Майнор Биоинформатика 2 год 2021/22 — различия между версиями
Материал из Wiki - Факультет компьютерных наук
(→Домашние задания) |
(→Лекции и семинары) |
||
| Строка 49: | Строка 49: | ||
** Лекция '''Доступность хроматина (DNAse-seq и ATAC-seq)''': [https://drive.google.com/file/d/1b3BtMKFEakvtf_php88q9GGWlu1TTjEM/view?usp=sharing слайды] | ** Лекция '''Доступность хроматина (DNAse-seq и ATAC-seq)''': [https://drive.google.com/file/d/1b3BtMKFEakvtf_php88q9GGWlu1TTjEM/view?usp=sharing слайды] | ||
* Занятие 7: | * Занятие 7: | ||
| + | ** [https://youtu.be/Gn0FNATr9Lk Видео лекции и семинара] | ||
** Лекция '''ChromHMM''': [https://drive.google.com/file/d/1ce2B12d6XHiDw-SIxSbrA0PGc5cQ1_xH/view?usp=sharing слайды] | ** Лекция '''ChromHMM''': [https://drive.google.com/file/d/1ce2B12d6XHiDw-SIxSbrA0PGc5cQ1_xH/view?usp=sharing слайды] | ||
** Семинар '''ChromHMM (домашнее задание № 3, Елена Зеленова)''' | ** Семинар '''ChromHMM (домашнее задание № 3, Елена Зеленова)''' | ||
| + | * Занятие 8: | ||
| + | ** Лекция '''Одноклеточное секвенирование (scRNA-seq)''': [https://drive.google.com/file/d/1enSPQ0fWlHQSRNXdFNCV7Xf2ec29xeJZ/view?usp=sharing слайды] | ||
Версия 15:54, 17 марта 2022
Содержание
Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования
Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику
Формула расчет оценки
Накоп = Округление(0.5*(ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4)/4 + 0.5*ПРОЕКТ) Если Накоп >=6, то студент может получить Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен. В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
Домашние задания
- Домашнее задание 1 - Метилирование ДНК
- Вопросы по ДЗ и его проверке -- Мурад Омаров
- Домашнее задание 2 - Модификации гистонов
- Вопросы по ДЗ и его проверке -- Марк Гарницкий
- Домашнее задание 3 - ChromHMM
- Вопросы по ДЗ и его проверке -- Елена Зеленова
Лекции и семинары
- Занятие 1:
- Видео лекции и семинара
- Лекция Введение в эпигеномику: слайды
- Семинар Формат .bed и утилита bedtools: слайды | Google Colab ноутбук
- Занятие 2:
- Видео лекции и семинара
- Лекция Метилирование ДНК (введение): слайды
- Семинар Метилирование ДНК (рассказ про ДЗ-1, Мурад Омаров)
- Занятие 3:
- Видео лекции и семинара
- Лекция Методы определения метилирования ДНК: слайды
- Семинар Анализ частоты CpG: Google colab
- Занятие 4:
- Видео лекции и семинара
- Лекция Модификации гистонов (введение), проект ENCODE: слайды
- Семинар Модификации гистонов (рассказ про ДЗ-2, Марк Гарницкий)
- Занятие 5:
- Видео лекции и семинара
- Лекция Детали ChIP-seq -- получение антител, контроль и визуализация данных: слайды
- Семинар NSG-plot (бонусное задание к ДЗ-2, Марк Гарницкий)
- Занятие 6:
- Видео лекции
- Лекция Доступность хроматина (DNAse-seq и ATAC-seq): слайды
- Занятие 7:
- Видео лекции и семинара
- Лекция ChromHMM: слайды
- Семинар ChromHMM (домашнее задание № 3, Елена Зеленова)
- Занятие 8:
- Лекция Одноклеточное секвенирование (scRNA-seq): слайды
