Майнор Биоинформатика 2 год 2022/23 — различия между версиями
(→Лекции и семинары) |
м (Поменял местами модули) |
||
(не показано 11 промежуточных версии 2 участников) | |||
Строка 1: | Строка 1: | ||
+ | == Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования == | ||
+ | |||
+ | === Формула расчет оценки === | ||
+ | Накоп = Округление( (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)/6 ) | ||
+ | Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен. | ||
+ | В случае сдачи экзамена к оценке Накоп '''добавляется''' 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале | ||
+ | |||
+ | === Лекции и семинары === | ||
+ | |||
+ | [https://www.youtube.com/playlist?list=PLEwK9wdS5g0pQQKURj55oeaxQ0FpJNsQo Записи всех лекций и семинаров] | ||
+ | |||
+ | {| class="wikitable" | ||
+ | |- | ||
+ | ! # !! Дата !! Лекция (11:10 - 12:30) !! Семинар (12:40 - 14:00) | ||
+ | |- | ||
+ | | 1 | ||
+ | || 08.09 | ||
+ | || | ||
+ | Введение в молекулярную биологию -- | ||
+ | [https://youtu.be/lvqxhF0Yfuo видео], | ||
+ | [https://drive.google.com/file/d/1Ka_0ZNoz9sfYMnsxgu3nl84-7biACr7q/view?usp=sharing слайды] | ||
+ | || | ||
+ | Создание аккаунтов на серверах -- | ||
+ | [https://eduhseru-my.sharepoint.com/:p:/g/personal/dkonovalov_hse_ru/ESGMr8zIPhNEim1lssAaLbQBbd4atyLfPdioG96l2SZxww?e=yodd5R Инструкция 1], | ||
+ | [https://eduhseru-my.sharepoint.com/:p:/g/personal/dkonovalov_hse_ru/ETv2W6XIVMlHhCkRYuBjbQsB7-tWr1pA3FrV9tZ7aip7OQ?e=W12GF5 Инструкция 2], | ||
+ | [https://eduhseru-my.sharepoint.com/:x:/g/personal/dkonovalov_hse_ru/EQ9D33jzsPBEmntI8ijNBS0BRc01RU4mmnBCmDMNw4vfhg?e=hO4XDu Таблица] | ||
+ | |- | ||
+ | | 2 | ||
+ | || 15.09 | ||
+ | || | ||
+ | Методы секвенирования ДНК -- | ||
+ | [https://youtu.be/JqK2EXwyDT0 видео], | ||
+ | [https://drive.google.com/file/d/1RqVQzbmJuz_8n66No_Eq0n_m1hmi8RJk/view?usp=sharing слайды] | ||
+ | || Введение в github и Google colab | ||
+ | |- | ||
+ | | 3 | ||
+ | || 22.09 | ||
+ | || | ||
+ | Сборка генома (Артем Касьянов) -- | ||
+ | [https://youtu.be/0X7pbcVo8ys видео], | ||
+ | [https://drive.google.com/file/d/1UrV8C8wUsAo5Z3Kq_MuuKRT6C8YokykK/view?usp=sharing слайды] | ||
+ | || | ||
+ | '''ДЗ1''' Сборка генома (Дмитрий Меньщиков) -- | ||
+ | [https://youtu.be/mww_FcvkScI видео], | ||
+ | '''[https://docs.google.com/document/d/1vpFZF5F82_xjZPXGcm-ADsh4yhiWc_sUirHaFtQGNDA/edit задание]''' | ||
+ | |- | ||
+ | | 4 | ||
+ | || 29.09 | ||
+ | || | ||
+ | Алгоритмы предсказания генов -- | ||
+ | [https://youtu.be/mJJbV6bJC9I видео], | ||
+ | [https://drive.google.com/file/d/1XId9DdtndZqzcOlUt519KuFh6GbDbTLv/view?usp=sharing слайды] | ||
+ | || | ||
+ | Разбор домашнего задания 1 -- | ||
+ | [https://youtu.be/hfV4x24tGVc видео], | ||
+ | [https://drive.google.com/file/d/1XNE-HZz5uUssyxvM290d6x--iG2rhNnl/view?usp=sharing слайды] | ||
+ | |- | ||
+ | | 5 | ||
+ | || 06.10 | ||
+ | || | ||
+ | Аннотация функций генов -- | ||
+ | [https://youtu.be/hBsa_WgKwCU видео], | ||
+ | [https://drive.google.com/file/d/1bO7e7TvNavHUsBXMAn5NjVwPvsJ_m2dM/view?usp=sharing слайды] | ||
+ | || | ||
+ | '''ДЗ2''' Аннотация генома (Иван Геворков) -- | ||
+ | [https://youtu.be/YKtfkmwdfJQ видео], | ||
+ | [https://colab.research.google.com/drive/12XnH8WmwZ8gz4o4rDLNrJB0XuIAL72Hr?usp=sharing тетрадка], | ||
+ | '''[https://docs.google.com/document/d/1hDFQYynGaRw43X5QlyPbMek5DDHvKFvzIJZJfSZnjWk/edit задание]''' | ||
+ | |- | ||
+ | | 6 | ||
+ | || 13.10 | ||
+ | || | ||
+ | Сдвиг рамки считывания -- | ||
+ | [https://youtu.be/nt2nt6wXQ14 видео], | ||
+ | [https://drive.google.com/file/d/1dYyIVzwkqfFTqSTYX7kFNtyldFcHSQ1a/view?usp=sharing слайды] | ||
+ | || | ||
+ | Подготовка к домашнему заданию 3 (Егор Фурсов) -- | ||
+ | [https://youtu.be/Th_BLnSERsc видео], | ||
+ | [https://colab.research.google.com/drive/1zP82fz-IAhdlxlrQiwpz2bjEavYUCQU_?usp=sharing тетрадка] | ||
+ | |- | ||
+ | | 7 | ||
+ | || 20.10 | ||
+ | || | ||
+ | Генная инженерия (Анатолий Зубрицкий) -- | ||
+ | [https://youtu.be/ziidx82nAOA видео], | ||
+ | [https://drive.google.com/file/d/1jTL_LELFZc8faKzwTPfnOzCDe59GdwbQ/view?usp=sharing слайды] | ||
+ | || | ||
+ | '''ДЗ3''' Предсказание генов (Дмитрий Бушнев) -- | ||
+ | [https://youtu.be/U5WuigrZvr8 видео], | ||
+ | [https://colab.research.google.com/drive/1bJnuCnWStcupKug_l1N9yaVxfmqtIORn?usp=sharing тетрадка], | ||
+ | '''[https://docs.google.com/document/d/1Z7og5KC2rNgTxrsglcwNWdsqMuPLZnIyQbPZX-VkEts/edit?usp=sharing задание]''' | ||
+ | |- | ||
+ | | | ||
+ | || 27.10 | ||
+ | !scope="row" colspan="2"| Сессия | ||
+ | |- | ||
+ | | 8 | ||
+ | || 03.11 | ||
+ | || | ||
+ | Геном человека и некодирующие РНК -- | ||
+ | [https://youtu.be/w9osm8OXQaA видео], | ||
+ | [https://drive.google.com/file/d/1o62kgUXVHPxrOh0DDcmH-RJaq11tIhpD/view?usp=sharing слайды] | ||
+ | || | ||
+ | Повторы в геноме человека (Дмитрий Коновалов) -- | ||
+ | [https://youtu.be/oQmClx83BNQ видео], | ||
+ | [https://colab.research.google.com/drive/1ACHzlef1u9vidHHocV87cFPMFw-Pke_N?usp=sharing тетрадка] | ||
+ | |- | ||
+ | | 9 | ||
+ | || 10.11 | ||
+ | || | ||
+ | Введение в РНК-сек (Анатолий Зубрицкий) -- | ||
+ | [https://youtu.be/wo7MC1MSt8o видео], | ||
+ | [https://drive.google.com/file/d/1zmFcAB36_b6HDrsm49fPk5oCMqH5i5t1/view?usp=sharing слайды] | ||
+ | || | ||
+ | '''ДЗ4''' РНК-сек (Дмитрий Бушнев) -- | ||
+ | [https://youtu.be/ATaTRS4ldY0 видео], | ||
+ | '''[https://docs.google.com/document/d/1em3ictlXzfacZqaG5Rn5i3QAnvNlT-eKPP4yV24_8M4/edit?usp=sharing задание]''' | ||
+ | |- | ||
+ | | | ||
+ | || 17.11 | ||
+ | |colspan="2" style="text-align: center;"| - | ||
+ | |- | ||
+ | | 10 | ||
+ | || 24.11 | ||
+ | || | ||
+ | Анализ данных РНК-сек -- | ||
+ | [https://youtu.be/_C0Qo2u98cg видео], | ||
+ | [https://drive.google.com/file/d/1s4JYjnPmStFGWen7fx9nTJuZgdA5PIZd/view?usp=sharing слайды] | ||
+ | || | ||
+ | Анализ данных РНК-сек -- | ||
+ | [https://youtu.be/PC9NV1HfBAU видео], | ||
+ | [https://drive.google.com/file/d/1s7e2-bCAa4YfCV7H92RguiCditda0sJS/view?usp=sharing слайды] | ||
+ | |- | ||
+ | | 11 | ||
+ | || 01.12 | ||
+ | || Проверочная работа по теме РНК-сек | ||
+ | || | ||
+ | '''ДЗ5''' single cell РНК-сек (Егор Фурсов) -- | ||
+ | [https://youtu.be/-6syXyay2yE видео], | ||
+ | [https://drive.google.com/file/d/1syVhN5IafP1jLUs5Ox9bOpIJWsQvrlMI/view?usp=sharing слайды], | ||
+ | '''[https://docs.google.com/document/d/1VFGHdig_5A6UsRJsmuaqDh3LBoXnKLVmhv9bAfVY3E0/edit задание]''' | ||
+ | |- | ||
+ | | 12 | ||
+ | || 08.12 | ||
+ | || | ||
+ | Секвенирование отдельных клеток (Анатолий Зубрицкий) -- | ||
+ | [https://drive.google.com/file/d/1tofQ6N7UYhaouDC_8gnJVkf9s2p0a1FQ/view?usp=sharing слайды] | ||
+ | || GWAS и популяционная генетика | ||
+ | |- | ||
+ | | 13 | ||
+ | || 15.12 | ||
+ | || | ||
+ | Развитие жизни на Земле -- | ||
+ | [https://drive.google.com/file/d/1uiBu1HJ5g02QFR9TAcRaJIEwN87QthOd/view?usp=sharing слайды] | ||
+ | || Разбор оценок за все ДЗ | ||
+ | |- | ||
+ | | 14 | ||
+ | || 22.12 | ||
+ | |colspan="2" style="text-align: center;"| Экзамен | ||
+ | |- | ||
+ | |} | ||
+ | |||
+ | |||
== Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику == | == Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику == | ||
=== Формула расчет оценки === | === Формула расчет оценки === | ||
Накоп = Округление(0.5*ДЗ + 0.5*ПРОЕКТ), где | Накоп = Округление(0.5*ДЗ + 0.5*ПРОЕКТ), где | ||
− | ДЗ = (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ | + | ДЗ = (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ХР)/4 |
+ | ХР=(0.5*ДЗ4+0.5*квиз) | ||
ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть | ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть | ||
Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен. | Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен. | ||
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп '''добавляется''' 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале | В случае сдачи экзамена к оценке Накоп '''добавляется''' 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале | ||
+ | |||
+ | === ПРОЕКТ === | ||
+ | * [https://docs.google.com/document/d/1A1lqSbI7bTBetwCoNZIuxQ2QvupbUcAjaKV-X31pav4/edit?usp=sharing Инструкции для выполнения проекта] | ||
=== Лекции и семинары === | === Лекции и семинары === | ||
Строка 83: | Строка 250: | ||
[https://drive.google.com/file/d/1pSgALPmyHkPBIawILYrrv5Sx0xPZKcGj/view?usp=sharing слайды] | [https://drive.google.com/file/d/1pSgALPmyHkPBIawILYrrv5Sx0xPZKcGj/view?usp=sharing слайды] | ||
|| | || | ||
− | Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy -- | + | Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy (Дмитрий Коновалов) -- |
[https://youtu.be/rTT90s__I-U видео], | [https://youtu.be/rTT90s__I-U видео], | ||
[https://colab.research.google.com/drive/1XFxzhKXOfLS3NgWzCxkvl4vPVr9AyazZ?usp=sharing тетрадка] | [https://colab.research.google.com/drive/1XFxzhKXOfLS3NgWzCxkvl4vPVr9AyazZ?usp=sharing тетрадка] | ||
Строка 144: | Строка 311: | ||
| 11 | | 11 | ||
|| 20.04 | || 20.04 | ||
− | || | + | || |
− | || | + | 3-dimensional genome (часть 2) -- |
+ | [https://youtu.be/XjKu3Yv3c5g видео] | ||
+ | || | ||
+ | Cooltools. Cooler -- | ||
+ | [https://youtu.be/VmkWkajO8hY видео], | ||
+ | [https://colab.research.google.com/drive/1vcxV9b_GD4oYD5LR5m5HTsF_1cfGUmr7?usp=sharing Тетрадка], | ||
+ | [https://drive.google.com/drive/folders/142vwyCNlcN3tfBeelfohtKnqmjzzVjcD?usp=sharing данные] | ||
|- | |- | ||
| 12 | | 12 | ||
|| 27.04 | || 27.04 | ||
− | || | + | || |
− | || | + | Chromatin structure: feature calling -- |
+ | [https://youtu.be/rOdANjyWEb4 видео] | ||
+ | || Квиз | ||
|- | |- | ||
| | | | ||
Строка 158: | Строка 333: | ||
| 13 | | 13 | ||
|| 11.05 | || 11.05 | ||
− | || Проект | + | || |
− | || | + | Проект (введение) -- |
+ | [https://youtu.be/As32dzBOX_4 видео] | ||
+ | || - | ||
|- | |- | ||
| 14 | | 14 | ||
|| 18.05 | || 18.05 | ||
− | || Проект ( | + | || |
− | || | + | Проект (выбор белков и организация в группы) -- |
+ | [https://youtu.be/1NuH2Z4RTgY видео] | ||
+ | || - | ||
|- | |- | ||
| 15 | | 15 | ||
|| 25.05 | || 25.05 | ||
− | || Проект ( | + | || |
− | || | + | Проект (вводные презентации групп) -- |
+ | [https://youtu.be/NSRA2xLXzqY видео] | ||
+ | || | ||
+ | Инструкции для выполнения индивидуальной части проекта -- | ||
+ | [https://youtu.be/tosO3MSYuu0 видео] | ||
|- | |- | ||
| 16 | | 16 | ||
|| 01.06 | || 01.06 | ||
− | || Проект ( | + | || |
− | || | + | Проект (вводные презентации групп 2) -- |
+ | [https://youtu.be/hhAEjb-swds видео] | ||
+ | || | ||
+ | Проект (групповая часть) -- | ||
+ | [https://youtu.be/bZQFRPRWJH0 видео] | ||
|- | |- | ||
| 17 | | 17 | ||
|| 08.06 | || 08.06 | ||
− | |colspan="2" style="text-align: center;"| Защита проектов группами | + | |colspan="2" style="text-align: center;"| Защита проектов группами -- [https://youtu.be/HXi8yeIw00s видео] |
|- | |- | ||
| 18 | | 18 | ||
|| 15.06 | || 15.06 | ||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
|colspan="2" style="text-align: center;"| Экзамен | |colspan="2" style="text-align: center;"| Экзамен | ||
|- | |- | ||
|} | |} |
Текущая версия на 18:24, 14 августа 2023
Содержание
Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования
Формула расчет оценки
Накоп = Округление( (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)/6 ) Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен. В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
Лекции и семинары
Записи всех лекций и семинаров
# | Дата | Лекция (11:10 - 12:30) | Семинар (12:40 - 14:00) |
---|---|---|---|
1 | 08.09 |
Создание аккаунтов на серверах -- Инструкция 1, Инструкция 2, Таблица | |
2 | 15.09 | Введение в github и Google colab | |
3 | 22.09 | ||
4 | 29.09 | ||
5 | 06.10 |
ДЗ2 Аннотация генома (Иван Геворков) -- видео, тетрадка, задание | |
6 | 13.10 |
Подготовка к домашнему заданию 3 (Егор Фурсов) -- видео, тетрадка | |
7 | 20.10 |
ДЗ3 Предсказание генов (Дмитрий Бушнев) -- видео, тетрадка, задание | |
27.10 | Сессия | ||
8 | 03.11 |
Повторы в геноме человека (Дмитрий Коновалов) -- видео, тетрадка | |
9 | 10.11 | ||
17.11 | - | ||
10 | 24.11 | ||
11 | 01.12 | Проверочная работа по теме РНК-сек |
ДЗ5 single cell РНК-сек (Егор Фурсов) -- видео, слайды, задание |
12 | 08.12 |
Секвенирование отдельных клеток (Анатолий Зубрицкий) -- слайды |
GWAS и популяционная генетика |
13 | 15.12 |
Развитие жизни на Земле -- слайды |
Разбор оценок за все ДЗ |
14 | 22.12 | Экзамен |
Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику
Формула расчет оценки
Накоп = Округление(0.5*ДЗ + 0.5*ПРОЕКТ), где ДЗ = (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ХР)/4 ХР=(0.5*ДЗ4+0.5*квиз) ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен. В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
ПРОЕКТ
Лекции и семинары
Записи всех лекций и семинаров
# | Дата | Лекция (11:10 - 12:30) | Семинар (12:40 - 14:00) |
---|---|---|---|
1 | 19.01 |
Формат .bed и утилита bedtools (Дмитрий Коновалов) -- видео, тетрадка | |
2 | 26.01 |
ДЗ-1 Метилирование ДНК (Егор Фурсов) -- видео, слайды, задание | |
3 | 02.02 | ||
4 | 09.02 | ||
5 | 16.02 | ||
23.02 | Выходной (день защитника Отечества) | ||
6 | 02.03 |
Доступность хроматина (DNAse-seq и ATAC-seq) -- видео, слайды |
Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy (Дмитрий Коновалов) -- видео, тетрадка |
09.03 | - | - | |
7 | 16.03 | ||
8 | 23.03 | ||
30.03 | Сессия | ||
9 | 06.04 |
Введение в структуру хроматина -- видео, презентация |
|
10 | 13.04 |
3-dimensional genome (сhromatin conformation analysis) -- видео, презентация |
|
11 | 20.04 |
3-dimensional genome (часть 2) -- видео |
|
12 | 27.04 |
Chromatin structure: feature calling -- видео |
Квиз |
04.05 | Майские праздники | ||
13 | 11.05 |
Проект (введение) -- видео |
- |
14 | 18.05 |
Проект (выбор белков и организация в группы) -- видео |
- |
15 | 25.05 |
Проект (вводные презентации групп) -- видео |
Инструкции для выполнения индивидуальной части проекта -- видео |
16 | 01.06 |
Проект (вводные презентации групп 2) -- видео |
Проект (групповая часть) -- видео |
17 | 08.06 | Защита проектов группами -- видео | |
18 | 15.06 | Экзамен |