Майнор Биоинформатика 2 год 2024/25 — различия между версиями

Материал из Wiki - Факультет компьютерных наук
Перейти к: навигация, поиск
м (→‎Лекции и семинары)
м (→‎Лекции и семинары)
 
(не показано 8 промежуточных версии этого же участника)
Строка 4: Строка 4:
 
  Накоп = Округление(0.4*ДЗ  +  0.4*ПРОЕКТ), где
 
  Накоп = Округление(0.4*ДЗ  +  0.4*ПРОЕКТ), где
 
  ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть
 
  ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть
−
   
+
  ДЗ = (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ХР)/4
 +
ХР=(0.5*ДЗ4+0.5*квиз)
 
  Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
 
  Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
 
  В случае сдачи экзамена к оценке Накоп '''добавляется''' 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
 
  В случае сдачи экзамена к оценке Накоп '''добавляется''' 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
Строка 33: Строка 34:
 
Методы определения метилирования ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1APnZWEFZZIiAZQCbpmP6NOuyhsNdIMIK/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]  
 
Методы определения метилирования ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1APnZWEFZZIiAZQCbpmP6NOuyhsNdIMIK/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]  
 
||
 
||
−
'''ДЗ-1''' Метилирование ДНК [https://docs.google.com/document/d/1PpUvPFn1yhvFUM6D6-0q6HNvwHJwUzbW93yq-kLrZvM/edit?usp=sharing черновой текст итоговый вариант будет позднее, пока не выполняйте] [https://docs.google.com/presentation/d/1sLeI5insSQQF0WtiJcyGpO7Lr3Y_7Rxs/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
+
'''ДЗ-1''' Метилирование ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1sLeI5insSQQF0WtiJcyGpO7Lr3Y_7Rxs/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
 +
|-
 +
| 4
 +
|| 30.01
 +
||
 +
Модификации гистонов, проект ENCODE [https://docs.google.com/presentation/d/1t6q8UIaEgODyJP9ea8JdwnQW2DDFnweG/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
 +
||
 +
Структура гистонов в pymol. Знакомство с Encode.
 +
|-
 +
| 5
 +
|| 06.02
 +
||
 +
ChIP-seq [https://docs.google.com/presentation/d/116g77bvDtFEh1tf1nCGfB5UfjnFuPoOf/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
 +
||
 +
'''ДЗ-2''' Модификации гистонов
 +
|-
 +
| 5
 +
|| 13.02
 +
||
 +
Доступность хроматина (DNAse-seq и ATAC-seq) [https://docs.google.com/presentation/d/15op2dKfqtb9QW1zTm9867EIXLxp6cbNP/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
 +
||
 +
Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy [https://colab.research.google.com/drive/1XFxzhKXOfLS3NgWzCxkvl4vPVr9AyazZ?usp=sharing тетрадка]  
 +
|-
 +
| 7
 +
|| 20.02
 +
||
 +
ChromHMM [https://docs.google.com/presentation/d/1BBCi6WUBEdUS_1vky6UKGiKtM6d2kFlS9UEvpPPsQgE/edit?usp=sharing слайды]
 +
||
 +
'''ДЗ-3''' ChromHMM [https://docs.google.com/document/d/1G5T6NO4f769bvVnoGs7kOHdPIbO5NLHj9clu4E-95YE/edit?usp=sharing текст]
 +
|-
 +
| 9
 +
|| 27.02
 +
||
 +
Одноклеточное секвенирование - эпигеномика [https://docs.google.com/presentation/d/1CLVlaTxMi_6PBPNbkf9PkcQxxLE0YTyV/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
 +
||
 +
Одноклеточное секвенирование - эпигеномика [https://docs.google.com/presentation/d/1CLVlaTxMi_6PBPNbkf9PkcQxxLE0YTyV/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
 +
|-
 +
| 10
 +
|| 06.03
 +
||
 +
Введение в структуру хроматина [https://docs.google.com/presentation/d/1hUqZK7bGBe7pkfdIQALxqiH_AzLDfmYO/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
 +
||
 +
higlass: [https://docs.google.com/presentation/d/1hUqZK7bGBe7pkfdIQALxqiH_AzLDfmYO/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
 +
|-
 +
| 12
 +
|| 13.03
 +
||
 +
3-dimensional genome [https://docs.google.com/presentation/d/1lMWd_4UpTBfWjrprgEY4krbwCmHB-KRu/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
 +
||
 +
Работа с данными HiC
 +
|-
 +
| 13
 +
|| 20.03
 +
||
 +
3-dimensional genome (часть 2) [https://docs.google.com/presentation/d/16mHjHIB287RwQO9NMBbMaFLVGTn_DCxl/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
 +
||
 +
Cooltools. Cooler
 +
|-
 +
| 13
 +
|| 18.04
 +
||
 +
Chromatin structure: feature calling [https://docs.google.com/presentation/d/1fFmed9Q88KJM7WPgSkGEyIJyyjCI4TVvm-Mb8j2yMrs/edit?usp=sharing слайды]
 +
|| Chromatin structure: feature calling
 +
|-
 +
| 14
 +
|| 25.04
 +
|| Квиз
 +
|| Проект (введение)
 +
|-
 +
| 15
 +
|| 15.05
 +
||
 +
Проект (выбор организмов и организация в группы)
 +
|| -
 +
|-
 +
| 16
 +
|| 22.05
 +
||
 +
Проект (вводные презентации групп)
 +
||
 +
Инструкции для выполнения индивидуальной части проекта
 +
|-
 +
| 17
 +
|| 29.05
 +
||
 +
Проект (вводные презентации групп 2)
 +
||
 +
|-
 +
| 18
 +
|| 05.05
 +
||
 +
Предзащита проекта
 +
||
 +
|-
 +
| 19
 +
|| 19.05
 +
||
 +
Экзамен
 +
||
 
|-
 
|-
 
|}
 
|}

Текущая версия на 09:49, 4 июля 2025

Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику

Формула расчет оценки

Накоп = Округление(0.4*ДЗ  +  0.4*ПРОЕКТ), где
ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть
ДЗ = (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ХР)/4
ХР=(0.5*ДЗ4+0.5*квиз)
Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

Лекции и семинары

# Дата Лекция (11:10 - 12:30) Семинар (12:40 - 14:00)
1 09.01

Введение в эпигеномику слайды

Формат .bed и утилита bedtools тетрадка

2 16.01

Метилирование ДНК (введение) слайды

Анализ частоты CpG тетрадка

3 23.01

Методы определения метилирования ДНК слайды

ДЗ-1 Метилирование ДНК слайды

4 30.01

Модификации гистонов, проект ENCODE слайды

Структура гистонов в pymol. Знакомство с Encode.

5 06.02

ChIP-seq слайды

ДЗ-2 Модификации гистонов

5 13.02

Доступность хроматина (DNAse-seq и ATAC-seq) слайды

Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy тетрадка

7 20.02

ChromHMM слайды

ДЗ-3 ChromHMM текст

9 27.02

Одноклеточное секвенирование - эпигеномика слайды

Одноклеточное секвенирование - эпигеномика слайды

10 06.03

Введение в структуру хроматина слайды

higlass: слайды

12 13.03

3-dimensional genome слайды

Работа с данными HiC

13 20.03

3-dimensional genome (часть 2) слайды

Cooltools. Cooler

13 18.04

Chromatin structure: feature calling слайды

Chromatin structure: feature calling
14 25.04 Квиз Проект (введение)
15 15.05

Проект (выбор организмов и организация в группы)

-
16 22.05

Проект (вводные презентации групп)

Инструкции для выполнения индивидуальной части проекта

17 29.05

Проект (вводные презентации групп 2)

18 05.05

Предзащита проекта

19 19.05

Экзамен

Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования

Формула расчет оценки

Накоп = Округление( Среднее(ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)*0.8 )
Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

Лекции и семинары

# Дата Лекция (11:10 - 12:30) Семинар (12:40 - 14:00)
1 05.09

Введение в молекулярную биологию лекция

Создание аккаунтов на серверах инструкция

2 12.09

Методы секвенирования ДНК лекция

Введение в github и Google colab. Sra toolkit тетрадка
3 19.09

Сборка генома слайды

ДЗ1 Сборка генома текст

4 26.09

Алгоритмы предсказания генов слайды

Алгоритмы предсказания генов. Практика

5 03.10

Аннотация функций генов слайды

ДЗ2 Аннотация генома текст

6 10.10

Сдвиг рамки считывания слайды

Семинар

7 24.10

Геном человека и некодирующие РНК слайды

ДЗ3 Предсказание генов текст

8 31.10

Введение в РНК-сек слайды

Семинар о РНК-сек

Сессия
9 07.11

Анализ данных РНК-сек слайды

ДЗ4 РНК-сек слайды

11 14.11

Секвенирование отдельных клеток слайды

ДЗ5 single cell РНК-сек

12 21.11 Проверочная работа по теме РНК-сек Разбор ДЗ5 single cell РНК-сек
13 28.11 GWAS GWAS
14 05.12 Метагеномика. Лекция ссылка Семинар
15 12.12 Заключение Заключение. Дописывание квиза.
16 19.12 Экзамен
Источник — «http://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=Майнор_Биоинформатика_2_год_2024/25&oldid=91231»