Майнор Биоинформатика 2 год 2021/22 — различия между версиями
Материал из Wiki - Факультет компьютерных наук
(→Лекции и семинары) |
(→Домашние задания) |
||
Строка 18: | Строка 18: | ||
=== Домашние задания === | === Домашние задания === | ||
* [https://docs.google.com/document/d/1igEZMUzpndO9n5V0lYjWedxZ0zMDVLbB8XoEiasEK5w/edit Домашнее задание 1 - Метилирование ДНК] | * [https://docs.google.com/document/d/1igEZMUzpndO9n5V0lYjWedxZ0zMDVLbB8XoEiasEK5w/edit Домашнее задание 1 - Метилирование ДНК] | ||
− | ** Вопросы по ДЗ и его проверке -- '''[https://t.me/Murad_Omar | + | ** Вопросы по ДЗ и его проверке -- '''[https://t.me/Murad_Omar Мурад Омаров]''' |
* [https://docs.google.com/document/d/1bPVShA20DJureQI5SPLIb8_Ls3vTnrX46WunIZkpgFk/edit Домашнее задание 2 - Модификации гистонов] | * [https://docs.google.com/document/d/1bPVShA20DJureQI5SPLIb8_Ls3vTnrX46WunIZkpgFk/edit Домашнее задание 2 - Модификации гистонов] | ||
− | ** Вопросы по ДЗ и его проверке -- '''[https://t.me/markmitt | + | ** Вопросы по ДЗ и его проверке -- '''[https://t.me/markmitt Марк Гарницкий]''' |
+ | * [https://docs.google.com/document/d/1Kq3_L6URKQy5O2hg6qmfKQVgOm7fayuZ-BZsdQ7LCA4/edit Домашнее задание 3 - ChromHMM] | ||
+ | ** Вопросы по ДЗ и его проверке -- '''[https://t.me/zelenea Елена Зеленова]''' | ||
=== Лекции и семинары === | === Лекции и семинары === |
Версия 12:39, 10 марта 2022
Содержание
Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования
Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику
Формула расчет оценки
Накоп = Округление(0.5*(ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4)/4 + 0.5*ПРОЕКТ) Если Накоп >=6, то студент может получить Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен. В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
Домашние задания
- Домашнее задание 1 - Метилирование ДНК
- Вопросы по ДЗ и его проверке -- Мурад Омаров
- Домашнее задание 2 - Модификации гистонов
- Вопросы по ДЗ и его проверке -- Марк Гарницкий
- Домашнее задание 3 - ChromHMM
- Вопросы по ДЗ и его проверке -- Елена Зеленова
Лекции и семинары
- Занятие 1:
- Видео лекции и семинара
- Лекция Введение в эпигеномику: слайды
- Семинар Формат .bed и утилита bedtools: слайды | Google Colab ноутбук
- Занятие 2:
- Видео лекции и семинара
- Лекция Метилирование ДНК (введение): слайды
- Семинар Метилирование ДНК (рассказ про ДЗ-1, Мурад Омаров)
- Занятие 3:
- Видео лекции и семинара
- Лекция Методы определения метилирования ДНК: слайды
- Семинар Анализ частоты CpG: Google colab
- Занятие 4:
- Видео лекции и семинара
- Лекция Модификации гистонов (введение), проект ENCODE: слайды
- Семинар Модификации гистонов (рассказ про ДЗ-2, Марк Гарницкий)
- Занятие 5:
- Видео лекции и семинара
- Лекция Детали ChIP-seq -- получение антител, контроль и визуализация данных: слайды
- Семинар NSG-plot (бонусное задание к ДЗ-2, Марк Гарницкий)
- Занятие 6:
- Видео лекции
- Лекция Доступность хроматина (DNAse-seq и ATAC-seq): слайды
- Занятие 7:
- Лекция ChromHMM: слайды
- Семинар ChromHMM (домашнее задание № 3, Елена Зеленова)