Майнор Биоинформатика 2 год 2023/24 — различия между версиями
м (→Лекции и семинары) |
м (→Лекции и семинары) |
||
Строка 55: | Строка 55: | ||
|| 15.02 | || 15.02 | ||
|| | || | ||
− | Доступность хроматина (DNAse-seq и ATAC-seq) [https://docs.google.com/presentation/d/1CHjWdzeHJTYSb-LM5bmyg0nastwF_deJ/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] | + | Доступность хроматина (DNAse-seq и ATAC-seq) [https://docs.google.com/presentation/d/1CHjWdzeHJTYSb-LM5bmyg0nastwF_deJ/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] [https://youtu.be/BFDxSyHdzo8?si=EgmWyry_o2vL842P видео] |
|| | || | ||
− | Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy [https://colab.research.google.com/drive/1XFxzhKXOfLS3NgWzCxkvl4vPVr9AyazZ?usp=sharing тетрадка] | + | Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy [https://colab.research.google.com/drive/1XFxzhKXOfLS3NgWzCxkvl4vPVr9AyazZ?usp=sharing тетрадка] [https://disk.yandex.ru/i/r8YnixlTjj3qfg видео] |
|- | |- | ||
| 7 | | 7 | ||
Строка 74: | Строка 74: | ||
|| 07.03 | || 07.03 | ||
|| | || | ||
− | Одноклеточное секвенирование - эпигеномика | + | Одноклеточное секвенирование - эпигеномика [https://docs.google.com/presentation/d/14i4mFy8XXU5ituFH3sP_G88w-R9a68Va/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] |
− | + | ||
|| | || | ||
− | + | Одноклеточное секвенирование - эпигеномика [https://docs.google.com/presentation/d/14i4mFy8XXU5ituFH3sP_G88w-R9a68Va/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] | |
|- | |- | ||
| 10 | | 10 | ||
|| 14.03 | || 14.03 | ||
|| | || | ||
− | + | Пространственная транскриптомика [https://docs.google.com/presentation/d/1135gwMgU25gXW7k03iEMpnfoJ_fC2ddu5_iMvOKwNeQ/edit?usp=sharing слайды] | |
|| | || | ||
− | + | Работа с данными [https://colab.research.google.com/drive/1MCIsPeeqUvetNYOxjK9CS4k3iCppanz2?usp=sharing тетрадка] | |
|- | |- | ||
| 11 | | 11 | ||
− | || 21.04 | + | || 21.03 |
+ | || | ||
+ | Введение в структуру хроматина [https://docs.google.com/presentation/d/10-dflNdf-u0Iv-yX9YcJ4VgHgdjQBQ5P/edit?usp=drive_link&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] | ||
+ | || | ||
+ | higlass: [https://docs.google.com/presentation/d/10-dflNdf-u0Iv-yX9YcJ4VgHgdjQBQ5P/edit?usp=drive_link&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] | ||
+ | |- | ||
+ | | 12 | ||
+ | || 04.04 | ||
|| | || | ||
3-dimensional genome (сhromatin conformation analysis) | 3-dimensional genome (сhromatin conformation analysis) | ||
Строка 93: | Строка 99: | ||
Работа с данными HiC | Работа с данными HiC | ||
|- | |- | ||
− | | | + | | 13 |
|| 04.04 | || 04.04 | ||
|| | || |
Версия 10:19, 31 марта 2024
Содержание
Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику
Формула расчет оценки
Накоп = Округление(0.4*ДЗ + 0.4*ПРОЕКТ), где ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен. В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
Примерный план занятий
Лекции и семинары
# | Дата | Лекция (11:10 - 12:30) | Семинар (12:40 - 14:00) | |
---|---|---|---|---|
1 | 11.01 |
Формат .bed и утилита bedtools тетрадка | ||
2 | 18.01 | |||
3 | 25.01 |
Анализ частоты CpG тетрадка | ||
4 | 01.02 |
ДЗ-2 Модификации гистонов текст | ||
5 | 08.02 |
NSG-plot | ||
6 | 15.02 | |||
7 | 22.02 | miRNA, lncRNA, Xist. Инактивация X хромосомы. | miRNA, lncRNA, Xist. Инактивация X хромосомы. | |
8 | 29.02 |
ChromHMM слайды |
ДЗ-3 ChromHMM текст | |
9 | 07.03 |
Одноклеточное секвенирование - эпигеномика слайды |
Одноклеточное секвенирование - эпигеномика слайды | |
10 | 14.03 |
Пространственная транскриптомика слайды |
Работа с данными тетрадка | |
11 | 21.03 |
Введение в структуру хроматина слайды |
higlass: слайды | |
12 | 04.04 |
3-dimensional genome (сhromatin conformation analysis) |
Работа с данными HiC | |
13 | 04.04 |
3-dimensional genome (часть 2) |
Cooltools. Cooler | |
13 | 11.04 |
Chromatin structure: feature calling |
Квиз | |
14 | 18.04 |
Проект (введение) |
- | |
15 | 25.04 |
Проект (выбор белков и организация в группы) |
- | |
16 | 16.05 |
Проект (вводные презентации групп) |
Инструкции для выполнения индивидуальной части проекта | |
17 | 23.05 |
Проект (вводные презентации групп 2) |
Проект (групповая часть) | |
18 | 30.05 | Защита проектов группами | ||
19 | 06.06 | Экзамен |
Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования
Формула расчет оценки
Накоп = Округление( (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)/6 ) Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен. В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
Лекции и семинары
# | Дата | Лекция (11:10 - 12:30) | Семинар (12:40 - 14:00) |
---|---|---|---|
1 | 07.09 |
Введение в молекулярную биологию презентация видео |
Создание аккаунтов на серверах инструкция |
2 | 14.09 | Введение в github и Google colab команды с занятия | |
3 | 21.09 |
ДЗ1 Сборка генома текст | |
4 | 28.09 |
Алгоритмы предсказания генов. Практика | |
5 | 05.10 |
ДЗ2 Аннотация генома | |
6 | 12.10 |
Семинар тетрадка | |
7 | 19.10 |
ДЗ3 Предсказание генов текст | |
Сессия | |||
8 | 02.11 |
ДЗ4 РНК-сек текст | |
9 | 09.11 |
Анализ данных РНК-сек | |
11 | 16.11 |
ДЗ5 single cell РНК-сек текст | |
12 | 23.11 | Проверочная работа по теме РНК-сек | Разбор ДЗ5 single cell РНК-сек видео |
13 | 30.11 | GWAS видео слайды | GWAS видео слайды |
14 | 07.12 | Метагеномика. Лекция ссылка | Семинар |
15 | 14.12 | Заключение | Заключение. Дописывание квиза. |
16 | 21.12 | Экзамен |