Майнор Биоинформатика 2 год 2022/23 — различия между версиями
Материал из Wiki - Факультет компьютерных наук
м (→Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику) |
м (→Лекции и семинары) |
||
Строка 10: | Строка 10: | ||
=== Лекции и семинары === | === Лекции и семинары === | ||
+ | {| class="wikitable" | ||
+ | |- | ||
+ | ! # !! Дата !! Лекция (11:10 - 12:30) !! Семинар (12:40 - 14:00) | ||
+ | |- | ||
+ | | 1 | ||
+ | || 19.01 | ||
+ | || | ||
+ | Введение в эпигеномику | ||
+ | || | ||
+ | Формат .bed и утилита bedtools | ||
+ | |- | ||
+ | | 2 | ||
+ | || 26.01 | ||
+ | || TBA | ||
+ | || TBA | ||
+ | |- | ||
+ | | 3 | ||
+ | || 02.02 | ||
+ | || TBA | ||
+ | || TBA | ||
+ | |- | ||
+ | | 4 | ||
+ | || 09.02 | ||
+ | || TBA | ||
+ | || TBA | ||
+ | |- | ||
+ | | 5 | ||
+ | || 16.02 | ||
+ | || TBA | ||
+ | || TBA | ||
+ | |- | ||
+ | | 6 | ||
+ | || 02.03 | ||
+ | || TBA | ||
+ | || TBA | ||
+ | |- | ||
+ | | 7 | ||
+ | || 09.03 | ||
+ | || TBA | ||
+ | || TBA | ||
+ | |- | ||
+ | | 8 | ||
+ | || 16.03 | ||
+ | || TBA | ||
+ | || TBA | ||
+ | |- | ||
+ | | 9 | ||
+ | || 23.03 | ||
+ | || TBA | ||
+ | || TBA | ||
+ | |- | ||
+ | | 10 | ||
+ | || 06.04 | ||
+ | || TBA | ||
+ | || TBA | ||
+ | |- | ||
+ | | 11 | ||
+ | || 13.04 | ||
+ | || TBA | ||
+ | || TBA | ||
+ | |- | ||
+ | | 12 | ||
+ | || 20.04 | ||
+ | || TBA | ||
+ | || TBA | ||
+ | |- | ||
+ | | 13 | ||
+ | || 27.04 | ||
+ | || TBA | ||
+ | || TBA | ||
+ | |- | ||
+ | |} | ||
== Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования == | == Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования == |
Версия 21:47, 16 января 2023
Содержание
Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику
Формула расчет оценки
Накоп = Округление(0.5* + 0.5*ПРОЕКТ) ДЗ = (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4)/4 ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть Если Накоп >=6, то студент может получить Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен. В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
Лекции и семинары
# | Дата | Лекция (11:10 - 12:30) | Семинар (12:40 - 14:00) |
---|---|---|---|
1 | 19.01 |
Введение в эпигеномику |
Формат .bed и утилита bedtools |
2 | 26.01 | TBA | TBA |
3 | 02.02 | TBA | TBA |
4 | 09.02 | TBA | TBA |
5 | 16.02 | TBA | TBA |
6 | 02.03 | TBA | TBA |
7 | 09.03 | TBA | TBA |
8 | 16.03 | TBA | TBA |
9 | 23.03 | TBA | TBA |
10 | 06.04 | TBA | TBA |
11 | 13.04 | TBA | TBA |
12 | 20.04 | TBA | TBA |
13 | 27.04 | TBA | TBA |
Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования
Формула расчет оценки
Накоп = Округление( (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)/6 ) Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен. В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
Лекции и семинары
Записи всех лекций и семинаров
# | Дата | Лекция (11:10 - 12:30) | Семинар (12:40 - 14:00) |
---|---|---|---|
1 | 08.09 |
Создание аккаунтов на серверах -- Инструкция 1, Инструкция 2, Таблица | |
2 | 15.09 | Введение в github и Google colab | |
3 | 22.09 | ||
4 | 29.09 | ||
5 | 06.10 |
ДЗ2 Аннотация генома (Иван Геворков) -- видео, тетрадка, задание | |
6 | 13.10 |
Подготовка к домашнему заданию 3 (Егор Фурсов) -- видео, тетрадка | |
7 | 20.10 |
ДЗ3 Предсказание генов (Дмитрий Бушнев) -- видео, тетрадка, задание | |
27.10 | Сессия | ||
8 | 03.11 |
Повторы в геноме человека (Дмитрий Коновалов) -- видео, тетрадка | |
9 | 10.11 | ||
17.11 | - | ||
10 | 24.11 | ||
11 | 01.12 | Проверочная работа по теме РНК-сек |
ДЗ5 single cell РНК-сек (Егор Фурсов) -- видео, слайды, задание |
12 | 08.12 |
Секвенирование отдельных клеток (Анатолий Зубрицкий) -- слайды |
GWAS и популяционная генетика |
13 | 15.12 |
Развитие жизни на Земле -- слайды |
Разбор оценок за все ДЗ |
14 | 22.12 | Экзамен |