Определение генетической близости современных и древних людей (проект) — различия между версиями
(→Критерии оценки) |
|||
| (не показано 6 промежуточных версии 2 участников) | |||
| Строка 7: | Строка 7: | ||
|summer= | |summer= | ||
|categorize=yes | |categorize=yes | ||
| + | |is_archived=yes | ||
}} | }} | ||
=== Что это за проект? === | === Что это за проект? === | ||
| − | Методы молекулярной биологии активно используются для восстановления этногенеза различных народностей. В качестве проектной работы студентам предлагается разработать алгоритм определения степени родства современных этносов с древними людьми. Степень родства будет определяться с помощью сравнения одонуклеотидных полиморфизмов - точечных отличий последовательности внутри одного вида. | + | Методы молекулярной биологии активно используются для восстановления этногенеза различных народностей. В качестве проектной работы студентам предлагается разработать алгоритм определения степени родства современных этносов с древними людьми. Степень родства будет определяться с помощью сравнения одонуклеотидных полиморфизмов - точечных отличий последовательности ДНК внутри одного вида. |
=== Чему вы научитесь? === | === Чему вы научитесь? === | ||
| Строка 16: | Строка 17: | ||
=== Какие начальные требования? === | === Какие начальные требования? === | ||
| − | Навыки программирования | + | Навыки программирования, интерес к генетике и эволюции видов |
=== Какие будут использоваться технологии? === | === Какие будут использоваться технологии? === | ||
| − | В рамках проекта будут использоваться данные, доступные в базе данных 1000 геномов (www.1000genomes.org). Кроме того возможно использование утилит для геномных подсчётов (bedtools и др.) | + | В рамках проекта будут использоваться данные, доступные в базе данных 1000 геномов (www.1000genomes.org). Кроме того, возможно использование утилит для геномных подсчётов (bedtools и др.) |
=== Темы вводных занятий === | === Темы вводных занятий === | ||
| + | Основы статистики<br /> | ||
Генетика и антропогенез человека | Генетика и антропогенез человека | ||
| Строка 28: | Строка 30: | ||
=== Критерии оценки === | === Критерии оценки === | ||
| − | 4-5 | + | 4-5 – написать простейшую утилиту, сравнивающую два генома на близость<br /> |
| − | 6-7 | + | 6-7 – кроме требований на 4-5, провести анализ близости нескольких геномов, убедиться, что получаются правдоподобные результаты<br/> |
| − | 8- | + | 8-10 – исследовать различные методы сравнения близости геномов, понять какие методы сравнения близости работают лучше, какие хуже |
Текущая версия на 10:46, 20 октября 2015
| Ментор | Степанова Вита |
| Учебный семестр | Весна 2015 |
| Учебный курс | 1-й курс |
| Внимание! Данный проект находится в архиве и реализован не будет. |
Что это за проект?
Методы молекулярной биологии активно используются для восстановления этногенеза различных народностей. В качестве проектной работы студентам предлагается разработать алгоритм определения степени родства современных этносов с древними людьми. Степень родства будет определяться с помощью сравнения одонуклеотидных полиморфизмов - точечных отличий последовательности ДНК внутри одного вида.
Чему вы научитесь?
Базовые знания генетики, знакомство со статистическими критериями и алгоритмами, использующимися в биологии
Какие начальные требования?
Навыки программирования, интерес к генетике и эволюции видов
Какие будут использоваться технологии?
В рамках проекта будут использоваться данные, доступные в базе данных 1000 геномов (www.1000genomes.org). Кроме того, возможно использование утилит для геномных подсчётов (bedtools и др.)
Темы вводных занятий
Основы статистики
Генетика и антропогенез человека
Направления развития
В рамках данного проекта возможна разработка веб-интерфейса программы подсчёта генетической близости внутри одного вида, использующей облачные техологии вычисления
Критерии оценки
4-5 – написать простейшую утилиту, сравнивающую два генома на близость
6-7 – кроме требований на 4-5, провести анализ близости нескольких геномов, убедиться, что получаются правдоподобные результаты
8-10 – исследовать различные методы сравнения близости геномов, понять какие методы сравнения близости работают лучше, какие хуже
