Моделирование пространственной структуры РНК (проект) — различия между версиями
(→Какие начальные требования?) |
(→Какие будут использоваться технологии?) |
||
| Строка 24: | Строка 24: | ||
=== Какие будут использоваться технологии? === | === Какие будут использоваться технологии? === | ||
| − | + | * mercurial/git | |
| − | + | * Shell, Python | |
| − | + | * [http://www.gromacs.org GROMACS] | |
| − | + | * [http://www.pyrosetta.org/ PyRosetta] | |
| − | + | * [http://www.pymol.org PyMOL], [http://jmol.sourceforge.net Jmol] | |
| − | + | * [http://www.web2py.com/ Web2Py] | |
=== Темы вводных занятий === | === Темы вводных занятий === | ||
Версия 14:34, 30 ноября 2014
| Ментор | Залевский Артур |
| Учебный семестр | Весна 2015 |
| Учебный курс | 1-й курс |
Что это за проект?
Мы сформулировали и применили свой подход к реконструкции пространственной структуры РНК на основе данных о вторичной структуре и дополнительных дистанционных ограничений, который показал хорошие результаты при сравнении с полученными позже экспериментальными данными. После публикации статьи мы сделали веб-сервис, реализующий этот подход, однако он уже порядком устарел и мы хотели бы его существенно улучшить, как с точки зрения науки, так и качества реализации.
Чему вы научитесь?
- Познакомитесь с пространственными структурами различных биомолекул.
- Освоите некоторые методы молекулярного моделирования, применяемые в самых разных областях научного знания: от создания лекарств до разработки метаматериалов.
- Приобретете опыт по разработке веб-сервисов научной направленности.
Какие начальные требования?
- Желание разобраться в структурном многообразии нуклеиновых кислот.
- Развитое пространственное мышление и некоторое знакомство с линейной алгеброй.
- Базовые знания ОС GNU/Linux.
- Базовые знания Shell, Perl, Python.
Какие будут использоваться технологии?
Темы вводных занятий
- Нуклеиновые кислоты, связь структура - функция.
Направления развития
- Использовать возможности Nvidia CUDA для работы с линейной алгеброй
- Задокументировать и опубликовать весь код под одной из лицензий для СПО.
- Опубликовать статью о веб-сервисе в рецензируемом англоязычном журнале.
- Увеличить количество входных форматов файлов, обеспечить поддержку сырых экспериментальных данных.
- Принять участие в конкурсе по сравнению качества алгоритмов предсказания пространственной структуры нуклеиновых кислот.
Критерии оценки
4-5 Переработать существующий протопип, реализовать базовую функциональность бэкенда, реализовать минимальный фронтэнд.
6-7 Реализовать полноценные бэк- и фронтэнды, задокументировать код.
8-10 Опубликовать исходные коды под одной из лицензий для СПО. uuПринять участие в подготовке статьи к публикации.
