MinorBioinformatics — различия между версиями
Mpoptsova (обсуждение | вклад) |
Mpoptsova (обсуждение | вклад) |
||
| Строка 21: | Строка 21: | ||
'''Лекция 3.''' Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания.<br /> | '''Лекция 3.''' Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания.<br /> | ||
[https://drive.google.com/open?id=16fp0ihbVnmlo7LJ-D2HZqcOfBmNacy_J презентация] | [https://drive.google.com/open?id=16fp0ihbVnmlo7LJ-D2HZqcOfBmNacy_J презентация] | ||
| + | |||
| + | '''Лекция 4.''' Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование. | ||
| Строка 34: | Строка 36: | ||
'''Семинар 3.''' Программа BLAST. Поиск схожих последовательностей. Определение последовательностей из метагеномного исследования с помощью BLAST.<br /> | '''Семинар 3.''' Программа BLAST. Поиск схожих последовательностей. Определение последовательностей из метагеномного исследования с помощью BLAST.<br /> | ||
[https://drive.google.com/open?id=1TjvX5LxOhGapzE5S4qxwY9iQt08C0-nU содержание] [https://drive.google.com/open?id=1mb7ocLgqKh3OzKGIPGyQthF8gZWw0nqZ данные] | [https://drive.google.com/open?id=1TjvX5LxOhGapzE5S4qxwY9iQt08C0-nU содержание] [https://drive.google.com/open?id=1mb7ocLgqKh3OzKGIPGyQthF8gZWw0nqZ данные] | ||
| + | |||
| + | '''Семинар 4.''' Программы ClustalW, Muscle, TCoffee, Mega. Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). | ||
| + | [https://drive.google.com/open?id=1bY4J5Npzg-2rbrVMxTrIgN-TW1gmOPJb содержание] [https://drive.google.com/open?id=1w9RSxKftMDGFF6OqAQhE1dPpIEzA9pLU данные] | ||
Версия 19:15, 24 сентября 2019
Часть 1. Элементарная геномика (модули 1-2)
В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.
В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.
Лекции
Лекция 1. Введение. Основы молекулярной биологии.
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код.
презентация
Лекция 2. Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы.
Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры.
презентация
Лекция 3. Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания.
презентация
Лекция 4. Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование.
Семинары
Семинар 1. Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Bash-скрипты.
содержание данные
Семинар 2 Базы данных геномов бактерий, человека и разных видов. Файлы аннотации геномов генами. Стренды. Геномный браузер UCSC.
содержание данные
Семинар 3. Программа BLAST. Поиск схожих последовательностей. Определение последовательностей из метагеномного исследования с помощью BLAST.
содержание данные
Семинар 4. Программы ClustalW, Muscle, TCoffee, Mega. Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). содержание данные
