Майнор Биоинформатика 2 год 2021/22 — различия между версиями
Материал из Wiki - Факультет компьютерных наук
(→Записи лекций и семинаров) |
(→Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику) |
||
(не показано 46 промежуточных версии 2 участников) | |||
Строка 1: | Строка 1: | ||
− | == | + | == Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования == |
+ | [https://www.hse.ru/edu/courses/346231907 Страница курса] | ||
+ | |||
[https://www.youtube.com/playlist?list=PLEwK9wdS5g0rIn0TKC6SFd80nMNxycf3H Видео всех лекций и семинаров] | [https://www.youtube.com/playlist?list=PLEwK9wdS5g0rIn0TKC6SFd80nMNxycf3H Видео всех лекций и семинаров] | ||
− | == Модули | + | == Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику == |
− | [https://www.hse.ru/edu/courses/ | + | [https://www.hse.ru/edu/courses/346231221 Страница курса] |
+ | |||
+ | [https://youtube.com/playlist?list=PLEwK9wdS5g0pUC2TmTTnc87ZQphTOtGCu Видео всех лекций и семинаров] | ||
+ | |||
+ | === Формула расчет оценки === | ||
+ | Накоп = Округление(0.5*(ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4)/4 + 0.5*ПРОЕКТ) | ||
+ | Если Накоп >=6, то студент может получить Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен. | ||
+ | В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. | ||
+ | Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале | ||
+ | |||
+ | === ПРОЕКТ === | ||
+ | * [https://docs.google.com/document/d/1kU0Q6192Wc4tE080A2ZqZUFkjX7Ls_OVvc2gIDuKYx0 Инструкции для выполнения проекта (индивидуальная часть)] | ||
+ | ** Вопросы по индивидуальной части проекта -- '''[https://t.me/Murad_Omar Мурад Омаров]''' | ||
+ | * [https://docs.google.com/document/d/1c-IRwkKbArffkN1RVJHRD_iX0J41pCBBcVPCRd0ExYc Инструкции для выполнения проекта (групповая часть)] | ||
+ | ** Вопросы по групповой части проекта -- '''[https://t.me/zelenea Елена Зеленова]''' | ||
+ | |||
+ | === Домашние задания === | ||
+ | * [https://docs.google.com/document/d/1igEZMUzpndO9n5V0lYjWedxZ0zMDVLbB8XoEiasEK5w/edit Домашнее задание 1 - Метилирование ДНК] | ||
+ | ** Вопросы по ДЗ и его проверке -- '''[https://t.me/Murad_Omar Мурад Омаров]''' | ||
+ | * [https://docs.google.com/document/d/1bPVShA20DJureQI5SPLIb8_Ls3vTnrX46WunIZkpgFk/edit Домашнее задание 2 - Модификации гистонов] | ||
+ | ** Вопросы по ДЗ и его проверке -- '''[https://t.me/markmitt Марк Гарницкий]''' | ||
+ | * [https://docs.google.com/document/d/1Kq3_L6URKQy5O2hg6qmfKQVgOm7fayuZ-BZsdQ7LCA4/edit Домашнее задание 3 - ChromHMM] | ||
+ | ** Вопросы по ДЗ и его проверке -- '''[https://t.me/zelenea Елена Зеленова]''' | ||
+ | * [https://docs.google.com/document/d/1iHAbO8ygHzO8tXACq_bMFZ1oIp8sl5goqv-KMMOiZ8k/edit Домашнее задание 4 - single-cell RNA-seq] | ||
+ | ** Вопросы по ДЗ и его проверке -- '''[https://t.me/markmitt Марк Гарницкий]''' | ||
− | == | + | === Лекции и семинары === |
+ | * Занятие 1: | ||
+ | ** [https://youtu.be/xMmLFWcwa5I Видео лекции и семинара] | ||
+ | ** Лекция '''Введение в эпигеномику''': [https://drive.google.com/file/d/15YfpPcPlrvQJEIHv1CuwotOnJEDZMSAI/view?usp=sharing слайды] | ||
+ | ** Семинар '''Формат .bed и утилита bedtools''': [https://drive.google.com/file/d/166d5i3n3xcrK1AzczHynawLrGZ-HtjVH/view?usp=sharing слайды] | [https://colab.research.google.com/drive/1Xni3_z0mD7RSIdxUtOsiM6oWecDYZ6xH?usp=sharing Google Colab ноутбук] | ||
+ | * Занятие 2: | ||
+ | ** [https://youtu.be/uWbqlGCopTY Видео лекции и семинара] | ||
+ | ** Лекция '''Метилирование ДНК (введение)''': [https://drive.google.com/file/d/1N6fjXW7hKuQASbgK_ERIuSr62d6ZlUNF/view?usp=sharing слайды] | ||
+ | ** Семинар '''Метилирование ДНК (рассказ про ДЗ-1, Мурад Омаров)''' | ||
+ | * Занятие 3: | ||
+ | ** [https://www.youtube.com/watch?v=Fk_-uRiB7hA&list=PLEwK9wdS5g0pUC2TmTTnc87ZQphTOtGCu&index=3 Видео лекции и семинара] | ||
+ | ** Лекция '''Методы определения метилирования ДНК''': [https://drive.google.com/file/d/1QJoKQT8lFjlaPIm8qmkpaVrK1TBKaL9t/view?usp=sharing слайды] | ||
+ | ** Семинар '''Анализ частоты CpG''': [https://colab.research.google.com/drive/1qlZ6LCmrzVPItzMGCEgVc8OqfB6p2742#scrollTo=G-2YPdmFQoLo Google colab] | ||
+ | * Занятие 4: | ||
+ | ** [https://www.youtube.com/watch?v=lZlLCxZ5A0o Видео лекции и семинара] | ||
+ | ** Лекция '''Модификации гистонов (введение), проект ENCODE''': [https://drive.google.com/file/d/1TfKWkSw58-bmN7ISU7qDZJKmLaCPV1GE/view?usp=sharing слайды] | ||
+ | ** Семинар '''Модификации гистонов (рассказ про ДЗ-2, Марк Гарницкий)''' | ||
+ | * Занятие 5: | ||
+ | ** [https://youtu.be/KSprBrOW1z0 Видео лекции и семинара] | ||
+ | ** Лекция '''Детали ChIP-seq -- получение антител, контроль и визуализация данных''': [https://drive.google.com/file/d/1bQ42hP34VKujMWLG_sEC2wP-a5u5JcIR/view?usp=sharing слайды] | ||
+ | ** Семинар '''NSG-plot (бонусное задание к ДЗ-2, Марк Гарницкий)''' | ||
+ | * Занятие 6: | ||
+ | ** [https://youtu.be/c4Kqb0W0QxQ Видео лекции] | ||
+ | ** Лекция '''Доступность хроматина (DNAse-seq и ATAC-seq)''': [https://drive.google.com/file/d/1b3BtMKFEakvtf_php88q9GGWlu1TTjEM/view?usp=sharing слайды] | ||
+ | * Занятие 7: | ||
+ | ** [https://youtu.be/Gn0FNATr9Lk Видео лекции и семинара] | ||
+ | ** Лекция '''ChromHMM''': [https://drive.google.com/file/d/1ce2B12d6XHiDw-SIxSbrA0PGc5cQ1_xH/view?usp=sharing слайды] | ||
+ | ** Семинар '''ChromHMM (домашнее задание № 3, Елена Зеленова)''' | ||
+ | ** Дополнительная информацию по алгоритму ChromHMM: | ||
+ | *** Оригинальная статья: [https://drive.google.com/file/d/1uftwCcvl1lW4sAVPvka0JFIr5A9kLbF6/view?usp=sharing Ernst and Kellis, 2010] ([https://drive.google.com/file/d/1IpAnwt87zd_BDBHR1OegFKyPSonJdTvY/view?usp=sharing доп. материалы]) | ||
+ | *** [https://drive.google.com/file/d/13arbMnbZ0Cgpj_vD-Aq2KtBjPQyoNFgR/view?usp=sharing Manual], [https://drive.google.com/file/d/1HkinpVOt0mZiYvICZiIz7i9YgnlSLYXJ/view?usp=sharing Tutorial] | ||
+ | *** [https://youtu.be/qaalIf6bn1k?t=3679 Запись лекции автора ChromHMM Манолиса Келлиса из MIT] | ||
+ | * Занятие 8: | ||
+ | ** [https://youtu.be/cZdfKDz-rWE Видео лекции] | ||
+ | ** Лекция '''Одноклеточное секвенирование - scRNA-seq''': [https://drive.google.com/file/d/1enSPQ0fWlHQSRNXdFNCV7Xf2ec29xeJZ/view?usp=sharing слайды] | ||
+ | * Занятие 9: | ||
+ | ** [https://youtu.be/roWUZcMF3VU Видео лекции] | ||
+ | ** Лекция '''Одноклеточное секвенирование - эпигеномика''': [https://drive.google.com/file/d/1XW0vlNyD81_bwoBXbgrSLI41KnJ9nZus/view?usp=sharing слайды] | ||
+ | * Занятие 10: | ||
+ | ** [https://youtu.be/bywqe5_Ck9k Видео лекции] | ||
+ | ** Лекция '''Филогенетика''': [https://drive.google.com/file/d/1kE_rbne5e2-pMgLBh34-zEyKxIE8-R39/view?usp=sharing слайды] | ||
+ | * Занятие 11: | ||
+ | ** [https://youtu.be/Tpkue0vnjV4 Видео лекции и семинара] | ||
+ | ** Лекция '''Генетическая инженерия 1 -- введение''': [https://drive.google.com/file/d/1mrOpFc0qKOd-ErOuinTPat6el_XtPrUE/view?usp=sharing слайды] | ||
+ | * Занятие 12: | ||
+ | ** [https://youtu.be/qM0sga4nrvQ Видео лекции и семинара] | ||
+ | ** Лекция '''Генетическая инженерия 2 -- CRISPR''' | ||
+ | ** Семинар '''single-cell RNA-seq (домашнее задание № 4)''' | ||
+ | * Занятие 13: | ||
+ | ** [https://youtu.be/BK1aib2Ml64 Видео лекции и семинара] | ||
+ | ** Лекция '''Генетическая инженерия 3 -- CRISPR''' | ||
+ | ** Семинар '''Работа в лаборатории''' | ||
+ | * Занятие 14: | ||
+ | ** [https://youtu.be/BK1aib2Ml64 Видео лекции и семинара] | ||
+ | ** Лекция '''Генетическая инженерия 4 -- стволовые клетки''' | ||
+ | ** Семинар '''single-cell RNA-seq (домашнее задание № 4 - обсуждение)''' | ||
+ | * Занятие 15: | ||
+ | ** [https://youtu.be/E7MFLzMoa78 Видео лекции и семинара] | ||
+ | ** Лекция '''Вторичные структуры ДНК''': [https://drive.google.com/file/d/1ypI_MkwDOe0IsEmiIsNhpdYEFygtFhhI/view?usp=sharing слайды] | ||
+ | ** Семинар '''Проект - введение''' | ||
+ | * Занятие 16: | ||
+ | ** Лекция '''In Silico Medicine''': [https://youtu.be/tx5S9NfvZtA Видео] | ||
+ | ** Семинар '''Проект (индивидуальная часть)''': [https://youtu.be/ikFokCLMrh4 Видео] | ||
+ | * Занятие 17: | ||
+ | ** Лекция '''MS Decisions''': | ||
+ | ** Семинар '''Проект (индивидуальная часть)''': [https://youtu.be/Y8sPgiDXP6I Видео] | ||
+ | * Занятие 18: | ||
+ | ** Лекция '''Алан Герберт (Z-DNA)''': [https://youtu.be/EZFeXivuQL8 Видео] | ||
+ | ** Семинар '''Проект (групповая часть)''': [https://youtu.be/7tjQOKyhLNM Видео] | ||
+ | * Занятие 19: | ||
+ | ** Защиты проекта группами: [https://youtu.be/4vP0GPiwZ4Q Видео] |
Текущая версия на 15:43, 19 июня 2022
Содержание
Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования
Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику
Формула расчет оценки
Накоп = Округление(0.5*(ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4)/4 + 0.5*ПРОЕКТ) Если Накоп >=6, то студент может получить Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен. В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
ПРОЕКТ
- Инструкции для выполнения проекта (индивидуальная часть)
- Вопросы по индивидуальной части проекта -- Мурад Омаров
- Инструкции для выполнения проекта (групповая часть)
- Вопросы по групповой части проекта -- Елена Зеленова
Домашние задания
- Домашнее задание 1 - Метилирование ДНК
- Вопросы по ДЗ и его проверке -- Мурад Омаров
- Домашнее задание 2 - Модификации гистонов
- Вопросы по ДЗ и его проверке -- Марк Гарницкий
- Домашнее задание 3 - ChromHMM
- Вопросы по ДЗ и его проверке -- Елена Зеленова
- Домашнее задание 4 - single-cell RNA-seq
- Вопросы по ДЗ и его проверке -- Марк Гарницкий
Лекции и семинары
- Занятие 1:
- Видео лекции и семинара
- Лекция Введение в эпигеномику: слайды
- Семинар Формат .bed и утилита bedtools: слайды | Google Colab ноутбук
- Занятие 2:
- Видео лекции и семинара
- Лекция Метилирование ДНК (введение): слайды
- Семинар Метилирование ДНК (рассказ про ДЗ-1, Мурад Омаров)
- Занятие 3:
- Видео лекции и семинара
- Лекция Методы определения метилирования ДНК: слайды
- Семинар Анализ частоты CpG: Google colab
- Занятие 4:
- Видео лекции и семинара
- Лекция Модификации гистонов (введение), проект ENCODE: слайды
- Семинар Модификации гистонов (рассказ про ДЗ-2, Марк Гарницкий)
- Занятие 5:
- Видео лекции и семинара
- Лекция Детали ChIP-seq -- получение антител, контроль и визуализация данных: слайды
- Семинар NSG-plot (бонусное задание к ДЗ-2, Марк Гарницкий)
- Занятие 6:
- Видео лекции
- Лекция Доступность хроматина (DNAse-seq и ATAC-seq): слайды
- Занятие 7:
- Видео лекции и семинара
- Лекция ChromHMM: слайды
- Семинар ChromHMM (домашнее задание № 3, Елена Зеленова)
- Дополнительная информацию по алгоритму ChromHMM:
- Оригинальная статья: Ernst and Kellis, 2010 (доп. материалы)
- Manual, Tutorial
- Запись лекции автора ChromHMM Манолиса Келлиса из MIT
- Занятие 8:
- Видео лекции
- Лекция Одноклеточное секвенирование - scRNA-seq: слайды
- Занятие 9:
- Видео лекции
- Лекция Одноклеточное секвенирование - эпигеномика: слайды
- Занятие 10:
- Видео лекции
- Лекция Филогенетика: слайды
- Занятие 11:
- Видео лекции и семинара
- Лекция Генетическая инженерия 1 -- введение: слайды
- Занятие 12:
- Видео лекции и семинара
- Лекция Генетическая инженерия 2 -- CRISPR
- Семинар single-cell RNA-seq (домашнее задание № 4)
- Занятие 13:
- Видео лекции и семинара
- Лекция Генетическая инженерия 3 -- CRISPR
- Семинар Работа в лаборатории
- Занятие 14:
- Видео лекции и семинара
- Лекция Генетическая инженерия 4 -- стволовые клетки
- Семинар single-cell RNA-seq (домашнее задание № 4 - обсуждение)
- Занятие 15:
- Видео лекции и семинара
- Лекция Вторичные структуры ДНК: слайды
- Семинар Проект - введение
- Занятие 16:
- Занятие 17:
- Лекция MS Decisions:
- Семинар Проект (индивидуальная часть): Видео
- Занятие 18:
- Занятие 19:
- Защиты проекта группами: Видео