Майнор Биоинформатика 2 год 2021/22 — различия между версиями
Материал из Wiki - Факультет компьютерных наук
(→Лекции и семинары) |
(→Лекции и семинары) |
||
| Строка 55: | Строка 55: | ||
*** Оригинальная статья: [https://drive.google.com/file/d/1uftwCcvl1lW4sAVPvka0JFIr5A9kLbF6/view?usp=sharing Ernst and Kellis, 2010] ([https://drive.google.com/file/d/1IpAnwt87zd_BDBHR1OegFKyPSonJdTvY/view?usp=sharing доп. материалы]) | *** Оригинальная статья: [https://drive.google.com/file/d/1uftwCcvl1lW4sAVPvka0JFIr5A9kLbF6/view?usp=sharing Ernst and Kellis, 2010] ([https://drive.google.com/file/d/1IpAnwt87zd_BDBHR1OegFKyPSonJdTvY/view?usp=sharing доп. материалы]) | ||
*** [https://drive.google.com/file/d/13arbMnbZ0Cgpj_vD-Aq2KtBjPQyoNFgR/view?usp=sharing Manual], [https://drive.google.com/file/d/1HkinpVOt0mZiYvICZiIz7i9YgnlSLYXJ/view?usp=sharing Tutorial] | *** [https://drive.google.com/file/d/13arbMnbZ0Cgpj_vD-Aq2KtBjPQyoNFgR/view?usp=sharing Manual], [https://drive.google.com/file/d/1HkinpVOt0mZiYvICZiIz7i9YgnlSLYXJ/view?usp=sharing Tutorial] | ||
| − | *** [https://youtu.be/qaalIf6bn1k?t=3679 Запись лекции автора ChromHMM | + | *** [https://youtu.be/qaalIf6bn1k?t=3679 Запись лекции автора ChromHMM Манолиса Келлиса из MIT] |
* Занятие 8: | * Занятие 8: | ||
** [https://youtu.be/cZdfKDz-rWE Видео лекции] | ** [https://youtu.be/cZdfKDz-rWE Видео лекции] | ||
Версия 13:07, 24 марта 2022
Содержание
Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования
Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику
Формула расчет оценки
Накоп = Округление(0.5*(ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4)/4 + 0.5*ПРОЕКТ) Если Накоп >=6, то студент может получить Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен. В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
Домашние задания
- Домашнее задание 1 - Метилирование ДНК
- Вопросы по ДЗ и его проверке -- Мурад Омаров
- Домашнее задание 2 - Модификации гистонов
- Вопросы по ДЗ и его проверке -- Марк Гарницкий
- Домашнее задание 3 - ChromHMM
- Вопросы по ДЗ и его проверке -- Елена Зеленова
Лекции и семинары
- Занятие 1:
- Видео лекции и семинара
- Лекция Введение в эпигеномику: слайды
- Семинар Формат .bed и утилита bedtools: слайды | Google Colab ноутбук
- Занятие 2:
- Видео лекции и семинара
- Лекция Метилирование ДНК (введение): слайды
- Семинар Метилирование ДНК (рассказ про ДЗ-1, Мурад Омаров)
- Занятие 3:
- Видео лекции и семинара
- Лекция Методы определения метилирования ДНК: слайды
- Семинар Анализ частоты CpG: Google colab
- Занятие 4:
- Видео лекции и семинара
- Лекция Модификации гистонов (введение), проект ENCODE: слайды
- Семинар Модификации гистонов (рассказ про ДЗ-2, Марк Гарницкий)
- Занятие 5:
- Видео лекции и семинара
- Лекция Детали ChIP-seq -- получение антител, контроль и визуализация данных: слайды
- Семинар NSG-plot (бонусное задание к ДЗ-2, Марк Гарницкий)
- Занятие 6:
- Видео лекции
- Лекция Доступность хроматина (DNAse-seq и ATAC-seq): слайды
- Занятие 7:
- Видео лекции и семинара
- Лекция ChromHMM: слайды
- Семинар ChromHMM (домашнее задание № 3, Елена Зеленова)
- Дополнительная информацию по алгоритму ChromHMM:
- Оригинальная статья: Ernst and Kellis, 2010 (доп. материалы)
- Manual, Tutorial
- Запись лекции автора ChromHMM Манолиса Келлиса из MIT
- Занятие 8:
- Видео лекции
- Лекция Одноклеточное секвенирование - scRNA-seq: слайды
- Занятие 9:
- Лекция Одноклеточное секвенирование - эпигеномика: слайды
