Факультатив Биоинформатика 2015 — различия между версиями
Ignat (обсуждение | вклад) (Первая версия страницы) |
Ignat (обсуждение | вклад) (Дописал критерии оценок) |
||
| Строка 14: | Строка 14: | ||
1. Введение в молекулярну биолгию (Мендель, белки) | 1. Введение в молекулярну биолгию (Мендель, белки) | ||
| + | |||
2. Секвенирование. Секвенаторы. Сборка de novo, сборка выравниванием. | 2. Секвенирование. Секвенаторы. Сборка de novo, сборка выравниванием. | ||
| + | |||
3. Базы данных геномов. Последовательности ДНК. Геномный контекст. Выравнивания нуклеотидных последовательностей. BLAST. | 3. Базы данных геномов. Последовательности ДНК. Геномный контекст. Выравнивания нуклеотидных последовательностей. BLAST. | ||
| + | |||
4. Сравнительная геномика. Филогения, аннотация. | 4. Сравнительная геномика. Филогения, аннотация. | ||
| + | |||
5. Экспрессия генов. Сплайсинг. Секвенирование РНК. Дифференциальная экспрессия. | 5. Экспрессия генов. Сплайсинг. Секвенирование РНК. Дифференциальная экспрессия. | ||
| + | |||
6. Трансляция белков. Базы данных белков (Uniprot, PDB). Белковые выравнивания и фолдинг белков. | 6. Трансляция белков. Базы данных белков (Uniprot, PDB). Белковые выравнивания и фолдинг белков. | ||
| + | |||
7. Молекулярные механизмы работы лекарств. Процесс разработки лекарств. Скрининг. Докинг. | 7. Молекулярные механизмы работы лекарств. Процесс разработки лекарств. Скрининг. Докинг. | ||
| + | |||
8. Полиморфизмы. Базы данных снипов. SNP-calling. Соотнесение со структурой. | 8. Полиморфизмы. Базы данных снипов. SNP-calling. Соотнесение со структурой. | ||
| + | |||
9. Работа лекарств в организме. Метаболические пути. Токсичность, утилизация. Метаболиты распада. | 9. Работа лекарств в организме. Метаболические пути. Токсичность, утилизация. Метаболиты распада. | ||
| + | |||
10. Популяционная медицина. Тестирование на пациентах. | 10. Популяционная медицина. Тестирование на пациентах. | ||
===Отчётность по курсу и критерии оценки=== | ===Отчётность по курсу и критерии оценки=== | ||
| + | В течении курса вам будет предложено выполнить 8-12 домашних заданий. Для получения зачета по курсу необходимо сделать 80% из всех домашних заданий. Все домашние задания будут иметь deadline-ы, после которых они приниматься не будут. | ||
| + | |||
| + | В случае, если вы сдадите хотя бы 50% домашних заданий, в конце семестра у вас будет возможность выбрать себе проект или статью, согласовать её с нами и в течении нескольких недель выполнить (проекта) или разобраться в статье. После чего статью/проект надо будет защитить. | ||
===Домашние задания === | ===Домашние задания === | ||
Версия 23:51, 23 сентября 2015
Это страница факультатива по биоинформатике, который читается на Факультете Компьютерных Наук в 1-2 модулях в 2015-2016 учебном году.
Проходит по вторникам в 301 аудитории в здании на Кончовском.
Лекторы и Семинаристы В. Степанова, А. Залевский, И. Колесниченко
Контакты: по всем вопросам можно писать на почту ignat1990@gmail.com
Содержание
Описание курса
Цель курса познакомиться с задачами, которыми занимается биоинформатика и изучать популярные инструменты для решения этих задач.
План курса следующий:
1. Введение в молекулярну биолгию (Мендель, белки)
2. Секвенирование. Секвенаторы. Сборка de novo, сборка выравниванием.
3. Базы данных геномов. Последовательности ДНК. Геномный контекст. Выравнивания нуклеотидных последовательностей. BLAST.
4. Сравнительная геномика. Филогения, аннотация.
5. Экспрессия генов. Сплайсинг. Секвенирование РНК. Дифференциальная экспрессия.
6. Трансляция белков. Базы данных белков (Uniprot, PDB). Белковые выравнивания и фолдинг белков.
7. Молекулярные механизмы работы лекарств. Процесс разработки лекарств. Скрининг. Докинг.
8. Полиморфизмы. Базы данных снипов. SNP-calling. Соотнесение со структурой.
9. Работа лекарств в организме. Метаболические пути. Токсичность, утилизация. Метаболиты распада.
10. Популяционная медицина. Тестирование на пациентах.
Отчётность по курсу и критерии оценки
В течении курса вам будет предложено выполнить 8-12 домашних заданий. Для получения зачета по курсу необходимо сделать 80% из всех домашних заданий. Все домашние задания будут иметь deadline-ы, после которых они приниматься не будут.
В случае, если вы сдадите хотя бы 50% домашних заданий, в конце семестра у вас будет возможность выбрать себе проект или статью, согласовать её с нами и в течении нескольких недель выполнить (проекта) или разобраться в статье. После чего статью/проект надо будет защитить.
Домашние задания
Здесь будут публиковаться домашние задания по курсу.
Лекции и семинары
Лекция 1. (15.09.2015)
Что такое биоинформатика. Внутреннее устройство эукариотической клетки.
Семинар 1. (15.09.2015)
Введение в LINUX: учились заходить на учебный сервер, решали несложную задачку по работе с файлами.
Лекция 2. (22.09.2015)
Подробное описание структуры ДНК, хроматина, хромосом. Описание механизма репликации ДНК.
Семинар 2. (22.09.2015)
Bash. Основные конструкции языка: строки, числа, циклы, if-ы. Полезные утилиты: grep, find, wc, tmux.
Рекомендуемая литература
Новости
В этом разделе публикуется текущая информация по курсу (переносы лекций, изменения в запланированной программе,...)
