Майнор Биоинформатика 2 год 2021/22 — различия между версиями
Материал из Wiki - Факультет компьютерных наук
(→Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику) |
(→Лекции и семинары) |
||
| Строка 36: | Строка 36: | ||
** Семинар '''Анализ частоты CpG''': [https://colab.research.google.com/drive/1qlZ6LCmrzVPItzMGCEgVc8OqfB6p2742#scrollTo=G-2YPdmFQoLo Google colab] | ** Семинар '''Анализ частоты CpG''': [https://colab.research.google.com/drive/1qlZ6LCmrzVPItzMGCEgVc8OqfB6p2742#scrollTo=G-2YPdmFQoLo Google colab] | ||
* Занятие 4: | * Занятие 4: | ||
| − | ** Лекция '''Модификации гистонов (введение)''': [https://drive.google.com/file/d/1TfKWkSw58-bmN7ISU7qDZJKmLaCPV1GE/view?usp=sharing слайды] | + | ** [https://www.youtube.com/watch?v=lZlLCxZ5A0o Видео лекции и семинара] |
| − | ** Семинар '''Модификации гистонов (рассказ про ДЗ-2, Марк Гарницкий)''': | + | ** Лекция '''Модификации гистонов (введение), проект ENCODE''': [https://drive.google.com/file/d/1TfKWkSw58-bmN7ISU7qDZJKmLaCPV1GE/view?usp=sharing слайды] |
| + | ** Семинар '''Модификации гистонов (рассказ про ДЗ-2, Марк Гарницкий)''' | ||
| + | * Занятие 5: | ||
| + | ** [https://youtu.be/KSprBrOW1z0 Видео лекции и семинара] | ||
| + | ** Лекция '''Детали ChIP-seq - получение антител и контрольный эксперимент''': [https://drive.google.com/file/d/1b3BtMKFEakvtf_php88q9GGWlu1TTjEM/view?usp=sharing слайды] | ||
| + | ** Семинар '''NSG-plot (бонусное задание к ДЗ-2, Марк Гарницкий)''' | ||
Версия 12:39, 3 марта 2022
Содержание
Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования
Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику
Формула расчет оценки
Накоп = Округление(0.5*(ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4)/4 + 0.5*ПРОЕКТ) Если Накоп >=6, то студент может получить Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен. В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
Домашние задания
- Домашнее задание 1 - Метилирование ДНК
- Вопросы по ДЗ и его проверке -- @Murad_Omar (Мурад Омаров)
- Домашнее задание 2 - Модификации гистонов
- Вопросы по ДЗ и его проверке -- @markmitt (Марк Гарницкий)
Лекции и семинары
- Занятие 1:
- Видео лекции и семинара
- Лекция Введение в эпигеномику: слайды
- Семинар Формат .bed и утилита bedtools: слайды | Google Colab ноутбук
- Занятие 2:
- Видео лекции и семинара
- Лекция Метилирование ДНК (введение): слайды
- Семинар Метилирование ДНК (рассказ про ДЗ-1, Мурад Омаров)
- Занятие 3:
- Видео лекции и семинара
- Лекция Методы определения метилирования ДНК: слайды
- Семинар Анализ частоты CpG: Google colab
- Занятие 4:
- Видео лекции и семинара
- Лекция Модификации гистонов (введение), проект ENCODE: слайды
- Семинар Модификации гистонов (рассказ про ДЗ-2, Марк Гарницкий)
- Занятие 5:
- Видео лекции и семинара
- Лекция Детали ChIP-seq - получение антител и контрольный эксперимент: слайды
- Семинар NSG-plot (бонусное задание к ДЗ-2, Марк Гарницкий)
