды

11 01.12 Проверочная работа по теме РНК-сек

ДЗ5 single cell РНК-сек (Егор Фурсов) -- видео, слайды, задание

12 08.12

Секвенирование отдельных клеток (Анатолий Зубрицкий) -- слайды

GWAS и популяционная генетика
13 15.12

Развитие жизни на Земле -- слайды

Разбор оценок за все ДЗ
14 22.12 Экзамен
Источник — «http://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=Майнор_Биоинформатика_2_год_2022/23&oldid=75597»