Майнор Биоинформатика 2 год 2023/24 — различия между версиями
Материал из Wiki - Факультет компьютерных наук
м (→Лекции и семинары) |
м (→Лекции и семинары) |
||
| Строка 74: | Строка 74: | ||
|| 07.03 | || 07.03 | ||
|| | || | ||
| − | Одноклеточное секвенирование - эпигеномика [https://docs.google.com/presentation/d/14i4mFy8XXU5ituFH3sP_G88w-R9a68Va/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] | + | Одноклеточное секвенирование - эпигеномика [https://docs.google.com/presentation/d/14i4mFy8XXU5ituFH3sP_G88w-R9a68Va/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] [https://disk.yandex.ru/i/vAJZyLvL5H-7hA видео] |
|| | || | ||
Одноклеточное секвенирование - эпигеномика [https://docs.google.com/presentation/d/14i4mFy8XXU5ituFH3sP_G88w-R9a68Va/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] | Одноклеточное секвенирование - эпигеномика [https://docs.google.com/presentation/d/14i4mFy8XXU5ituFH3sP_G88w-R9a68Va/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] | ||
| Строка 81: | Строка 81: | ||
|| 14.03 | || 14.03 | ||
|| | || | ||
| − | Пространственная транскриптомика [https://docs.google.com/presentation/d/1135gwMgU25gXW7k03iEMpnfoJ_fC2ddu5_iMvOKwNeQ/edit?usp=sharing слайды] | + | Пространственная транскриптомика [https://docs.google.com/presentation/d/1135gwMgU25gXW7k03iEMpnfoJ_fC2ddu5_iMvOKwNeQ/edit?usp=sharing слайды] [https://disk.yandex.ru/i/A5n4fWjP1HmOoA видео] |
|| | || | ||
Работа с данными [https://colab.research.google.com/drive/1MCIsPeeqUvetNYOxjK9CS4k3iCppanz2?usp=sharing тетрадка] | Работа с данными [https://colab.research.google.com/drive/1MCIsPeeqUvetNYOxjK9CS4k3iCppanz2?usp=sharing тетрадка] | ||
| Строка 88: | Строка 88: | ||
|| 21.03 | || 21.03 | ||
|| | || | ||
| − | Введение в структуру хроматина [https://docs.google.com/presentation/d/10-dflNdf-u0Iv-yX9YcJ4VgHgdjQBQ5P/edit?usp=drive_link&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] | + | Введение в структуру хроматина [https://docs.google.com/presentation/d/10-dflNdf-u0Iv-yX9YcJ4VgHgdjQBQ5P/edit?usp=drive_link&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды][https://disk.yandex.ru/i/AKSSCRgd3OqvpA видео] |
|| | || | ||
higlass: [https://docs.google.com/presentation/d/10-dflNdf-u0Iv-yX9YcJ4VgHgdjQBQ5P/edit?usp=drive_link&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] | higlass: [https://docs.google.com/presentation/d/10-dflNdf-u0Iv-yX9YcJ4VgHgdjQBQ5P/edit?usp=drive_link&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] | ||
Версия 16:56, 1 апреля 2024
Содержание
Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику
Формула расчет оценки
Накоп = Округление(0.4*ДЗ + 0.4*ПРОЕКТ), где ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен. В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
Примерный план занятий
Лекции и семинары
| # | Дата | Лекция (11:10 - 12:30) | Семинар (12:40 - 14:00) | |
|---|---|---|---|---|
| 1 | 11.01 |
Формат .bed и утилита bedtools тетрадка | ||
| 2 | 18.01 | |||
| 3 | 25.01 |
Анализ частоты CpG тетрадка | ||
| 4 | 01.02 |
ДЗ-2 Модификации гистонов текст | ||
| 5 | 08.02 |
NSG-plot | ||
| 6 | 15.02 | |||
| 7 | 22.02 | miRNA, lncRNA, Xist. Инактивация X хромосомы. | miRNA, lncRNA, Xist. Инактивация X хромосомы. | |
| 8 | 29.02 |
ChromHMM слайды |
ДЗ-3 ChromHMM текст | |
| 9 | 07.03 |
Одноклеточное секвенирование - эпигеномика слайды | ||
| 10 | 14.03 |
Работа с данными тетрадка | ||
| 11 | 21.03 |
higlass: слайды | ||
| 12 | 04.04 |
3-dimensional genome (сhromatin conformation analysis) |
Работа с данными HiC | |
| 13 | 04.04 |
3-dimensional genome (часть 2) |
Cooltools. Cooler | |
| 13 | 11.04 |
Chromatin structure: feature calling |
Квиз | |
| 14 | 18.04 |
Проект (введение) |
- | |
| 15 | 25.04 |
Проект (выбор белков и организация в группы) |
- | |
| 16 | 16.05 |
Проект (вводные презентации групп) |
Инструкции для выполнения индивидуальной части проекта | |
| 17 | 23.05 |
Проект (вводные презентации групп 2) |
Проект (групповая часть) | |
| 18 | 30.05 | Защита проектов группами | ||
| 19 | 06.06 | Экзамен | ||
Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования
Формула расчет оценки
Накоп = Округление( (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)/6 ) Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен. В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
Лекции и семинары
| # | Дата | Лекция (11:10 - 12:30) | Семинар (12:40 - 14:00) |
|---|---|---|---|
| 1 | 07.09 |
Введение в молекулярную биологию презентация видео |
Создание аккаунтов на серверах инструкция |
| 2 | 14.09 | Введение в github и Google colab команды с занятия | |
| 3 | 21.09 |
ДЗ1 Сборка генома текст | |
| 4 | 28.09 |
Алгоритмы предсказания генов. Практика | |
| 5 | 05.10 |
ДЗ2 Аннотация генома | |
| 6 | 12.10 |
Семинар тетрадка | |
| 7 | 19.10 |
ДЗ3 Предсказание генов текст | |
| Сессия | |||
| 8 | 02.11 |
ДЗ4 РНК-сек текст | |
| 9 | 09.11 |
Анализ данных РНК-сек | |
| 11 | 16.11 |
ДЗ5 single cell РНК-сек текст | |
| 12 | 23.11 | Проверочная работа по теме РНК-сек | Разбор ДЗ5 single cell РНК-сек видео |
| 13 | 30.11 | GWAS видео слайды | GWAS видео слайды |
| 14 | 07.12 | Метагеномика. Лекция ссылка | Семинар |
| 15 | 14.12 | Заключение | Заключение. Дописывание квиза. |
| 16 | 21.12 | Экзамен | |
