MinorBioinformatics — различия между версиями
Mpoptsova (обсуждение | вклад) |
Mpoptsova (обсуждение | вклад) |
||
| Строка 27: | Строка 27: | ||
'''Лекция 5.''' Множественное выравнивание. Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Методы расстояний. Метод UPGMA. .<br /> | '''Лекция 5.''' Множественное выравнивание. Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Методы расстояний. Метод UPGMA. .<br /> | ||
[https://drive.google.com/open?id=1-bIo6JuF0MRyM7mt4T-n-vZVk2rObyEP презентация] | [https://drive.google.com/open?id=1-bIo6JuF0MRyM7mt4T-n-vZVk2rObyEP презентация] | ||
| + | |||
| + | '''Лекция 6.''' Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Метод ближайшего соседа (NJ). Метод максимальной бережливости. Метод максимального правдоподобия. Бутсрэп-оценка построенного дерева.<br /> | ||
| + | [https://drive.google.com/open?id=11J9VgXcfl5bHq20oGzkybUNhjhSUtgye презентация] | ||
| + | |||
| + | Лекция 7. Гомологи, ортологи и паралоги. Методы автоматического поиска ортологов. Поиск горизонтально перенесенных генов. Белки и базы данных белков. Genbank, Uniprot, PDB.<br /> | ||
| + | [https://drive.google.com/open?id=1mxx1aYBJ68GQjLc7ZmedyB-R_0xTOJWW презентация] | ||
| + | |||
Версия 09:56, 16 октября 2019
Часть 1. Элементарная геномика (модули 1-2)
В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.
В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.
Лекции
Лекция 1. Введение. Основы молекулярной биологии.
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код.
презентация
Лекция 2. Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы.
Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры.
презентация
Лекция 3. Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания.
презентация
Лекция 4. Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование.
презентация
Лекция 5. Множественное выравнивание. Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Методы расстояний. Метод UPGMA. .
презентация
Лекция 6. Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Метод ближайшего соседа (NJ). Метод максимальной бережливости. Метод максимального правдоподобия. Бутсрэп-оценка построенного дерева.
презентация
Лекция 7. Гомологи, ортологи и паралоги. Методы автоматического поиска ортологов. Поиск горизонтально перенесенных генов. Белки и базы данных белков. Genbank, Uniprot, PDB.
презентация
Семинары
Семинар 1. Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Bash-скрипты.
содержание данные
Семинар 2 Базы данных геномов бактерий, человека и разных видов. Файлы аннотации геномов генами. Стренды. Геномный браузер UCSC.
содержание данные
Семинар 3. Программа BLAST. Поиск схожих последовательностей. Определение последовательностей из метагеномного исследования с помощью BLAST.
содержание данные
Семинар 4. Введение в биопитон.
Питоновский ноутбук.
Семинар 5. Программы ClustalW, Muscle, TCoffee, Mega. Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA).
содержание данные
Семинар 6. Филогенетика. Интеины. Определение горизонтально перенесенных генов. Определение ортологов и паралогов по филогенетическим деревьям.
содержание данные
